一九四五年八月日本无条件向盟军投降，日本人民生活更加艰苦。东京粮食缺乏，清源夫妇一度就食于和子的亲戚家。这在清源来说，并没有使他有多大烦恼，最使他苦恼的是国民党政府不征求他的意见，强行撤消他的日本国籍。但他也没有向国民党政府申请恢复中国国籍，成了一名无国籍者。这种景况，一直延续到一九七九年重新加入日本国籍为止。

一九四六年八月开始与桥本宇太郎的十局决战，这次对局延续到一九四七年十一月，没有下完十局，只下了八局，结果清源六胜二负，取得胜利。战胜桥本后，一九四八年和岩本熏作十局决战，名为十局，实际上只下了六局，结果五胜一败，又是清源居先。

一九五〇年清源三十六岁时，晋升到九段。

五十年代是吴清源战绩最辉煌的年代。他和当时第一流棋手挨次作十局决战赛，取得一连串的胜利，简直是横扫三军，锐不可当。及至五十年代末，他开始显露出鼓衰力尽，光芒渐渐减退。

一九五〇年三月，清源与九段棋手桥本宇太郎作三局决胜战，三战三捷。七月又与桥本作第二次十局决战，这次决战继续到一九五一年八月，清源五胜三败二和，再胜桥本。至十月清源与藤泽秀行作四盘决胜战，清源全胜；随后他二人继续作十局比赛，结果清源以七胜二败一和，又压倒对方。一九五二年十月与九段棋手高川秀格作三局决胜战，清源全胜。随后又与藤泽作第三次十局决战，比赛到一九五三年三月，战至第六局结束，清源五胜一败，胜利而归。一九五三年十一月又开始与坂田作十局比赛，到一九五四年六月终了，总共下八局，清源以六胜二败取得胜利。一九五五年七月与高川作三局决胜战，清源三战三捷。八月，他二人又作十盘比赛，至一九五六年下完第八局结束，清源以六胜二败再挫高川。(www.daowen.com)

正是这年与高川决战时，中国解放后第一个文化界代表团访问日本，代表团中有中国戏曲界名人梅兰芳先生。早在清源十二岁时，曾应邀去李择一的哥哥家去下棋，在李家与梅先生有一面之缘。一个戏曲名人，一个围棋国手，彼此都很仰慕。清源参加了在东京举行的欢迎会。会上梅先生约清源在七月十一日于帝都饭店会面。届时清源和《读卖新闻》社主编围棋栏的多贺谷信，前去看望梅先生。在座的有梅先生的秘书许姬传，他也是围棋爱好者。梅先生说，当初也学过围棋，后来有人劝他，应该把精力放在戏曲上，不可分散力量，所以就没有继续钻研。清源谈起围棋也说，学围棋须全力以赴，要从小时候学起，没有艰苦的钻研，进展到一定程度就再难前进了，名师的指教也是不可少的。许先生问，中国过去的国手如黄龙士、范西屏、施襄夏等，和日本国手相比上下如何。清源说，这是围棋爱好者都爱问的问题，但很难说谁强谁弱，从前中国围棋规则，在下子前，四角先摆两子，这样棋路的变化就少了，布局的方式也有了局限，不如日本的棋路灵活多变，但棋的胜负主要决定于争杀。中国传留下来的棋谱，在争杀中不但有力量，而且还含有高度的思想性。应该吸收两国棋谱的精华和高手们的长处，才是不断发展的方向。许先生又提出，在日本每局棋，何以费二十小时之久。清源认为，起首、布局、收官等等不占很多时间，但遇到紧要关口或是对杀局面，一子棋也许要思考半小时，因为必须把对方的下法统统计算出来。高手对棋时的思路不会有太大的出入，稍一疏忽，就会造成一着失计，满盘皆输的结果。

最后清源对梅先生说，围棋是中国国粹，有三千多年的历史，日本围棋是在唐朝时由中国传入的，希望先生回国后，向文化部建议派几位有天才的青年围棋手到日本留学，我一定会照顾他们。第二天清源夫妇观看了梅先生的纪念广岛死难者义务演出，在招待会上合影留念。梅先生临回国前夕，与清源话别并互赠礼品。梅先生回国后，经有关部门同意，并走访顾水如先生，拟派其年甫十二岁的弟子陈祖德东渡日本学棋。当时由于台湾国民党政权的阻挠，未得实现，台湾驻日使馆并警告清源，不得再与本土的人来往。

一九五七年第四次与高川秀格作三局决胜战，以二胜一负再胜高川。同年五月由《读卖新闻》社发起的日本最强围棋手决定赛，清源得分最多，傲视群英。到现在为止，这颗在棋坛上纵横三十年的明星，开始了转化暗淡的历程，被后起的新星光芒所掩盖。

一九五八年第五次与高川秀格作三局决赛，结果是三战三北。一九五九年开始第二次最强手决定赛，坂田夺得冠军，清源居第三名。同年再与高川作第六次三局决胜战，结果一胜二败。一九六〇年与高川作第七次三局决胜战，结果二胜一败。一九六一年十二月，清源四十七岁，参加第三次日本最强手决定赛，夺得锦标而归，这是他最后一次光荣之战。