按照正常的文书处理渠道，章奏票拟后，由皇帝批红，批红后将旨意发下六科，由六科抄发给六部执行。所以旨意发抄六科，是将皇帝的处理意见传达下去的途径，也是朝廷正常处理文书的标志，是朝廷正常运转的标志。对臣下的章奏进行批答，是皇帝行使皇权的重要方式，也是谕旨类政务文书形成的必要程序。但有时皇帝会故意对一些文书搁置不办，不作批复。如此，章奏就不能下六科抄发，有关衙门也无从执行。这种文书处理形式即为留中。

明代前期和中期，章奏留中不具有普遍性。一些无关紧要的奏本，不必做出批复处理的，偶有留中。如万历朝之前，“章奏亦有不报闻者，然多是奏本”，一般“题本用印，则系衙门公事，例不留中。既不当上意，再三更改亦可”^[35]。但这种情况在明代前期和中期不具有普遍性。

这一时期，一些有争议的或者与皇帝意见相左的章奏，皇帝会借留中方式将事情搁置或拖延。如洪熙元年（1425年），“议改钞法”，户科给事中夏时“力言其扰市肆，无裨国用”，但仁宗改革的决心很大，夏时的观点与仁宗不符，结果“疏留中”^[36]。景泰朝，由于景泰帝是英宗被俘后才得以即位的，所以对于所有迎接英宗回朝的意见都非常反感，这些章疏大部分都被留中。成化朝，凡所上章奏不称帝意者，皆被留中。如大学士彭时，“每因灾变上言，或留中，或下所司，多阻隔，悒悒不得志”^[37]。大学士刘定之上疏，“请经筵兼讲太祖御制诸书，斥异端邪教，勿令害政耗财。帝留其疏不下”^[38]。

武宗即位后，内阁大臣刘健、李东阳、谢迁多次建言、力谏，朱厚照对他们不是“不省”，就是“不报”、“不听”，要么就干脆是“疏仍不下”，留中不发，迫使刘健、谢迁不得不请求致仕。正德二年（1507年）三月，以刘健、谢迁为首的五十三人被诏列为奸党，刘建、谢迁还被削职为民，追夺诰命。三位顾命大臣在正德初年力挽狂澜的努力一一失败。武宗一朝，荒怠政务，对应处理的章奏不加理睬，不予批复。权奸钱宁、张锐、江彬相继用事，对章奏的处理也多加阻挠，致使很多章奏留中稽延。嘉靖帝即位后，大学士杨廷和检点前朝的章奏，发现“先帝御前留下在京在外各衙门题奏，并建言及批红等本，自正德九年正月起，至十六年三月止，共一千四百三本”，“皆两京府部科道等官忠诚所发”^[39]。(www.daowen.com)

更为典型的是嘉靖朝大礼议。嘉靖三年（1524年），嘉靖帝欲去掉其生身父母尊称中的“本生”二字，朝廷中的大部分正直之士和卿贰给谏众臣都加以抵制。礼部侍郎朱希周与礼部郎中余才、汪必东等人上疏，称：“皇上考孝宗、母昭圣已越三年，今更定之谕忽从中出，则明诏为虚文，不足取信于天下。”何孟春与尚户部尚书秦金、学士丰熙等，及翰林、寺、部台谏诸臣，各上疏，“力争本生二字不宜削”。嘉靖帝对这么多反对者的章疏大为恼火，“章十三上，俱留中”。这么多的章奏被留中不发，导致群臣激愤，二百多名大臣跪伏在左顺门外，要求明白答复他们的奏章，从而引发了明代著名的“左顺门事件”^[40]。

明代章奏留中的现象，中后期愈益严重，至万历朝而达到极致。明神宗10岁即位，前10年由张居正掌权，自己掌权后不久，就怠于临政，“郊庙不亲，朝讲不御，章奏留中不发”^[41]。万历十三年（1585年）三月，因天下大旱，御史邓链奏请将刚兴工的寿宫工程停下，以苏民困；五天后，兵科给事中王致祥率同官也上疏，谏止神宗举行内操。这两份文书令神宗深为不满，但他既不愿采纳他们的意见，又找不出好的托辞，于是就将这两份文书留中不发。这成为万历朝章奏大量留中的开始。此后，不断有章疏被留中。但此时，对留中的章奏，神宗在拖延一段时间后，偶尔也会下科一部分，以慰下情。万历十八年（1590年）正月，评事雒于仁上《酒色财气四箴》谏讽，神宗大怒，召内阁大学士申时行等，欲重治罪雒于仁。申时行等曲为解救，“请毋下其章，而讽于仁自引去，于仁赖以免”^[42]，但从此章奏留中就成为常态。无论是题本还是奏本，绝大部分都留中不发。万历二十四年（1596年），大学士赵志皋上《乞振朝纲疏》，称此时神宗对所有章奏“乃今一概不发”，全部留中。偶然有一次，“因尚书孙丕杨之请，一日发下二十余本”，结果造成极大的轰动，“京城欢声动地”^[43]，可见当时朝廷上下对章奏留中是多么习以为常，而对章奏发科又是多么不习惯。从万历二十年（1592年）以后，臣僚就不断进言，“屡请发章奏矣，而皇上之留中不发者如故”^[44]。无论事情多么紧急，无论朝臣的进言多么披肝沥胆，神宗依然我行我素，毫不理睬，照样留中不发。