设立图书局。延聘王国维、汪荣宝编辑教科书及参考用书。

成立名词馆。以严复为总纂，编定各种学科的中外名词表。

成立京师图书馆。奏请将热河文津阁四库全书及避暑山庄各殿陈设的书籍，内阁的宋元旧刻，翰林院的《永乐大典》，无论完缺破碎，都一并交图书馆管理，并饬拨净业湖、汇通祠各地址，兴工建馆，这为今日的北京图书馆奠定了初基。严修曾亲至大内，查看所收的古籍、档案（题本）。

设置京师督学局，统一督导都中教育。

设立京师女子师范学堂。

此外，严修还督率学部人员详细擘划，编制了教育工作八年计划。(www.daowen.com)

严修在学部治事精勤，事无巨细，劳瘁不辞，曾有“勤劳甚于司官”之誉。他还手书应整顿事宜三则，告诫僚属：“一、守时限，严定功过，节制旷勤来去自由之习；二、戒喧笑，办公非会客闲谈之所，戒杂坐喧呶，哄堂笑谑，或指使仆役，声威并作；三、崇俭朴，部费力求樽节，晏安之途愈辟，则勤奋之机愈阻。”（陈诵洛《蟫香馆别记》）公余之暇，他还聘专家来部开讲习会，督率部属听讲，以增知识。

严修虽锐意兴学，想有所作为，但在当时清廷腐败政局之下，所受阻力甚大。所以在任职的第二年（1907年）间，他就每自夜不成寐，感叹“不能退，不能遂，如之何？如之何！”“就中有益于人、有益于己之事，求一而不可得，乌乎难矣！”（《日记》正月初九日、五月廿日）所幸的是，是年九月张之洞以体仁阁大学士、军机大臣兼管学部事务，乡谊旧知，甚相谐洽，所以才勉留其任。但到一九〇八年慈禧、光绪死去、载沣摄政当国，情况为之一变。主要原因是牵连到袁世凯积忤放归，而严修上疏力保，并在袁悄然离京之时，亲往车站送行之事，载沣曾数次借机给以难堪。转年张之洞病故，严修这时“确见天下事决无可为”，只得以扫墓为由，告假还津。一九一〇年三月，奉谕准奏开缺，学部职务至此遂告结束。

严修有《五十述怀》一诗，可做这段从政生涯的写照：“两度瀛山采药归，渔竿初志竟乖违。不惭高位腾官谤，可有微长适事机？推毂徒贻知己累，滥竽敢恃赞者稀？百年分半匆匆去，差向人间忏昨非。”

严修此次学部卸任归来，又负债银二万二千余两，银元一万八千余元，向交通银行借三万两偿债。