严修一八九八年三月返抵津寓后，闰三月十日晋京觐见光绪帝于颐和园。十四日谒李鸿章。四月，于徐艺甫处见康有为，因彼此心仪已久，所以虽系初会，亦畅谈甚久。越五日，与康及梁启超等陪日本公使小聚。是月底赴小站访当时任营务处总参议的同里同年至交徐世昌，并经徐的介绍，认识了袁世凯与段祺瑞。八月因见忤徐桐之故，被免去翰林院职务，仅留编修空名，全眷由京返津。八月十六日，慈禧政变临朝，杀谭嗣同等六君子，严修因在百日维新中很少在京，亦未参与康、梁之事，故得免于难。

是年冬，请张伯苓来教严氏子弟及故人子陶孟和。讲授课目有英、算、理、化诸科，当时称为西学。

一八九九年，严修四十岁。有《四十自述》诗：“我年二十失双亲，又作孤儿二十春。八载京华糜廪禄，一官天末厌风尘。心伤岛国沧桑古，肠断鸰原墓草新。除却向平婚嫁事，世间无所用斯人！”（其兄香孙于上年六月去世，第六句故云）长才未展，事与愿违的愤懑之情，溢于言表。

一九〇〇年义和团事起。六月，八国联军侵入了天津。严修全家未及远避，且有戚友四十八家投他家避难。他亲眼看到当时地方糜烂、生灵涂炭的惨景。这场创痛剧深的、比以前的英法联军、中法、中日各役都严重得多的民族大灾难，使严修深受震动。此时，他不由得不觉察到，时艰势危，当务之急，已不仅在于人才的培养与选拔，而更重要的则在于民智的启迪与开通。要达此一目的，那就决非在旧式儒学与科举制中兜圈子，修修补补，所能济其事。而需要重新另起炉灶，认真学习西方资本主义文化科学，采用资本主义国家的教育制度、教学内容和方法，创办新式学校，普及国民教育，以提高国民的文化知识水平。从养士教育到新民教育，这是严修思想的又一突破性的变化，是他从一个儒学教育的改良派转为一个资产阶级教育先行者的历史转捩点，而前此的奏开经济特科只不过是他从科举制度走向近代教育的一道桥梁。

要学习西方，引进资本主义文化与教育制度，就需要到外国去学习与考察，以探求办新式学校的模式与途径。而出洋考察，应先去何方呢？严修在这里首先选中了日本。理由倒不只是中日两国一衣带水，路近费省，更重要的则在于两国的国情相似。严修既寄希望于清室的中兴与维新，主张自上而下的政治改革，那么日本的明治维新自然就成为他所向往的鹄的与典范了。这就是他为什么在短短的两年内“两度瀛山采药归”（《五十述怀》）的缘由。

一九〇二年清政府从八国侵略军的殖民统治机关“天津都统衙门”手中接管了天津城，地方局势比较稳定了，严修也实现了他赴日本观光学习的意愿。从是年七月到翌年九月共在神户、东京呆了一年又三个月。他所参观的范围非常广泛：政法机关有贵族院、众议院、大理院、东京府署、警视厅、控诉院、地方裁判所、鸭巢监狱；社会福利机构有慈惠院、养育院；实业单位有纺织会社、麦酒会社、商品陈列所、电话局；文化机构有博物馆、水族馆、《朝日新闻》社。后一时期，同由清廷派来日本考察的五品京堂、桐城派古文大师吴汝纶（挚甫）一起参观时，更把重点放在教育事业上。他们参观了帝大、早稻田大、医大、农大、高工、高商、高师、女校、医校、音校、体校、美术学校、聋哑学校、小学、幼稚园与同文书院、庆应义塾。他们还访问了近卫公爵、大隈伯爵和嘉纳治五郎等教育家。严修每到一处，看得都非常用心和仔细，并随时作了记录，说明他对于日本人学习西方资本主义，实行政治、经济、文化改革的经验是如何加意去探讨，特别是在教育思想方面，他所受的启发很大。他很欣赏日人福士在去神户的船上所说的“宜采东西文明利器，开我富强”那句话，认为“言之成理”。他对日本前首相大隈重信所说“取人文明，则己之文明自进”，也深感“其言简括得体”。他认识到要使中国富强，就必须从普及教育入手；而兴办教育，首先要学习西方资本主义，建立新式学校。因此，当他东游归来，就立即以极大的热情与精力，投入新式教育的开拓与兴办。

首先，严修在自己家中办起了严氏女塾，聘来日本人川本教日语、音乐，山口教手工艺，野崎教织布，从纺纱到织斜纹、直纹布，也织毛巾。还设有算术、缝纫各课。同时，在女塾首先宣传推行放足，严修亲撰《放足歌》，使女生皆习唱。

与此同时，严修与林墨青、王寅皆集议，将王竹林、李子赫创办的，先是设于灯牌公所、后又移至会文书院的两斋私塾，和后来由林等增设的三斋私塾，归併在一起，定名为民立第一小学堂，这是天津有正式小学之始。

一九〇三年，严修又与林墨青共同敦促邑绅卞、张两家筹设民立第二小学。天津知府凌福彭、知县唐则瑀约请严修出来，主持创办官立小学三处。后又在严的推动下，成立了补习所与研究所。前者设有文、理、法、商等学科课程，聘有金邦平、张伯苓等十余人担任教师，严修也常去听课，还有时亲自审阅教材和课业；后者则于每周末集合各小学教师及有志于此者研究改进课程与教学方法。各项活动，严修每次必到，并协助由国外搜集课本备用，或帮同自行编辑出版。是年，还协助向所培植的李金藻（琴湘）、陈宝泉（筱庄）、刘潜（芸生）、胡家祺（玉孙）、郑炳勋（菊如）、刘宝慈（竺笙）等人赴日留学，入东京弘文学院深造。

一九〇四年，由于严修的努力推动，天津除陆续设立了官立小学多处外，又筹设了工艺学堂一所和专为贫寒子弟而设的半日学堂九所。成绩斐然，冠于当时，因而颇为直隶总督袁世凯所重视，乃力约严修出任直省学校司督办职务。

严修于三月下旬赴保定就职，但仍要求先赴日本考察，遂于四月间再次东渡，张伯苓偕行。严修前次赴日，主要是参观各类学校的规制、设备及课程编制；此行则重在通过实地考察，了解各学科的教学内容、教学方法及教育行政管理。为了适合中国的实际需要，他把重点放在普及教育与实业教育上。他曾多次到高等师范学校附属小学听课，并听嘉纳治五郎（1902年创办的、专为中国留学生而设立的弘文学院的校长）讲小学之建设，听棚桥源太郎讲教科书编纂法，听文部省参事松本龟次郎（1908年曾受聘到我国京师法政大学堂任教，据其本人回忆：鲁迅、秋瑾、周恩来均为其学生，见日本藤惠秀《中国人留学日本史》第二章，1960年版）讲小学校之大略及有关教员诸事宜。他还参观了文部省各课、早稻田大学、女子职业、高等工业、寻常师范各学校以及实践女学校、幼稚园。学校司原有日籍职员渡边，此次亦随同访日，并由其聘请日本教员数人来华讲学。

严修六月间访日归来。不久，学校司改称学务处。次年移学务处于天津分科办事。在一年多的期间内，严修锐意兴学的抱负和才略得到很好的展布和发挥。

在天津：

（1）一九〇四年十月合并原有严、王（奎章）两馆，并招收新生，在自己家里办起敬业中学，是为南开中学的前身。为培养师资，又办了一个师范班，以陶孟和、时子周为师范生。

（2）一九〇五年改家中的严氏女塾为严氏女学，设高小、初小两级，逐步设置了国文、英文、日文、数学、理化、史地、音乐、图画各课，是为天津女学之发轫。

（3）同年，于家中设保姆讲习所，培养幼儿教育师资，聘日籍女教师大野铃子主持，课程有保育法、音乐、体操、游戏等，还学国文、英文、算术、生理、化学等课。学生二十余人，多属严、韩、林、华各姓女子。该所于一九〇九年大野回国时停办，又成立过一个师范班。师范班停办后，学员留园任教，再以半天到直隶女子师范学堂旁听，继续深造。刘清扬、韩咏华、董洁如就是当年这样的师范生和蒙养师。

（4）与此同时，还在家里设立了蒙养院一所（后改名为幼稚园）。保姆讲习所学生都要到蒙养院实习教学，开天津幼儿教育之先河。

（5）继续发展民立小学，增达十九所。

（6）一九〇五年，将原铃铛阁普通学堂改为天津府中学堂。

（7）一九〇五年改天津校士馆为师范学堂。(www.daowen.com)

（8）一九〇五年收回法国人在城西如意庵办的学堂，建立如意庵官立中学堂。

（9）一九〇四年建立天津公立女学堂，一九〇五年又于河北西窑洼建立高等女学堂及官立女子小学堂。

（10）一九〇四年改东南角草厂庵的北洋工艺学堂为直隶工艺学堂。一九〇五年又建立初级工艺学堂。

（11）成立天津教育研究所，严修并曾亲往参加教授法的研究。

在保定：

（1）创设保定师范学校。

（2）改保定校士馆为科学馆。

（3）设立研究所。

属于直隶全省者：

（1）设各县劝学所。此为严修所首创，《清史稿》卷一百七曾特为之记：“劝学所之设，创始于直隶学务处。时严修任学务处督办，提倡小学教育，设劝学所，为厅州县行政机关。仿警察分区办法，采日本地方教育行政及行政管理法，订定章程，颇著成效。（光绪）三十三年，学部奏定劝学所章程通行全国，即修呈订原章也。”

（2）续派绅董赴日游历，先到天津考询，不拘人数，有一次多至数十人者，先后共达百余人。

（3）派人赴日学习印刷，计选派学习雕版、铸字、石印、网目写真、配色电镀等技术者七人。

（4）派定查学人员吴鼎昌（蔼辰）、李金藻、陈恩荣等分赴各府州考查办学情况。

（5）规划每府设中学、师范各一所，督促各府积极筹款兴办。

（6）筹设宣讲所。创办《学务报》，荐陈宝泉、高步瀛编纂《国民必读》、《民教相安》二书，以启发知识，共印行十万册。又编辑教育杂志、中小学教科书，推行全省。

（7）设立客籍学堂，由卢靖（木斋）任监督。

（8）筹办北洋法政、师范等学堂于天津。

（9）规定留日学生名额，于日本东京直隶省留学生中设速成理化科。

直隶教育事业的日有起色，使袁世凯对严修更加器重。有一次袁曾对陈宝泉言：“吾治直隶之政策，曰练兵，曰兴学。兵事我自任之。学则听严先生之所为，吾供指挥而已。”（陈宝泉：《严范孙先生事略》）