病原微生物可能会经过水、鱼、贝类和一些水生生物进入人体，而引起可怕的传染病。它们主要来自家庭污水以及生物制品、屠宰、制革、洗衣等工业废水和牲畜污水。大肠杆菌是粪便中数量最多但致病性较低的一种细菌，因此常用大肠杆菌的数目来作为水质受到病原微生物污染的指标。大肠杆菌的数目高，表示水源受到人畜粪便的污染程度高，病原菌存在的可能性也相对的增高。

氮和磷是植物的主要营养素，它们是植物生长所需要的养料，从农作物生长的角度看，它们是宝贵的肥料，但过多的植物营养素进入水体，会恶化水质，影响渔业生产和危害人体健康。(www.daowen.com)

排入水体的家庭污水和食品、化学肥料、制革、造纸等工业废水中，都含有氮、磷等水生植物生长繁殖所必需的营养物质。同时，在自然环境中，表层土壤由于施肥的原因，常含有各种植物营养素，这些植物营养素经雨水冲刷流入湖泊、水库、内海、河等水体。由于这些水体中，水流缓慢，停留时间长，既适于植物营养素累积，又适于水生植物繁殖。当流入的营养素越积越多时，就会使这类水体过分肥沃，水生植物生长繁茂，这种现象称为“富营养化”。当阳光和水温适于藻类繁殖的季节，在富营养化的水体中，大量藻类出现在水面，形成一片片藻花，海洋表面的藻花往往带红褐色，所以又称“红潮”。形成藻花的藻类往往带有恶臭，有的代谢过程中产生有毒物质，会使鱼类死亡。藻类聚集在水体上层，它们的光合作用放出大量的氧气，使表层水溶氧达到饱和。但由于藻类遮蔽阳光，使底生植物的光合作用受到阻碍而枯死。死亡了的藻类尸体和植物在水体底部腐烂分解，又将氮、磷等植物营养素重新释放进流水中。这样周而复始的物质循环使植物营养素长期保存在水体中，所以缓流水体一旦出现富营养化，就很难恢复。