光绪二十年（1894年）八月，严修简授贵州学政。他九月出都，取道清苑、安阳、郑州、新野、樊城、江陵、常德、沅陵入黔。十一月抵贵阳，就任。

严修在贵州学政任内，锐意兴革，显示了他卓越的器识与才华。三年瓜代离任之时，黔中士子为他树去思碑与誓学碑，称颂为“经师兼为人师”、“二百年无此文宗”，这都不是偶然的。

接篆之日，严修即上折奏报接印经过，这一奏折也就是他在黔一切措施的方针与要旨。他表示要“严去取以覈真才，慎关防以祛诸弊，揆圣贤立教之意，有行重于有文；体朝廷眷士之心，所习必课诸所用。”这段话正是他崇实学、育真才这个一贯主张的集中体现。

下车伊始，头件事是“观风”，即巡赴各州县命题课士。所发《观风告示》，也就是他的按试纲领。他考课生员，出有策论四题：一、辨志，问“志趣何如”，“愿治何书”；二、明师，问“夙所宗仰”；三、评文，使试评“浅深同异之故”；四、匡时，使各举所知“军国富强之策，民物利病之源”。四题之间，有一个中心的宗旨和要求来贯穿，那就是打破一切拘墟与迷信，“勿空言，勿耳食”，敢于独立思考，“词必己出”，而且要“畅所欲言，无有逊避”，“抗希古人不为僭”，“覙举时贤不为私”。也就是说，要敢于向权威挑战，勇于接受新事物。特别语重心长的是，他在论题小注中所说：“方今时事，急需才矣！诸生有熟于经世之学者，各举所知，以相讨论，范文正作秀才时，便以天下为己任，愿诸生效之！”以上这些话，对于那万马齐喑的当时，夜郎故国的当地来说，不能说不是一声木铎晨钟！

莅任不久，严修又发出了《劝学示谕》，这是他一向所主张的为学要旨。文告中首先切中时弊地指出：“方今士习之蔽，大要有二：朝而时文，夕而试律，迂道德而不谈，束经史而不观，所用非所习，所习非所用，其蔽一也。口则诗书，心则货利，身则庠序，行则穿窬。言不能顾行，行不能顾言，其蔽二也。”要祛除这种学用脱节，言行不一的大蔽，就必须“讲求为学之本原，推究读书之实用”，在学习的态度和方法上来一个彻底的改变。因而他在这里提出了“反己自证”这一新的命题。用现代的语言来说，就是联系思想实际，作自我批评与检查，用生活的实践来检验自己学习的成果。如“言礼义忠信廉耻也，则思我之应事接人、去就取与之间何如”。如已做到，自可“怡然自慊”；如未做到，则必应“蹶然自奋”，如正“中吾之病痛，或发吾之隐伏”，则“必有皇皇汗下，似若无所容者。”在文告的中心部分，他更强调地指出：“天下之治乱，视乎人才之盛衰。今日读书，他日致用，非止为进取也。”因为欲得朴雅之才，所以对诸生更需要“校其文艺，以觇其所造；察其气质，以验其所养；面课其言论，以测其浅深；密访其行谊，以覈其真伪。”“浮薄傲戾者，名虽久著亦黜之，以儆效尤；敦笃纯实者，文虽未工亦进之，以资矜式。”这都充分体现了他所倡导的“敦品励学，讲求实用”的教育思想。

严修在黔，第一年按试了安顺、遵义各府，第二年按试了下游平越、都匀各府。所至循名责实，严格去取，特别注意剔除积弊。严禁考生冒籍、枪替，并示诸童互相纠查，如能指攻确实，格外奖赏，使作奸之徒，闻风歛迹。此外对补廪、候廪，出贡的生员交纳上费的弊政，也予以革除，使许多寒士受惠不小。

严修鉴于贵州地处边远，风气比较僻塞，为了启迪民智，开拓文风，还做了许多有益的工作。

严修出京入黔，虽轻装简从，但携书甚多，达十四大箱。抵黔后又捐廉购进了一批书籍作补充。大部分都拿出来置存学舍，供士子浏览。后来又与抚藩合议，筹立官书局，刻印书籍，发售各州县，置放学舍，以供阅览，并以看书之多寡，作为士子勤惰考察之标准，学官奖惩之参证。他还翻刻《书目答问》等读书指导一类的书，教士子以读书之法。每月终审阅读书日记、省身札记，对成绩优异者，给以书资与膏火的奖励。

贵州原有正本、贵山、学古三个书院，为了加强施教，严修改组了学古书院，手订《肄业条约》，令各州县保送优秀生员四十人住斋肄业。聘黔省名儒雷玉峰主讲席。所习以经史、算学为主，兼习时务、政要。他还曾电请湖广总督张之洞协助征聘算学讲师，并每日亲自前往督课，为学生解答算题。(www.daowen.com)

严修感于兴学敷教必须形成风气，乃使雷玉峰发起组织协会，约集同人，共申条约，以相互砥砺，使学风为之一振。

严修诞生在第二次鸦片战争的兵燹之中，从他束发受书到居官翰苑的二十年间，正是古老中国发生历史巨大变革的时期。他的家乡天津这时已被迫开为商埠，辟有外国租界，成为西方资本主义国家经济、文化侵略的桥头堡。外国人开设的洋行、教堂、学校、医院相继出现。清朝统治阶级中的洋务派也于此时应运兴起，以天津为中心，办起了洋务学堂、制造局、铁路、轮船局等新型事业。面对这样的历史现实，关心国家命运的严修，在思想上不能不有所触动。他出任贵州学政之年，又正是中日战争中国败衄的一年。次年中日马关条约签订，满清政府丧权辱国，更使莽莽神州濒临危疑震撼之秋。严修在贵州听到这些消息，深感“厝火积薪，危若燕幕，感时纡轸，如何可言！”（1896年《寄辛蔚如》，见《蟫香馆书牍》）认识到“承敝易变，事有必然”，而自己却是“明知救时才俊，必不出于八股试帖之中，而较短絜长，执以进退。虽职思当然，不自觉其兴味之索然矣！”（同前）“朝廷当旁求俊义之时，学臣有教育人才之责。一筹莫展，负疚滋深！”（1896年《上张子笏师》），因而下决心要“研精课实，以应当事之求”（1896年《寄华壁臣》）了。

是时，康有为等在京已有公车上书之举，万言书辗转传抄，强学会也展开活动。他们的那些维新论调与严修的看法正不谋而合。这时，严修已痛切地认识到“科举法之弊，人才之衰，至今斯极！若一无变通，似于作育之道亦有未尽。”（1896年《复柯逊庵太守》）“近来时局日异月新，泰西诸学，俱为当务之急。”（1896年《上尹琅若师》）“不此之务，势将不拯！”对昧于时势的陈言积习，必须彻底予以扭转。他也意识到了：“迩日当轴颇务改絃，意者机殆将转乎？”（1896年《寄辛蔚如》），并在一封致徐世昌的函中赞许“康长素之疏真卓论也”（《黔轺信草》），肯定了革旧维新的潮流是不可抗拒的。

就是在这样的形势推动下，严修在思想上发生了一个突破性的变化，这具体表现为一八九七年八月他的有名的请开经济特科奏折的提出。在这个奏折中他突出了“非有旷世非常之特举，不能奔走乎群材；非有家喻户晓之新章，不能作兴乎士气”的改革与求实精神，提出了仿照康熙、乾隆年间两次举鸿词、一次举经学的特科的先例，打破常格，另设经济特科，对“周知天下郡国利病”者，“熟谙中外交涉”者，“算学译学擅绝专门”者，“格致制造能创新法”者，“堪游历之选”者，“工测绘之长”者，“统立之专名”，予以量材取用，同于正途。并规定“去取无限额数”，“录用无拘资格”，“赴试宜筹公费”，俾天下有志之士“争自濯磨，翕然奋兴”。为了减少阻力，防止幸进，还规定“责成内外诸臣搜访保送，蔽贤者惩处，荐贤者上赏。”法良意美，也充分体现了严修的深谋远见。

严修的奏开经济特科一举，在他的一生历史中，乃至在中国近代教育发展史上，都占有一定的重要地位。因为它不仅切中科举制迂腐空疏的积弊，打破了唯一的通过八股以取士的渠道，也为学习西方文明，使新兴的有维新思想与技能的人才跻身政治舞台，打开了一线通道。但严修毕竟是一个出身于封建阶级家庭，受过一整套封建儒学教育，并且已沿着科举的阶梯爬到统治阶级上层的士大夫阶层，他的变革旧制、学习西方的思想不能不表现出很大的软弱性与局限性。他不能断然忘情于他自己所走过来的道路，也不愿甘冒离经叛道之不韪，一下子断绝了那一大群与八股文字性命相依的生员士子所必经的出路，所以他并没有提出废除科举制的明确主张，只不过在“科举未能骤变，学额又未能遽减”的情况下，开特科以为权宜，仍与八股取士并行而不悖。这样做，其作用正如梁启超在评论此事时所说的那样，“得此亦足稍新耳目”而已，是起不了多大的实质性的变革效果的。但在当时，即使是这样的一个极为迁就的修补方案，也还是因触怒了那些顽固分子而胎死腹中，并为严修本人招灾惹祸。

严修此折奏上，光绪帝于次年五月诏谕：“所拟六条尚属详备，即着照所请施行，并命三品以上京官及各省督抚学政，各举所知，保荐人才，限于三个月内迅速咨送总理衙门，会同礼部奏请考试，一俟咨送人数足敷考选，即可随时奏请，定期举行。”（总理衙门、礼部《遵议经济特科详细章程疏》附片）但诏下数月，顽固派大臣仍迁延不肯荐人，严修的座师大学士徐桐甚至因此而拟削去严修门生籍，竟传语门房：“严修非吾弟子，来谒不准通报。”迨至八月慈禧政变亲政，此议更无形夭折报罢。

一八九七年十二月十五日严修任贵州学政期满离省，取道岳州、武昌、上海，到慈谿故乡扫墓。翌年三月，回到天津。由沪搭新裕轮返津途中，曾与梁启超、康广仁相遇畅谈。

严修贵州学政一任，因捐廉为士子购书、作奖金，所费不貲，任满还京不仅宦囊如洗，而且负债累累，只好托至戚举债，借八千缗又两千金于德厚堂，总计负债四千两。