虽然明制规定，“凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部”，要求所有经票拟、批红的文书，都要经由六科抄出。但在实际执行中，也有一些文书是不经六科发抄，不由给事中封驳。

①内阁的密疏。

据《春明梦余录》记载，“凡内阁题本，用小揭帖楷书斜折。其本佥官衔，则发科抄行；止称臣某，则不送科发抄”^[23]。

这种制度是与密疏制度相伴形成的。明成祖时，就允许内阁成员“密封进呈”^[24]。阁臣将机密事务自行拟写后密封，直接进呈皇帝。明中期以后，密疏日益增多。为了避开给事中的封驳，皇帝特赐一些亲近大臣银章。持此银章标记的文书，即可不经给事中封驳。密疏往往比正常途径的文书更加受到皇帝的重视，“外廷千言，不如禁密片语”。(www.daowen.com)

密疏不经科抄，在明代被认为是一种不正常的文书处理方式。万历时，言官“指以为奸薮，欲尽行停格”^[25]，要求密疏也应送六科发钞驳正。崇祯朝，有以密旨正法人犯而不经科抄之事，引发了关于机密文书下科的一次争论。当时，刑科“接锦衣卫所传红本，乃逃帅杨德政奉旨正法也”。但是“自逃帅正法西市道路之口”以后，也还是“明旨人皆未见也”。为此，右给事中左懋第上《详察密封疏》，纵论密旨和密疏发抄的必要性，指出：“凡系密封，皆不发抄，若不请明，谁敢宣布？而臣思此本之为密封者，原恐此机一泄，罪帅或自引裁而不得行法。今其人已诛，自当明正其罪，使国人知之，以昭国人杀之之义，并使九边闻之，知朝廷有杀一人而三军震者杀之之心也。”他认为，文书的保密是有一定时效性的，“有必当密者，有不必密者，有可密于事先，而不必密于事后者，有当密于今日而不必密于明日者”。所以有些有必要保密的文书，可以不发抄，但没有必要保密的文书，或保密期限已过的文书，则应“敕下发抄，以便遵行”。左懋第还对密疏发抄的方式、时间等问题做了很具体的分析，“如事关兵机，方且动于九天藏于九地，何可不密也。如警报何边，寇扰某地，动静之情，胜败之事，廷臣知之，以便各献刍荛，各要害知之，以便共图备御，何必密也？况邸报之抄传，有定道路之讹言无端疑揣转甚张皇孔多廷臣纵有所闻，未免因而钳口，何可密也？如制边之策，诸臣有密奏密之可也，边已安矣，仍当使廷臣共知其何策，以安边剿寇之谋，诸臣有密奏，密之可也，寇已平矣，仍当使廷臣共知其何策以剿寇，此可密于事先，而不必密于事后者也。如逮有罪之人，不密恐其人将遁，人已获矣，则必昭布其所以逮之故，如诛有罪之人，不密虑其人将自裁，人已正法矣，则必昭布其所以诛之实，此当密于今日而不必密于明日者也。盖人臣事君，原无不可使天下共知之言，而朝廷行事，更无不可使天下共知之事，慎密原为成事，事成便复昭然，所谓理本相成变而不失其常也。”指出文书不发抄，会带来很大的危害性，“使朝廷一时缜密之事，因循沿为故例，甚至科录史馆皆不能启什袭之藏而笔之，而一时之疑信犹其小者，后世之信史何所取裁？且谓壅蔽纶綍，自臣等封驳之臣始矣。臣用是虩虩然惧敢，因请旨发抄。”^[26]

②谕旨。

有些特殊时期，由于非正常的政治环境，谕旨也不下科发抄。如中旨和内批，一般是不由科抄的。天启朝，熹宗朱由校无心处理国政，将中外奏章的处理全都付与内臣，魏忠贤得以把持皇帝文书。他处理章奏时，不经内阁票拟，也不经六科给事中评驳，而是直接从宫中发出谕旨，交六部和有关衙门执行。完全剥夺了六科的封驳、抄发权利。但在整个明代，这毕竟不是一种普遍的情况。