由于高等教育面临的挑战有制度性的，也有本体性的，高等教育的整体性改革，既包括制度性改革，也包括本体性改革。本体性改革不属于制度性改革，但是，本体性改革需要制度性改革的配合，制度性改革是要为本体性改革服务的。前文已经讲到，需要改革高校的行政管理制度，给高校充分的办学自主权，使高校成为相对独立的教育机构，就像国有企业通过改革使国有企业成为市场经济条件下相对独立的商品生产者或经营者。行政管理制度的改革不一定要取消高校的行政级别，但一定要将高校从行政部门的过度管束下解脱出来。高校办学的教育质量只能由高校本身负责，不能让行政部门评价。高校必须接受行政方面的必要约束和市场约束，而不是接受行政方面的不必要的约束。如何管理高校是行政制度改革的重要内容，是需要深入研究探讨的，不能有情绪化的冲动，更不能轻率地做出改革的方案。只是有一点必须明确，教育行政制度的改革必须与整个国家的行政制度改革相一致，必须依法开展，既符合市场经济体制的要求，又符合智能时代的要求。改革不能回到旧的管制经济体制上去，不能将保证教育质量的责任压在政府部门的身上，要给予各个高校充分的管理自主权。

2016年3月16日，教育部下发《国务院学位委员会关于下达2014年学位授权点专项评估结果及处理意见的通知》（以下简称通知），引发广泛关注。根据通知，共有42所高校的50个学位授权点被认为“不合格”，其中包括不少985、211学校的学位授权点。这些学位授权点自发文之日起撤销，5年内不得重新申请。有人认为，“取消行政管理部门主导的优秀评估，而改为合格评估，才是履行教育监管责任。像这次对学位授予点的评估，不是评估学位授予点的质量高低，而是审查学位授权点的研究生培养体系完备性，包括师资队伍、人才培养和质量保证等。至于学位授予点在合格基础上，具体水平如何，不该由教育行政评价，而应由社会专业机构进行评价。事实上，就是政府行政部门进行的合格评估，也非由行政人员进行评估，也是委托专业机构进行资质审查，以防借合格评估对办学进行不合理的行政干涉。这是推进教育管办评分离改革的必然要求。”^[1]这表明，中国的高等教育的行政管理体制改革正在进行中，相比以往，已经有了较大的进步。

目前，在教育主管部门的主持下，应该说高考及招生制度的改革还是进展缓慢的。客观地讲，这项改革无法不受到社会环境的约束。但从根本上讲，还是对大学放权不够。现在的大学自主招生被限制在一个很小的范围之内，只能起到辅助性的双轨制的作用，改变不了大学招生缺乏自主性的根基。有的人在现有的自主招生上搞腐败，败坏了自主招生的声誉。但若由此减慢了自主招生改革的进程，那就有些本末倒置了。在大学的自主办学的要求下，能不能自主招生是一个极为重要的问题。如果大学连自主招生这个问题都要处处听从教育主管部门的指挥，那自主办学更无从谈起。如果行政制度的改革在这方面不放权，那就只能等到人们的思想认识进一步提高、认识到办好高等教育必须给予大学办学的充分自主权之后，再来讨论这一问题。(www.daowen.com)

就现在来说，教育主管部门对于大学的干涉还是太多。教师职称的评定虽然已经下放给了各个高校，但是教育主管部门的监管基本上与之前的主管没有差别，规定的职称评聘条件依然出自教育主管部门，高校的执行只能是更严，而不能有所变通。这就是只相信行政管理而不相信高校自主管理的一种典型的表现。这是以后需要改革的一个重大的方面。中国高校的教师职称评定搞得如此复杂，是最典型的将简单的事搞成复杂的事的做法，将简单的事搞成复杂的事，这样的职称制度不改革，高校是难以获得发展活力的。这是又一个涉及高校自主权的基本的制度性改革问题。

制度性的改革还包括高校内部的各种管理制度的改革。所有的制度性改革最终都要落在改变高等教育的落后状态上。不能改变落后状态，改革就是没有意义的，而改变落后状态要体现在教育的本体性上。这就是说，制度性的改革最终是为本体性的改革开路的，只有通过本体性改革才能实际地改变高等教育的落后状态。在现有的体制下，启动高等教育的本体性改革，即启动智能教育改革，应当是各个高校的责任。高校作为教育机构，在进行高等教育改革的大前提下，必须自觉地进行教育的本体性改革，尽快地消化高等教育制度性改革的成果，有一点点条件就进行一点点的本体性改革，不应有任何的拖欠。而且，各个高校都一样，都绝对不能停留在原有的认识高度上进行本体性改革，而必须在认识上达到智能教育改革的高度。只有这样践行改革，才能有效地推进本体性改革，有力地改变高等教育的落后面貌。