档案作为史料，其特点是较高的原始性和真实性。一般来说，除了一些官文书在形成过程中，出于某种特别的目的而在内容上有所不实之外，其中大多数都较之后来修纂的官私史籍更具有原始性特征，也更趋于真实。对于明代档案的收藏与利用，早就引起了研究者们的重视。近年来，随着明史研究的深入，在发现和利用明代档案方面也有了较快的发展。但是由于明代现存档案不像清代档案那样丰富而且系统，因此在使用中还存在着一定的困难。

我国保存明代文书档案相对较多的机构有中国第一历史档案馆和辽宁省档案馆等单位。另外，台湾地区也保存有一定数量的明代档案。在这些现存的明代档案中，有一些作为下行文书而颁发的明代皇帝文书的原件，也有一些是上行文书中，对皇帝文书的转发或转述。

第一历史档案馆所存的明朝档案，主要有明朝内阁、兵部、礼部等机构的档案，文种包括敕谕、诰命、题行稿、题本、奏本、启本、手本、揭帖、塘报及票契、簿册等。包含的年代，从洪武四年（1372年）至崇祯十七年（1644年）。但洪武至隆庆朝的文件并不多，大部分是天启、崇祯两朝的文件。最早的皇帝文书是永乐八年（1410年）皇帝颁给“失家摄聂”喇嘛的敕谕。此外，在皇帝日常政务处理中占有重要地位的谕旨文书方面，虽然不是以谕旨文书原件的形式保存，但在天启、崇祯朝的兵部题行稿、题本、奏本等文书中，有较大数量的文书以转述的形式记载。这些档案所涉及的内容较多，如明与后金的战事情况和皇帝的圣旨批答；农民军在陕西、河南、山西、安徽、湖北、四川、湖南、江西、甘肃、河北等地活动情况和皇帝的圣旨；天启朝兵部关于郑芝龙海上活动情况的上报及皇帝的谕旨；天启朝兵部有关财赋、饷需以及捐纳等方面的报告和皇帝的谕旨；天启朝兵部对贵州土司安邦彦用兵的上奏和皇帝的批示等。这部分明朝档案的分类，基本保持了原来不同时代、不同单位整理档案的体系。档案目录有：文献馆编制的《内阁明档目录》、《明题行稿目录》、《明选簿目录》。北大文研所明清史料室编制的《明档目录》、罗氏库籍整理处编制的《大库明朝史料目录》等。(www.daowen.com)

辽宁省档案馆是保存明代档案数量最多的省级综合性档案馆，共有108l卷，形成时间在洪武二十五年至崇祯十六年（1532～1643年）。其中辽东察院档案865卷，多系万历朝以后的；兵部档案28卷，多系崇祯朝的；山东等处总督备倭署的档案187卷，几乎全部是嘉靖朝的。兵部档案是建国初东北图书馆向明清档案馆移交时遗留下来的残破之件。山东等处总督备倭署的档案比较完整。辽宁察院的档案，虽然保存下来的较多，但遭到的破坏严重。在具体内容上，辽宁察院档案有关于武职官员的任免、军丁管理、军事工程的建造、军工徭役的摊派、征调等军务方面的上奏文书及皇帝批答谕旨；有关于征收赋役、开垦荒田、水旱虫灾等经济方面的情况；还有关于马市贸易、盐铁、驿递、科举等方面的官员上报及转载的皇帝圣旨。兵部题稿中绝大部分文件都转载有皇帝的圣旨文书，其主要内容是：报告“达贼”入境抄掠等“夷情”；题报广西、贵州等地军情，为镇压苗民起义的将领请赏；记录委任官员，修筑城堡，预备军械等。辽宁档案馆所保存的明代档案和档案中皇帝文书的记载，尽管数量不多，又大都残缺不全，但内容十分丰富，是研究明史、东北地方史、女真社会发展史难得的第一手材料，具有很高的史料价值。

我国其他地区的档案馆或学术机构，也保存有一些明代档案。如台湾地区的台北中央研究院历史语言研究所和台北故宫博物院文献馆，比较集中地保存了一些当年从大陆运往台湾的明清档案，但明代档案和明代皇帝文书数量很少。再如孔府档案中，也保存有一些明代皇帝文书。目前发现的留存下来的孔府明清两代档案总数约在二十万件以上，其中的明代部分主要集中于明中后期，除去少量成化、弘治至正德间的文书外，大部分是从嘉靖十三年（1534年）至崇祯十七年（1644年），大约一百余年的各种文书档案。其中皇帝文书比较集中的是有关孔府袭封、荣典、世职、先贤奉祀等内容的诰命、敕谕等。这些明代皇帝文书，是研究和认识明代世袭贵族政治的重要史料。