一是没有统一的高校行政监察法规可依，高校监察工作定位不够清晰，职责不明，工作标准模糊。现在各高校开展监察工作的法律依据和政策依据主要是参照《中华人民共和国行政监察法》、《公务员法》、《行政许可法》、《行政机关公务员处分条例》、《行政监察条例》和教育部（原国家教委）《关于国家教委直属高校监察工作若干问题的意见》。国家关于监察工作的相关法律法规没有明确普通高校监察机构的地位和具体的职能权限，因此带来了一些问题和困难。如：（1）对如何设置机构没有明确规定。现实中，大多数高等学校监察机构与党的纪检机构合署办公，党的纪律监督和行政工作监察常常混合在一起，往往出现党内监察和行政监察不分的情况。在部门和队伍建设方面，部分高校中党的纪律监督工作在下属各单位党组织中设有纪检委员，同时还设有义务监督员、特邀监督员等，但监察工作“有头无脚”，在下属各单位无具体负责人员。（2）没有明确规定高校监察工作的职能范围和权力。许多高校往往根据自身的理解和条件确定范围和职能，开展相关的工作，因此高校间监察工作的情况存在相当大的不平衡性。如有的确定的监察对象和范围较宽，有的则较窄，没有比较统一的标准和尺度。（3）部分高校的监察部门及人员存在对高校监察工作的特殊性认识不足，特别是对监察主体、监察客体（对象）、监察内容等方面与党政机关监察工作的共性和特殊性认识不足的问题，这就不利于工作的开展和取得工作成效。（4）对高校监察部门与其他部门的关系没有较明确的规定，对与监察工作相关的其他机构，如审计、财务、组织、人事、教代会等机构如何分工合作缺乏科学、规范的制度安排，这就既不利于开展独立的监察工作，也不利于进行全方位监督。（5）缺少一套具体可操作的制度或办法，对有的工作难以进行有效的监察，且即使监察过程发现偏差也较难及时进行纠正。

二是对行政权力的监察比较到位，但对学术权力的监察认识不足。中国目前的高等学校相对于党政机关来说，不仅有行政权力，还有学术权力。学术权力的行使，牵涉到国家对学术研究进行的投资（如科研经费）的合理使用，也牵涉到对从事学术研究的人员的评价、资助、奖励、提拔等。相关单位和人员在行使学术权力的过程中，如何确保学术（科研）经费使用合理、合法，防止对学术人员的不公和学术腐败，是高校监察工作需要认真研究和对待的问题，而目前在此方面往往研究不够，工作难到位。

同时，一些高校也还存在对教学、科研、管理等“主系列”工作的监察比较到位，对其他工作如校办产业、校内服务机构的监察不够等问题。(www.daowen.com)

三是执法监察、廉政监察、效能监察的工作力度不平衡。执法监察、廉政监察、效能监察是高校监察的三项基本职能，各有侧重。执法监察，是监察部门依法对高校内部行政部门、单位、工作人员及其他相关人员（如由学校任命的公司、企业、科研机构负责人等）贯彻、执行国家政策、法律、法规、规章和各种行政命令（含上级有关规定和学校规章制度、决议）的情况进行系统监督、检查的一种职能活动。执法监察的目的是通过对行政执法的监督检查，对行政执法中的偏差进行纠正和调整，对违法违纪行为进行惩戒，从而保障依法行政，主要针对单位，也针对个人。廉政监察，主要是针对高校内行政部门、单位、工作人员及其他相关人员的工作是否依法定职权和法定程序开展，对违反国家法律法规的腐败行为和违反学校规定的失职行为进行监督和检查，主要针对个人，也针对单位。效能监察，主要是针对高校行政执行的效率问题，即行政部门、单位及相关个人能否以最有效的方式来实现对学校资源的管理，使各种资源得到最合理的配置，同时依法对行政部门、单位及相关个人在管理工作中履行职责的能力、效力、效果、效益等问题进行监督和检查。它强调对工作态度、措施、履行职责、工作任务、工作效率的监察，解决管理不当、效能低下造成的工作损失的问题，既针对单位，又针对个人。执法监察、廉政监察、效能监察是一个问题的三个方面，目标一致，即为了促进政令畅通、廉政建设、勤政高效。三者之间相互联系，又相互制约。对同一事件，往往需要同时进行三方面的监察，不能将三者分割开来。但现实工作中，执法监察、廉政监察、效能监察往往被分割开来对待，往往只讲一方面，而忽视另一方面或另两方面，因而影响到了监察的综合效果。另外，在实际工作中，存在着廉政监察力度较大，执法监察、效能监察方面相对缺位的问题。目前，各高校都比较重视廉政监察工作。近年来，党和国家出台了一系列要求干部廉洁自律的规定，特别是《中国共产党纪律处分条例》的颁布，为党员干部的廉政监察提供了具体的、可操作性强的法规依据，在实际工作中效果明显。但一些高校在执法监察、效能监察方面却相对不足。表现为在执法监察方面，较重视招生考试、教育收费等执法监察，对其他多项工作中依法办事的监察、对财政法规执行情况的监察以及对毕业生就业情况的监察等则相对较薄弱。在效能监察方面，各高校开展的情况很不平衡，但总体是较薄弱，一些高校在效能监察方面几乎还未开展工作，或不能较好地开展工作。以上问题的产生既有部分高校在思想观念上还存在一定的认识偏差，重视廉政监察，忽视执法监察、效能监察的问题，又有执法监察、效能监察还缺乏较规范的制度和办法，标准模糊，操作困难方面的原因。

四是各高校监察工作成效不一。有的高校对监察工作的重视程度有待进一步提高，一些部门和干部职工的认识仍然不到位；监察力量不足，监察能力有限；制度尚需进一步完善；纠风工作、治理乱收费工作、治理商业贿赂工作、作风建设等有待进一步加强。同时，在部分高校中，违法违纪现象不时发生，低效能现象依然存在。