六科接本后，要对皇帝的批复进行审核。审核后的谕旨，有三种处理方式：

一是发抄。即对谕旨审核无误后，抄发相关衙门执行。发抄是表明谕旨合法化的一个必要程序，是使皇帝文书成为决策的最后一环。“奏章非发抄，外人无由闻”^[14]。发抄后的谕旨即成为“明旨”。谕旨如果不经发抄就外传，是违反规定，要受到弹劾的。《明史·王应熊传》记载崇祯朝内阁大学士王应熊由于违反科抄规定而获罪，很能说明未经科抄的谕旨与明旨之间的区别。崇祯八年（1635年），内阁大学士王应熊由于稽留奏章，被给事中弹劾，王应熊“屡疏辩”。但王应熊在为自己辩解时，犯了一个很大的错误。给事中何楷弹劾的文书是六月初十日上的，下科后“十四日始奉明旨”，而“应熊乃于十三日奏辩”，何楷尖锐地指出：“旨尚未下，应熊何由知？”而且，“臣疏十四日下，而百户赵光修先送锦衣堂上官，则疏可不由科抄矣”。为此，“应熊始惧，具疏引罪。帝下其家人及直日中书七人于狱”^[15]。

发抄是一项比较严格的规定，即使有紧急情况需要快速处理的文书，也不能不履行这一程序。比如，一般都认为明代厂卫常横行不法，行事无据。事实上，按照规定，他们也必须履行科签发抄手续，“厂卫有所逮，必取原奏情事，送刑科签发驾帖”。嘉靖朝，“（锦衣）千户白寿赍帖至”，刑科都给事中刘济“索原奏，（白）寿不与，（刘）济亦不肯签发”^[16]。没有六科的签发，不能随意行事。据《三垣笔记·崇祯》记载：“予入刑垣，见一切廷杖拿送并处决，必锦衣卫送驾贴至科，俟签押持去。予除谓故套，及署印，以赴廷推归，见校尉森列，持杖不下，一应杖官已解衣置地。予问何待，答曰：‘非科签驾帖，则不得杖耳。’”由此可见，六科发抄在程序上之重要性。

发抄也有时间上的规定。为防止文书稽留，规定文书到科五日内，抄发有关衙门执行。其中有些诏旨是对某些事务的具体处理指示，六部等衙门依旨意直接执行。另有一些诏旨是让六部等衙门单独或共同商议，提出处理意见，该衙门便要依旨合议，并将合议结果回奏，称为“议复”。皇帝对议复结果做出批示，交六科审核后，再抄交有关部门执行。

二是封还。六科接本后，如果给事中认为诏旨有不当之处，可封还执奏。封还的诏旨，皇帝往往还要根据六科的意见予以修改。明代中后期，多见给事中封还诏旨，尤其是封还中旨。比如，据《弇山堂别集·中官考》记载，正德朝刑科给事中刘世杨封还中旨：“近接出都察院原送司礼监提取内官吴善良揭帖，面加浮帖，书写圣旨：‘吴善良等照前旨，免提问。’司礼监奏请发落。臣等窃惟。祖宗之制，凡旨意批于题奏本，或登闻鼓状，发六科抄行。凡重大事理，传奉旨意，各衙门必补具奏本，于早朝面进，此外未有朱写旨意出承天门外者，所以重敕旨防诈伪也。今累批浮帖，径从中出，六科不得抄，行诸司无从补本，轻亵纶音，更张旧制，此失政之最大也。伏望鉴成宪，重命令，今后旨意，俱遵祖宗旧制”^[17]。(www.daowen.com)

封还皇帝的文书，处理完毕后，仍流转会六科，再次审核。审核无误后，五日内抄发有关衙门执行。

三是科参。若六科认为皇帝批复的奏章内有不妥之处，但又没有必要封还皇帝，则直接“驳正到部，谓之科参”。科参效力很大，“六部之官无敢抗科参而自行者”。

原则上，科参的内容和范围，“凡一应题奏本内违碍事情，及字样差讹、洗补、迹污等项、参出该部抄行”。具体到各科，又针对六部的职能，各有针对性比较强的科参的具体事务，“六科都给事中及诸给事中，关联六部诸司，出纳命令，封驳章奏，举正欺弊，以警畏百官”^[18]。如吏科科参的内容，主要针对官员的铨选和审计。对“凡各衙门大小官员不由吏部铨选推举，径自朦胧奏请、乞恩、传旨升除等项”，“本科参出施行”；“凡天下诸司官吏三年朝觐到京，奏缴须知文册到科，查出钱粮等项数目差错者，经该官吏参奏究治”。户科大多针对钱粮税收等收据、登记簿册的监察参奏，如“凡户部关给京官折俸绢布等物，每月该本科官按册磨算，如有差错者参奏”^[19]。崇祯朝户科左给事中孙承泽在《注销疏》中，针对户部文书注销的积弊参奏，指出：“臣今岁身历三垣，皆管注销之事，而叹积弛之状至户部而极也。每逢注销，呼群吏持牍雁行而前，司司比之，见赴比之簿，大半遗漏不全，所销号件不具文牒，但凭吏役口报为故事，且吏役皆雇觅代身，问其缘由，茫然不知也。”^[20]要求户部加强文书的管理，严格注销制度。礼科在文书上呈的过程中，负有很重要的参奏之责，“凡每日各衙门御前面奏，并封进奏本等项事理，俱先具印信奏目，送本科查考，类写奏目，送司礼监进呈”^[21]，是文书上奏之前进行驳正的重要环节。嘉靖四十四年（1565年），礼科都给事中辛自修对公文繁琐晦意的行文之风进行驳正：“迩来题奏章疏，竞为缛艳，不惟九重清览难于遍详，而事体处分，反以文晦，甚者以伺察为能，至以鄙亵丑秽之语载之牍中，尤非对君之体。乞敕礼部转行内外百司，自后一应章奏，须言简事核，务持大体，不许仍前琐屑沉冗，如违，听该科参治。”嘉靖帝“深然之，乃诏，以后章奏，俱务简明质实，有如前欺肆者，科臣以闻”^[22]。兵科要对武官的贴黄和武职诰敕文书进行参奏，“凡兵部造完武职贴黄及续附贴黄，并中书舍人写完武职诰敕，尚宝司官用宝，俱本科官一员监视，其诰敕有应追夺者，亦同尚宝司官烧毁”。兵科还对皇城守卫和京城守卫，以及进出内府的批文、勘合等文书负有参奏之责。其他如刑科、工科，亦有本科参奏职掌。

驳正到部的奏章，六部要根据六科的意见重新审议拟定，处理后再流转回六科。经六科审核无误后，五日内抄发给有关衙门。