针对每天形成和处理的大量皇帝文书，内阁必须要有详细的登记，并将撰拟的皇帝文书底稿进行归档。内阁中这种兼具登记和归档作用的案卷称为丝纶簿。对此，王世贞在《弇山堂别集·内阁》中，引《立斋闲录》的记载：“朝廷旨意出内阁，臣条进稿底居阁中，谓之丝纶簿。”^[79]作为归档案卷的丝纶簿由两部分构成：

一是文书目录。卷内文书目录主要起登记作用，就是将内阁所处理的皇帝文书进行日常登记。“敕书稿簿，缀撰者姓名其下”，其登记的项目至少包含三项：第一项是文书起草的日期；第二项是文书的事由或标题；第三项是责任者的姓名。内阁每天要处理大量的皇帝文书，既包括阁臣视草的诏诰类文书，也包括内阁票拟的谕旨。其来源多，种类复杂，处理方式不一，责任人也不同。如果不进行有效的登记，必将混乱无序。而进行登记，则可以有效地管理和保护这些文书，便于查找，明确责任。

二是文书原稿，就是随目录保存的文书底稿。这个底稿是代言中所形成的皇帝文书的第一稿本。一般来说，代言皇帝文书会形成两个稿本：第一稿是由内阁起草，经皇帝（宦官）批红，再用宝后形成的签发稿本。这一稿本形成的基本程序是：首先由内阁大学士负责亲笔撰写起草，然后由内阁中书舍人负责抄写誊清。无论是诏敕的视草，还是谕旨的票拟，大学士起草完毕后，一般都是由内阁制敕房中书舍人誊写清楚后，再上呈皇帝。弘治十二年（1499年），明孝宗曾要求内阁大学士：“今后凡有拟票文书，卿等自行书封密进，不许令人代写。”但时任首辅的大学士刘健称：“至于誊写，例委之制敕房”，“臣等不习楷书，字画钝拙，不能一一自写，除事理重大者，自行书写封进，其余乞容中书代写。”^[80]文书撰写完毕后，进呈皇帝批复，即批红。批红是皇帝对内阁所起草文书的审查环节，这一环节有时是由宦官把持的。如果审查不通过，“若不当上意，仍发内阁再详拟上”，还要重新起草。如果审查通过，批红发下，则进入第三个环节，即抄发，由六科将批红的文书抄出。六科抄写的文书已经成为具有法律效用和行政效用的正式文书稿本，即第二稿本，可以对外发布了。发布时要进行“关防挂号”^[81]。由此可见，经过了由内阁起草、中书誊清、皇帝（宦官）批红的文书，是原稿，是六科抄发的依据。这份原稿的归宿是什么呢？“原稿具缴纳”^[82]，也就是说将原稿归档保存。归档保存起来的这些文书原稿，就被俗称为“丝纶簿”。沈德符在《万历野获编》中对丝纶簿的描述基本符合其皇帝文书归档簿的特性：“阁中有丝纶簿，为拟旨底本，无论天语大小，皆录制之，以备他日照验。”^[83]正德朝大学士王鏊入阁后，发现“内阁历朝诏诰底本皆在”，他判断这些归档保存的诏诰底本“非所谓丝纶簿乎”^[84]？(www.daowen.com)

内阁归档保存的皇帝文书，具有凭证和依据作用，是日后查考的证据。为皇帝代言是很重大的工作，代言中所形成的文书的底稿是非常重要的档案，是内阁辅政的重要记录，具有日后查证、参考的重要作用，所以必须归档保存。王世贞在《弇山堂别集·史乘考误七》中的一段关于内阁中何人为明武宗撰拟“威武大将军敕”的分析，就形象地表明这种归档案卷的作用。高岱在《鸿猷录》中称，江彬之变，武宗命内阁“草威武大将军制，及以江彬为威武副将军命”。“杨廷和不可，辞疾不出，乃召梁储”，但是被梁储断然拒绝。《宪章录》也采用了这一说法，“形容梁公力辞草制之说尤苦，且谓次日杨廷和遂草之。”如果真像这两本书记载的那样，杨廷和真的拟写了这份文书，就会是一个很大的污点。但是杨用修在《丹铅录》则明确地称，“草制自是梁（储）”，而非杨廷和。他这样说有明确的证据，因为“内阁有敕书稿簿，缀撰者姓名其下焉”。正因为有这个登记簿作为证明，王世贞才采信了这一观点，认定此文书的撰拟者是梁储，而非杨廷和。^[85]由此可见，内阁归档保存皇帝文书，在日常工作中，可以起到查证、参考的作用；在较长时间以后，则是历史事实的一种证据。