一九三六年清源二十二岁，又出场参加棋院春季大比赛，对垒的八人为：小野田千代太郎、木谷实、高桥重行、岛村利博、长谷川章、前田陈尔、篠原正美、久保松胜喜代等八人，一一被他战败，获得全胜。但因八局中六局持黑子，得分低于另一组六胜二负的林有太郎，所以林有第一，清源第二，得奖金一千元，金牌一枚。春季比赛结束之后，又参加由日本新闻联盟发起的比赛，该联盟包括《河北新报》、《新爱知新闻》、《福冈日日新闻》、《北海时报》等四个报社。这场比赛中，连胜长谷川、加藤、林有、篠原、濑越、福田、岩本、高桥、关山、宫坂、岛村、向井、木谷等十三人。到与第十四人对局时，身体支持不住，由医生劝告退出比赛。当年秋季比赛因而也未参加。

一九三六年四月，清源加入日本国籍，改名吴泉，实际上是使用原来的名字。

同年七、八月盛夏之际，清源又参加由《时事新闻》、《东京日日新闻》、《读卖新闻》、《朝日新闻》、《报知新闻》等报社发起的棋赛。清源连战十七局。由于长时间的奋战，他精力消耗过大，使已经停止活动的肺结核病灶，又活动起来。因此，以后棋院的比赛未能参加。当时对结核病治疗尚无抗生素控制特效药物。只有安静休息，加强营养。起先他在家静养，半年多不见好转。一九三七年六月医生劝告他到东京东北山区富士见地方一个高原疗养所去疗养。那里环境幽静，空气新鲜，使他从紧张气氛中解脱出来。他在富士见疗养一年零三个月，调整了精神状态，恢复了体力。对他来说即使没有肺结核病，到这样清静山区来疗养也是必要的。他已经是六段棋士，前进的道路上会更加猛烈和艰苦，没有这次休整是不行的。(www.daowen.com)

在休养的日子里，他写了些病中感想散文，叫做《莫愁集》。迨至一九四〇年由天元社出版，以后一九五四年又加进一些内容，由中央公论社出版。棋士写随笔集还是少有的。在这本小集里，有谈棋艺锻炼的，有谈病中心境的。他说，每天没有什么事要做，也没有什么思考的问题，这样浑然的过日子，是对身体疗养的良药。象他这样人，日夜埋头在围棋对垒里，现在从中解放出来，顿觉轻快。他也喜欢读一些诗词，他最欣赏一首明朝女诗人写的诗，那首是：“杏花一孤村，流水数间屋，夕阳不见人，牯牛麦中宿。”他认为这是画中有诗，诗中有画的佳品。在《莫愁集》里他曾说：棋与诗虽然不同，但棋也有美感的存在，当他摆前人棋谱时，很多次不禁对棋中的美感赞叹不止。棋弈与诗意相结合的享受，这是没有听说过的，可能这是清源在棋艺实践中独特的见解。

一九八〇年我去东京探望他，十月中旬我回国时，我写一首赠别诗给他：“重踏扶桑忆旧游，心随沧海共悠悠。战火余生昆弟在，百年积恨一朝休。昔日少年今白发，明年何处共中秋。东瀛中土遥相望，手足情长似水流。”当时我想，清源在日本五十多年，一向说日本话，写日本文，中国诗的含意恐怕他不能领悟，谁知他接过我的诗，反复吟哦，仔细品味。以后他请三崛将先生把这首收录在他写的《吴清源故事》一书里。