同治十二年（1873年），严修十四岁，应院试，被录取，入府学。次年，应岁试，取一等第七名。自光绪二年至七年（1876—1881年）间，他从举人张绅（子笏）学，曾用功读“四书”、《诗经》、《书经》、《礼记》、《左传》、《纲鉴》与《朱子汇参》，并到辅仁书院按期应试各课，也间或应问津书院月课，所作课艺常名列前茅。

严修十八岁，应院试补廪膳生。是年，始识博通西学的陈奉周，与之游，深获讲贯之益。二十岁应乡试，未中。因侍父病，辍学。翌年，父谢世，重温旧业，攻读益勤。除读完“五经”外，兼读《国语》、《文选》、《绎史》等书，并旁及笔记与类书，始习算术。二十二岁时见到了当时任问津书院山长的张佩纶，甚受赏识，并由张引见于北洋大臣李鸿章。转年，中壬午科乡试举人。正考官徐桐对他的经艺卷大为击节称赏。

光绪九年（1883年），严修二十四岁，得中会试，改庶吉士。清制，庶吉士经馆选后，三年考试散馆，按优次等第，留为编修、检讨等职。严修为了准备考试留馆课，曾谒见张之洞与张佩纶请益。张佩纶对他说：“学人之精力，两事困之：一为经学，钩稽繁引，累世莫殚，虽通经实不足以致用；二为词章”。又说“宜古宜今，有体有用，莫如读史。”这些话后来对严修的治学旨趣与学习态度都起到一定的影响。从此，他较多地致力于《史记》、《汉书》、《通鉴》，也兼及《说文》、《尔雅》。虽说所习多为准备留馆考试之用，但已转向于以实用为主，拿出了较大的精力来学习《勾股举隅》、《勿菴算书》、《数理精蕴》、《地球新录》、《天文启蒙》、《格致入门》等数理化书籍及《伤寒明理论》、《医学源流》等医书，并演算勾股开方及炮操算法，所涉猎的四部群书也多系有裨世用的，如《梦溪笔谈》、《齐民要术》、《国朝先正事略》、《圣武记》等。

严修二十五岁那年年底，赴三河借居盐店读书。这时，他是满怀经世致用的信心与抱负的，临行前有《口占留别陈奉周》一诗明志：“世事艰难少不更，悔从纨袴度生平。晏安况味真无赖，剽窃工夫浪得名。知耻方能成大器，有才便不畏虚声。男儿胆气须磨练，要向风波险处行！”

他留三河一年，除刻苦攻读外，还两游盘山，并探访当地文物掌故，风土民情，写下了好多首反映乡村旧腊新正景象、官场客套、民间淳俗等富有生活情趣的诗篇，和记述诸如铜作制器、涂树避蠹、马戏表演之类闻见琐事的日记。他并没有一头扎进故纸堆中，而是肯于接触下层社会，开拓自己视野，这同他后来的关心世运、讲求实际的思想是有一定的关系的。(www.daowen.com)

光绪十二年（1886年），严修回到北京，四月散馆，授编修，冬，补国史馆协修，光绪十四年四月与十五年四月，两次考试差。十五年二月光绪亲政，严修于十一月膺选充任会典馆详校官。翌年，充直隶省乡试试卷磨勘官。光绪十七年及十九年又两次考试差。光绪二十年大考二等，考试差。光绪帝曾先后召见三次。八月，授贵州学政，时严修三十五岁，正值甲午中日战争之年。

严修在京供职的八、九年中，由于有了更加充分的时间可以利用，他得以博览群书，以充盈腹笥，开拓眼界。除重温“四书”、“五经”、“四史”、“宋五子书”外，还阅读了一些文集、笔记、政书、奏议，演作过几何图，行星、四时、日月蚀图，十二宫及宫商角徵羽变宫变徵图，以及车舆、考工记各器图。他常年坚持临帖、写白折，后来还学绘画。平素爱好观剧，还读《瑟谱》，研音律，喜好吹箫。对鉴赏文物字画，也很有兴趣。

他平日特别注意个人道德修养，在日记中常有自讼自责之语，严于律己，对败德逾矩之事，往往提到“人禽关，生死门”的高度，来“懔之戒之”。

这十几年的科场甘苦、宦海浮沉，使严修在思想上有了深刻的感受与体会。“十年宦味语长安”，归结到两句话，就是“苞苴事业污人易，袍笏文章问世难。”（1893年《冬日还京途中作》）夤缘奔竞，货贿公行，吏治腐败，同流合污，而官样文章、制艺文字又无裨于世用。这种现象不能不引起严修这一有心人的深思。他探索所以致此之由，已开始觉察到当时科举制度与官僚政治的漏罅与积弊。这在他光绪十五年（1889年）《复姜少云》函中说得甚为透剔：“读书应试，但蕲科第；迨其通籍，便望迁除。”读书全为猎官，而居官又随波逐流，尸位素餐，“传舍之徙，既弊其神明，轇轕之例，又夺其夙习”。“堂司之权掌于吏胥，牧令之命持于门印，幸而无事，则循良上荐……治不自知之事，居不自主之官，名利两丰，何惮而不为耶？推之衡文，何莫不然？”这是他时常忧虑的，因而立下为国家作育人才，以补偏救弊，力挽末流之失的志愿。他就是这样抱着“冀无渝夫初志，庶少答夫圣恩”的心愿（《到黔报接印日期折》），踏上黔轺五千里的征途。