在本科阶段师范类政教专业曲折发展的同时，与之相对应的研究生阶段师范类专业也在寂寞中慢慢发展。下面我们从学术型和应用型两个方面分别介绍。

（一）学术型学位的创办与发展

1990年颁布《授予博士硕士学位和培养研究生的学科专业目录》在教育学门类教育学一级学科下设学科教学论二级学科，其中就有（思想政治）学科教学论方向，与本科阶段的师范类政教专业对应。北京师范大学等校开始招收这个专业的硕士研究生，培养思想政治学科教育研究者和高层次的中学思想政治课教师。

1993年，本科阶段的师范类政教专业与非师范类思想政治教育专业合并，但是研究生阶段的师范类专业依然如故。所以研究生阶段的思想政治教育专业，无论设在综合大学还是师范院校，都肯定是非师范类的。

1997年，《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》将教育学一级学科下的教学论和学科教学论两个二级学科合并改造为课程与教学论二级学科。与师范类政教专业本科阶段相对应的研究生阶段专业也改名为（思想政治）课程与教学论，1998年开始招生。

目前大多数师范大学都招收这个专业的研究生，但是招生数量都比较少，一般为2人左右。

2006年，北京师范大学设立了思想政治课程与教学论专业博士点，导师为韩震教授，培养高层次的思想政治学科教育研究者。最迟到2012年（韩震在这一年由北师大调任北京外国语大学），这个博士点就停止招生了。2010年，东北师范大学设立了思想政治课程与教学论专业博士点，导师为杨秀莲教授。这可能是该专业目前唯一招生的博士点了。

（二）应用型学位的创办与发展(www.daowen.com)

1996年颁布的《教育硕士专业学位设置方案》，宣告了中国培养教育硕士的开始。其中设置了学科教学（思想政治）专业，与师范类政教专业本科阶段相对应。1997年，北京师范大学等师范院校开始招生，从工作三年以上的在职中学教师中招收，学习方式为半脱产，主要培养高层次的中学思想政治课教师。

2004年，开始从具有资格的院校的应届本科毕业生中推荐免试招收农村教育硕士　（半脱产），其中包括学科教学（思想政治）专业。

2009年，教育部发布《关于做好全日制硕士专业学位研究生培养工作的若干意见》，开始从应届本科毕业生中招收全日制教育硕士（2年制），并逐渐成为教育硕士的主要培养方式，其中也包括学科教学（思想政治）专业。

2011年又开始从特岗教师中招收少量在职学习的教育硕士。

2014年，“卓越教师计划”开始实施，包括学科教学（思想政治）专业在内的教育硕士开始新一轮扩招。

现在，学科教学（思想政治）专业教育硕士专业学位，已经成为培养高层次中学思想政治课教师的主要方式，招生数量远远超过学术型学位—　（—思想政治）课程与教学论专业教育学硕士。目前，设置这个专业的应用型学位的院校大约有69所，设置学术型学位的院校则少于这个数量。每个硕士点的招生数量都在10人以上。

2008年教育部颁布的《教育博士专业学位设置方案》，宣布开始培养更高层次的应用型教育人才。其中设置了学校课程与教学专业，包含了思想政治方向，但是招生数量很少。