新型的教育事业在几千年古国的大地上初次出现，首先需要明确揭示并公之于世的，应该是教育的宗旨究竟是什么。因为“必提挈纲领，而后条目可以扩张，扶植根本，而后枝叶因之发育。”（《奏请颁布教育宗旨折》下同）这是严修到学部后所要办的头件大事。

在这个奏折中，第一次提出了“普通教育”这一新的命题，认为“今中国振兴学务，固宜注重普通之学。”“普通云者，不在造就少数之人才，而在造就多数之国民”，所以要“全国之人，无人不学。”为了具体推行普及教育，他于次年即致函天津知县章师程，要先行“调查学龄儿童之确数，以渐谋义务教育之普及”，以“试行于一县，而递推于全国”，其次，是第一次系统地提出了道德教育、军国民教育、实用教育的概念，认为“中国民质之所最缺而亟宜箴砭以图振起者有三：曰尚公，曰尚武、曰尚实。”因为“中国之大病曰私，曰弱，曰虚。必因其病之所在而拔其根株，作其新机。”所谓尚公，就是“人人皆能视人犹己，爱国如家。”所谓尚武，就是“凡中小学堂各种教科书必寓军国民主义。”所谓尚实，就是“凡中小学堂所用之教科书，宜取浅近之理，与切实可行之事以训谕生徒。修身、国文、算术等科，皆举其易知易从者，易之以实行；其他格致、图画、手工，皆当视为重要科目，以期发达实科学派。”这些提法，无疑都是不仅切中时弊，而且能彻革积习，关系到百年育人之大计，是有一定的进步意义的，后来入民国后蔡元培所拟之教育宗旨五项，对此三“尚”即予以保留，改称为“道德主义”、“军国民主义”、“实利主义”。(www.daowen.com)

当然，作为维护满清君主统治的工具的教育宗旨，根本上是反映封建统治阶级的利益和意志的，因而其指导思想是不可取、也无足称道的，那就是奏折所提出的，“中国政教之所固有而亟宜发明以拒异说者有二：曰尊君，曰尊孔。”这是统驭一切之总纲。爱国与忠君合一，正学以孔教为本，这决不仅仅是作为朝廷文告的题中应有之义而提出的，同时也正是严修多年以来所形成的“中学为体、西学为用”的教育思想的反映。正如他在一九一一年致陈宝泉函中所说：“学部奏定之新章，即五六年前鲰生所持之故见。”这些观点同他在十年前在贵州时致陶仲明函中所说的完全出于一辙：“中国之学，万劫而不可磨灭者，惟义理耳。西学虽明备，孔孟程朱之道不能畔也。义理之学愈深，西学之用愈实；孔孟程朱之道愈明，泰西之法愈见其可行。”他甚至认为：“孔子之教，大而能博，不但为中国万世不祧之宗，亦五洲生民共仰之圣，日本之尊王倒幕，论者以为汉学之功。”（同前《奏折》）这种思想一直成为他晚年创立崇化学会的主导思想。