一九六一年八月某日下午，清源在东京目白区横过街道时，被摩托车撞倒，多处骨折和脑震荡，经抢救脱险，约一年多医治后，虽健康有所恢复，但脑震荡后遗症致使神经错乱。一九六五年第四次争夺名人称号赛中，被他的弟子林海峰夺去名人称号。从此棋坛上的吴清源时代过去了，继之而起的是林海峰、大竹英雄、赵治勳等新的一代棋手。

经过一段时间疗养，神经错乱症逐渐好转，虽然他还想在棋坛上逐鹿，但已是力不从心，只好息影家门，安度其晚年生活了。清源与和子感情很融洽，生有两男一女，长子是一位音乐教师，次子现在大学读书，女儿是学电子计算机的，现在富士通公司工作。和子为人精明强干，操持一切家务。因此清源晚年生活安详自在。

日本的高级棋手参加比赛，每次奖金高达一千万或二千万日元，清源在棋坛上身经百战，所获奖金为数可观。但他生活俭朴，洁身自爱，既不贪财好货，也不多财善贾，所以他总是表现出安静愉快的心情。清源是《读卖新闻》社的嘱托（意即编外人员），每月据说给他薪金五十万元，相当于日本大学教授级的薪金，只这一项也相当于日本中等之家的生活水平了。他著作的棋谱很多，每年都收到一些版税。清源在东京中心区新宿购买有两套住宅和在近郊小田原宽敞的别墅一所。生活是相当优越的。

国民党政权未取得他同意，取消他的日本国籍之后，他多年怏怏不乐，道理很明显，加入何国国籍，应当听从本人意愿，不能强迫。一九七九年他重新加入日本国籍以后，从此日本是他的家乡，中国是他的根源，对于中日友好有他的特殊作用。(www.daowen.com)

日本棋院在他失掉日本国籍之后，便暗中取消了他的棋士资格，他知道以后，心中也十分不平。重新取得日本国籍之后，他便立即向日本棋院提出恢复他的棋士资格。棋院叫他写申请书重新申请，他认为他根本没有要求退出，没有重新申请的道理，棋院应当无条件恢复他的棋士资格才对。他拒绝写申请书，事情就这样僵持起来。怎样解决，还无下文。

一九八〇年我去东京看望他，分别四十多年，经过人世变迁，岁月流逝，虽兄弟音容俱变，手足情谊依然如昨。自然，我们之间的信念却大不相同，清源是有神论者，我是无神论者，他仍然笃信红卍字会的教义，是日本分会中资格很老的会员，并和香港红卍字总会经常联系。清源很关心祖国的进步，特别是中国棋手的进步。他说今天中国棋手如曹大元、邵继廉、孔祥明及杨晖等人，他们正是提高棋艺的年龄，中国棋手要追上日本，先要向日本棋手学习，在不断钻研的基础上，追上他们。

叙述吴清源棋艺生活的片断琐事之后，我们大致可以看出他之所以有如此成就，是经过艰苦卓绝的努力钻研而取得的。二十年代中国报纸说他是“神童”，三十年代日本报纸说他是“天才”。但他自己常说：“勤奋可以达到一定的水平，如果没有天才和专心致志，进展到一定程度就有了限制。不专心而追求生活上的享受，成就也会昙花一现，所以成就的背面就是牺牲。”吴清源所走过的历程也是从事任何事业的人们所应走的道路。