当时日本棋院的总裁是大资本家大仓喜七郎，他答应每月资助二百日元，两年为期，期满后，能否在日本围棋院站住脚，那就要看清源的成就了。母亲决心戒掉鸦片烟，先带清源和大哥三人去日本，把我和三个妹妹寄托在亲友家里。

一九二八年十月日本棋院派桥本宇太郎接清源弟。十月十八日母子三人，由北京乘车到天津，再乘船去日本。二十三日到达日本神户，改乘火车到京都，游览了四五天后，前往东京。在车站迎接他们的有本因坊秀哉、濑越宪作等日本棋院的棋士，另外还有几名记者。当天住在赤坂葵旅馆，翌日移至棋院附近麻布区谷町六十一番地定居。首先的问题是，在东京是否能站住脚而得到日本棋院的承认他具有一名棋士的资格。

日本棋院组成一个审查会来给清源评定段级，审查会包括本因坊秀哉（九段）、岩佐珪（七段）、濑越宪作（七段）、铃木为次郎（七段）、加籐信（六段）、岩本熏（六段）、小野田千代太郎（六段）七人，并选出篠原正美（四段）、村岛义胜（四段）、前田陈尔（四段）、桥本宇太郎（四段）、小野田千代太郎（六段）、木谷实（四段）、本因坊秀哉七人，分别与清源对局。

一九二八年十二月一日，吴清源在棋院首战篠原正美，清源执黑子，中盘凯旋。十二月二十六日本因坊秀哉出场，按规定，九段与初段对局应让三子，但秀哉提出让二子。据说在审查会上，因濑越宪作是促成清源东渡的人，认为清源棋力有三段；本因坊秀哉则认为清源的走法邪门歪道，不能入段，姑念其远道来此，给予初段，二人争论非常激烈。因此，这次与本因坊秀哉对局，对清源评定段级关系重大。这时母亲和大哥在家中提心吊胆，生怕输了，濑越先生也是如此。后来听说赢了，才放宽了心。第二天濑越先生在饭馆请全家吃饭，表示祝贺。第三位对阵的是村岛，也被清源杀败。至此为止，清源连胜三局。

根据这三局的结果，审查会已经能作出评定清源的棋力为三段。当时评段比现在严格，那时的三段大约等于现在的五段级。段级评定了，依次再和岩本熏、木谷实等余下的四个棋手继续对局。在这四人中，他只输给木谷实一盘，其他均取胜。木谷实是清源第一次遇到的劲敌，无论在布局或在实战上，木谷实都是难于应付的对手。当时清源对木谷的下法是怪异的。他第一子走中心，以后就亦步亦趋，木谷怎么走，他也怎么走，弄得木谷不知如何是好。在对棋中，木谷站起来跑出屋外好几次。直到第六十五子他才改变走法，这盘棋木谷赢三目。清源为什么这样走法，事后他对我讲：“那时黑棋下完之后不还子，和现在走法不一样，因此黑棋必须早些在中央下手，当边角都安定以后，黑子多中心一子容易取胜，我要早期在中央同白棋交战，作一个新的开局战法。木谷不了解，非常气恼，等到第六十二子，边角都完，六十四子才到中央来下，当时黑棋稍稍取胜已不是难事，也可以说我的战法成功了。可是以后我疏忽大意，一百一十三着是随手而下的疏忽之子，白棋乘机走了一百一十四断的好着，黑棋就处于劣势了。早期在中央作战，不见得是好的战法，因木谷不了解我的意图，我获得成功，可惜我不能全神贯注到底，以致得而复失。”

和木谷对局，是清源到日本后的第二年即一九二九年夏初，那时他才十五岁。既然评定了段级成了棋院的正式棋士，就要参加棋院每年春秋两季举行的大比赛，考核成绩，决定升进。清源弟本来身体衰弱，加之到日本以来接连对阵，身体有些支持不住，所以濑越先生等人向棋院提出，暂缓参加比赛，休息一年。(www.daowen.com)

一九三〇年清源十六岁，开始参加棋院的春季大比赛。这关系到每个棋士的前途，每个棋士按规定的八盘对垒中，都是全力以赴，互相角逐。清源的对手八人是：渡边英夫（三段）、木谷实（五段）、久保松胜喜代（六段）、加藤三七一（三段）、关山利一（三段）、篠原正美（四段）、村岛义胜（五段）、铃木ひで子（三段）。比赛结果，清源七胜一负，负于木谷实，名列全院第三。第一名奖金三百日元，金牌一块金表一只；第二名奖金二百日元，金牌一块；第三名奖金一百日元，金牌一块。一百日元约合当时中国银元二百六十元。

当年秋季大比赛中，上阵和他对局的有小岛春一（四段）、宫坂寀二（六段）、铃木ひで子（三段）、藤田丰次郎（四段）、前田陈尔（四段）、高桥重行（三段）、林有太郎（六段）。结果清源全胜，在全院点数最高，列为第一，具有升为四段的资格。

一九三一年清源十七岁，在春季比赛与之对阵的有桥本宇太郎（四段）、木谷实（五段）、加藤信（六段）、加藤三七一（三段）、关山利一（四段）、篠原正美（四段）、久保松胜喜代（四段）、长谷川章（四段）。清源六胜二负，负于木谷实和长谷川，名列第四。同年秋季比赛中，上阵对手有高桥重行（三段）、林有太郎（六段）、向井一男（四段）、前田陈尔（四段）、铃木ひで子（三段）、小野田千代太郎（六段）、小岛春一（四段）、福田正义（五段）。清源获得全胜。按成绩他当升为五段棋士，但这时棋院升级规则有所改变，即成绩无论怎么优良，必须经过四次比赛，也就是两年才能升级。原来议定大仓喜七郎每月资助二百日元，以两年为期，到一九三一年已经期满，所以清源在今后必须以下棋的收入来维持生活。不过他已是日本棋院的正式四段棋士，是日本棋界一颗崛起的灿烂明星，生活也不成问题了。

在东京麻布区谷町六十一番地住了半年多，他们搬到东中野冰川神社附近，一年之后，又搬到西荻洼和濑越宪作先生作邻居，这两三年中，大哥先后回北京把三个妹妹陆续接到日本，一家七口除我之外，均在东京居住。生活安定，使清源得以专心下棋。他不断和高手较量，吸取经验，努力钻研。濑越先生说过：“我和清源一家为邻十年，我知道他无论什么时候都在家埋头钻研棋艺，他是一个天才，但比别人更加倍努力。”又说：“吴清源虽然是我门下弟子，但我很少指点过他，他棋艺上的成就，都是自己钻研出来的。”清源这时心中只有棋，全副精神都浸沉在围棋之中。家里事由母亲和妹妹们操作，外边事务由大哥奔走。那时的日本棒球队以早稻田和庆应两个大学最有名气，每逢两大学决赛时，日本人争先恐后地去看球赛，门票要四、五日元（合我国货币十二、三元，当时我在南开大学求学，每月食堂饭费是七元钱），某日，一位朋友买到两张票，特邀清源去看。当跑全垒的场面出现时，观众喊声雷动，清源却无动于衷，只是仰头看天。朋友问他看什么，他慢慢回答说：“我想昨天那盘棋我有一子不应那样走。”有一年暑假，我到东京，清源要外出理发，我问他到哪家理发馆，他说到高圆寺车站的理发馆。这要走三站路，我奇怪为什么不到附近的理发馆呢？他告诉我说，各处的理发师都喜欢和顾客说长道短，他发现高圆寺的理发师不和顾客讲话，坐下就理发，理完就走，在理发中间可以闭目养神或思考棋中的问题。以上一些小事，说明他不愿让日常生活琐事干扰他心灵的活动。