开展对高校财务收支审计是落实中央纪委和国务院反腐倡廉要求的一个具体措施。《审计法》第2条、第19条规定，国家事业组织的财务收支接受审计机关的审计监督。《审计法实施条例》第16条明确规定：“审计机关应当在每一预算年度终了后，对预算执行情况和其他财政收支情况进行审计。必要时，审计机关可以对本预算年度或者以往预算年度财政收支中的有关事项进行审计、检查。”因此，审计机关应该对高等学校的财务收支进行年度审计。目前对教育系统的财务监督缺少一套制度性的做法，监督不到位。首先，对高校财务收支的外部审计监督缺位。近些年来，审计署对高校财务收支进行审计只有两次。1995年审计署根据当年工作计划，对中央部门所属58所高等院校1994、1995年的教育经费、专项资金和预算外资金的收入、筹集、分配和使用情况进行了审计。按照2004年的年度工作计划，审计署对高校财务状况进行审计，此次被纳入审计的高校共有19所，包括北大、清华、大连理工等。审计署对这些高校2003年度的财务收支、教育收费等情况进行了全面审计，有的追溯到以前年度。另外，是有权对高校财务进行审计的地方审计机关也不能做到审计监督经常化，做到的仅仅是不定期进行专项检查。其次，对高校财务收支的内部审计监督力度不大。各高校审计部门对学校财务工作的审计力度不大，威信不高，监督职能作用发挥不充分。内部审计工作在制度化、经常化上做得不够，往往事后审计多，事前、事中审计少；对下属单位审计多，对学校一级审计少；对领导干部离任审计多，对任期经济责任审计少（或基本没有），审计中发现的问题也没得到及时有效的解决。

针对存在的问题，结合《审计法》有关规定，应当强化对高等学校财务收支的审计监督工作，包括外部审计和内部审计。（1）强化对学校财务收支的外部审计监督。应当使各级审计机关的外部监督经常化、制度化，保证按期严格审查，比如每年可以选定一些学校进行检查，并且在继续重视专项审计的同时，加强综合审计监督。重点审计以下内容：对学生不合理、不合规的收费情况；收入不入账，自行设立小金库情况；支出或投资不合理、无效益或损失浪费情况；贪污、受贿、挪占公款等涉嫌经济犯罪问题。（2）强化对学校财务收支的内部审计监督。首先，各高校审计部门要配备精干的审计人员。审计人员不仅要专业精、业务熟，还要忠于职守，遵纪守法。审计人员要树立正确的权力观、地位观和利益观以及廉洁从政的法纪意识，增强防腐拒变的能力。其次，建立各项规章制度，加强内部审计力度。学校审计部门要根据《审计法》、《审计署关于内部审计工作的规定》，建立《审计工作实施办法》、《领导干部任期经济责任审计办法》、《领导干部离任经济审计办法》等规章制度，对学校及所属单位的财务收支、经费管理和使用情况实施内部审计，尤其要加强对领导干部任期经济责任的审计，更好地促进财务管理工作的规范化。再次，加大对违法违纪单位及人员的查处力度。查办违法违纪案件，严厉惩处腐败分子，是治理腐败的重要手段。审计机关在执行审计监督时，要坚持“以事实为依据，以法律、纪律为准绳”的原则，敢于动真碰硬，对被审计部门违反国家规定的财务收支行为，在法定职权范围内予以严肃处理；对被审计单位负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员，应该严格按法律规定办事，向有关部门、单位提出给予纪律处分或其他处理的建议。(www.daowen.com)