一九四〇年清源二十六岁，经能乐老艺人真多六平太的夫人介绍，与十九岁的正在东京高等师范读书的中原和子相识。当时日本人对中国人偏见很深，他二人愿意结为配偶，可她的亲友们是不赞成的。和子的父亲中原健一先生，是一位正直的人，他认为日本侵略中国是错误的，中日两国必须友好，才能互相发展。他认为清源不仅是一个围棋名手，也是一个有高尚品格的人。因此清源与和子的结合，没有什么阻力。

一九四一年一月，本因坊秀哉故去。东京《每日新闻》社发起“本因坊称号”棋战，选出六段以上的强手八人对局，他们是：清源、铃木、前田、久保松、关山、濑越、木谷、加藤。比赛分为四轮。结果“本因坊称号”为关山夺去，加藤名列第二，清源屈居第三。

日本发动的侵华战争，不能速战速决，反而陷入长期持久的泥潭，因此日本人民生活开始困苦起来。一九四一年，母亲和二妹回国，五妹因正在东京澀谷实践女子学校上学，暂留日本和清源一起生活。这一年清源与和子订婚。

同年八月由《读卖新闻》发起，与雁金準一作十局比赛。按雁金是棋界长老，当年六十二岁，已升至八段，本因坊死后，最高段位者只有他一人。虽规定为十局，下到第五局就中止了。这五局由一九四一年八月直下到一九四二年五月，清源四胜一负。

一九四二年二月，清源与中原和子结婚。婚后就从居住多年的西荻洼处所搬中野区中原和子的家。(www.daowen.com)

一九四二年棋院前期比赛，清源的对手七段关山利仙，五段中山新，六段长谷川章，七段小野田千代太郎，七段林有太郎，六段岛村利博。结果是五胜一负，负于关山，得分为全院最高，获一等奖。一九四三年《读卖新闻》社发起清源与棋坛的新秀藤泽库之助十局比赛，这十局从一月份开始，直至一九四四年九月结束，清源四胜六败。

一九四四年，日本发动战争的战局愈来愈不利，美国飞机频频轰炸东京，人民生活更加困难。棋士们被纷纷征调入伍，没有被征的也组织所谓“棋道报国联盟”，到处慰问伤病军人。清源在没有对局的情况下，就埋头钻研本因坊秀哉的棋谱，写文章在棋院出版的《棋道》上发表。

进入一九四五年，美机轰炸东京更加猛烈，五月二十五日美机大规模轰炸中，烧毁八十多万家，烧死大约二百五十万人，棋院也被烧掉。那时五妹已经回国，清源夫妇搬到四谷去住。在大轰炸中，四谷的住家及中野区的住家都被烧掉，他们只好东奔西走，投亲靠友，到处避难。在一次轰炸中，他夫妇二人随逃难人群奔跑，另有一部分人向相反方向跑去，忽然起了大风，大火烧向对方，向那个方向跑去的人躲避不及，大半被烧死。清源提起此事，深感侥幸。