蔡军教授坚持将理论探索与工程实践相结合，取得业界公认的较高水平科研成果。已在International Journal of Architectural Heritage（SCI、A＆HCI）、《日本建筑学会计画系论文集》、《自然科学史研究》（CSSCI、交大文科A类）、《建筑学报》（CSSCI）、《建筑师》等学界顶级学术期刊及国际会议上发表论文近100篇，作为第一作者出版学术专著3部。主持多项国家级、省部级纵向课题，如国家自然科学基金、日本学术振兴会外国人研究员科研基金、日本文部省科研项目、教育部回国留学人员启动项目、上海市教委重点项目等。主持设计多项代表性实际工程，如第3届亚洲冬季运动会综合体育馆、山东省城际运动会体育馆、上海新场古镇修建性详细规划与古建保护利用概念设计、上海杜行老镇历史文化风貌区保护性规划与城市设计、丹东抗美援朝纪念馆扩初设计等。获得了第3届亚洲冬季运动会综合体育馆设计竞赛一等奖、全国“新江南水乡”公共建筑小品设计竞赛一等奖、釜山国际文化建筑设计WORKSHOP竞赛指导教师二等奖等多项竞赛奖项。

蔡军坚信：科研是教学的根基，教学是科研的灵魂。她潜心教学，与时俱进，不断创新，在教学过程中，及时将学科前沿技术、研究方法巧妙导入。特别是将培养学生们自主学习精神，帮助他们掌握获取知识的方法，即将“授人以渔”作为教学主旨，培养学生针对具体问题提出相应的解决途径和办法的能力，使学生成为符合时代要求的创新人才。她主讲的本科生主干课程“中国建筑史”已有16载，首次提出“培养传统文化与国际视野相融创新人才”这一教学目标，坚持“三线式教学”的教学体系改革与实践，取得了可喜的成绩。先后获得上海交通大学教学改革立项（2010年）、上海交通大学“985工程”三期优质课程（2011年）、上海市教委重点课程（2011年）、上海市精品课程（2013年），上海交通大学教学成果奖二等奖（2017年）、上海交通大学精品在线课程立项（2018年）、上海交通大学教学成果奖一等奖（2019年）。(www.daowen.com)