一九三八年九月清源痊癒出院，下山后，就投身参加棋院的秋季大比赛。因为体力还没完全恢复，成绩平平，三胜三负一平。负于五段长谷川章、六段桥本宇太郎和四段田中不二郎，与五段篠原正美平局。一九三九年初清源晋升为七段。当时棋院比赛规章有一些修订：以前每年春秋两季比赛，每次在九个星期内赛完，每人八局。现在规定前期后期两次，每次可延期半年赛完，六段以上的棋士只须下六盘。清源在那年前期比赛中三胜三负，因为得分已经出线，故此应当升段。

清源在疗养期间，本因坊秀哉宣告引退，引退前，和木谷实对弈一局，叫做引退战，结果木谷实取胜。按理说木谷实应当是秀哉引退后棋界的第一流人物，但谁也没有忘记还有吴清源的存在，如果木谷实不与吴清源决一胜负，战胜吴清源，就很难说称为棋界第一。棋界人士强烈希望有此一战。三年前《读卖新闻》社曾发起过木谷与清源作七盘对局，清源三胜三负，以后中断，没有下完第七局。现在该社看出棋界的心情，决定发起木谷与清源的十盘战，以决雌雄。一九三九年九月底，这十盘决胜棋开始，延续到一九四一年六月，结果清源以六胜四负取得胜利。这十盘对局历程如下：

第一局（1939.9）清源执白子，以二目取胜；

第二局（1939.12）清源执黑子，未终局而胜；

第三局（1940.3）清源执白子，负五目；

第四局（1940.6）清源执黑子，以一目胜；

第五局（1940.8）清源执白子，中盘即胜；

第六局（1940.10）清源执黑子，未终局而胜；(www.daowen.com)

第七局（1940.12）清源执白子，未终局而负；

第八局（1941.3）清源执白子，未终局而胜；

第九局（1941.5）清源执黑子，未终局而负；

第十局（1941.6）清源执白子，未终局而负。

开始第一局时，双方非常重视，也是日本棋界注目的一盘，同时掺杂着日本人强烈的民族感情对待这盘棋。那时日本侵华战争进入第三个年头，是中日民族关系史上最黑暗的年代。日本民族的优越感非常强烈，清源虽已入日本国籍，但中国的根源是无法改变的，在当时日本棋界怎能容忍有中国血统的人占第一位呢！这一局一开始，就显出紧张的气氛，双方角逐异常激烈。木谷走到第一百七十着，因过于紧张而头晕，要求暂停，休息一下。日本小说家川端康成当时写的报导说：“木谷实在对局中，突然鼻孔流血，在席上打滚，而吴清源却无动于衷。”之后，日本评论家大宅传一根据这一报导写的短评说：“吴清源的冷淡无情，是中国民族的特性。”

在这十盘对局过程中，几次有人向清源投石子，还有人给他写恐吓信说，如果他赢了木谷，就要小心自己的脑袋。为此清源曾征求濑越先生的看法，濑越也告诫说：“以小心为是，若是下赢了，恐怕真有生命的危险。”可是清源态度是严肃的，把棋看成是第二生命，他坚持争取胜利，其他不多考虑。到一九八〇年九月我去东京见到清源，提起当年与木谷对局决胜的情景，他说：“木谷实确曾鼻孔出血，感到不舒服，只是在躺椅上坐了一会，并没有象报纸上所说的痛苦万分之状和在席上打滚之事，更没有割破手指，以示再战的举动。倒是一九四〇年十月下第六局时，剃了一个光头出席对局。”