后来，王敦起兵，以讨伐刘隗为由出兵建康。刘隗劝司马睿诛杀王氏满门。官员们听说，都为王氏一门捏一把汗。王导率家族子侄二十余人，每天早晨跪在宫门待罪。

元帝司马睿思量后，认为王导忠贞有气节，决定将朝服还给王导，并召见他。王导叩首谢罪说：“逆臣贼子历朝历代都有，谁想现在却出在我的家族。”

司马睿光着脚扶起他说：“茂弘，我刚刚以重任托付给你，你怎么就说这样的话呢？”从此对王导更加倚重。有王导的忠心辅佐，王敦也没能兴风作浪，只好暂时隐忍。

王导一向待人宽和，但有一件事令他抱憾终生。事情是这样的：

王导在宫门请罪的时候，正逢周顗入宫，王导哀求周顗说：“我一家百余人的性命就拜托你了。”周顗当时并未理睬王导，入宫之后，却对司马睿说王导是个忠臣，恳求司马睿宽恕他。周顗出宫时，王导仍跪在那里，再次请求他，他不仅没有答应，还说：“杀了那些贼人，也换个大官当。”王导以为周顗见死不救，便衔恨在心。后来王敦又一次带兵进了建康城，王氏家族再度得势。提到周顗时，王敦说：“周顗、戴若思很有人望，应该位列三公吧。”王导沉默不语。王敦又说：“那就做个仆射吧。”王导还是不说话。最后王敦说：“那就只能杀了他们了。”王导仍旧沉默。于是，王敦杀了周顗和戴若思。历经此劫后，王导重新执政，当他翻阅从前的档案，看到周顗请求赦免他的奏折时，不禁追悔莫及，悲痛万分。他对儿子们说：“我不杀伯仁（周顗的字），伯仁却因我而死。我辜负了这位良友啊。”(www.daowen.com)

“我不杀伯仁（周顗的字），伯仁却因我而死。我辜负了这位良友啊。”

司马睿去世后，晋明帝司马绍即位，王导受命辅政，升迁为司徒，一切就好像当年陈群辅佐曹魏一样。王敦再次兴兵作乱。这时，王敦生病，王导便带着家族子弟发丧，群臣得知后以为王敦病死了，顿时斗志高昂。司马绍讨伐王敦时，对王导毫无猜忌，授予他符节，都督诸军，领扬州刺史。平定王敦之乱后，司马绍赐予王导无上殊荣，王导固辞不受。

不久，司马绍去世，晋成帝司马衍即位，王导再次受诏为托孤大臣，同时受命的还有大臣庾亮。