辽兵平素对袁督师十分感激，祖大寿又与满桂有过节，袁督师被逮，要他听满桂节制，激起辽兵不满，祖大寿在十二月初四一早悍然率部离京，回归宁远。这一突发事件引起朝廷上下震惊：敌兵还未撤退，一支最有战斗力的劲旅脱离战场，形势堪忧。

崇祯皇帝接受兵部尚书梁廷栋的建议，命令内阁六部等官员前往狱中，开导袁崇焕顾全大局，阻拦祖大寿东行。袁崇焕欣然从命，写了言辞极其恳切的书信，要祖大寿顾全大局。手持袁崇焕蜡书的信使昼夜兼程疾驰，终于在距锦州一日路程的地方追上了祖大寿一行。祖大寿下马捧读袁督师手书，泣不成声，一军尽哭。祖大寿年逾八旬的老母果断地劝儿子率军回师北京，立功自赎并救袁督师。将士们听了无不踊跃，祖大寿挥师入关，收复永平遵化一带。皇帝闻讯大喜过望，他原本对袁崇焕疑心重重，及至听说收复失地皆辽兵之力，顿时又闪现出重新起用袁崇焕的意念，甚至还说出“守辽非蛮子不可”的话（所谓“蛮子”是对广西人袁崇焕的一种昵称），事情似乎有了转机。

一波刚平，一波又起。朝廷中一些别有用心的官僚唯恐天下不乱，乘袁崇焕被逮之机制造事端，阉党余孽上蹿下跳，掀起了清查阉党逆案以来第一次翻案风波，并且由袁崇焕牵连到内阁辅臣钱龙锡，终于使袁崇焕的罪名层层加码，丧失了转还的可能。

八月十六下午，皇帝在平台召见文武大臣商议处决袁崇焕事宜。他在列举袁崇焕种种罪状之后，以咨询的口气问道：法司如何定罪？大臣们都不敢造次，一味顿首，听凭皇上发落。皇帝见大家并无异议，随即宣布他的决定：“依律磔之！”所谓“磔”，乃是一种酷刑，即寸寸脔割致死。(www.daowen.com)

袁崇焕之死惨不忍睹。据张岱《石匮书后集》记载，袁崇焕绑赴西市处磔刑时，“割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之，刽子乱扑，百姓以钱买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃，百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流颊间，犹唾骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽。止剩一首，传视九边”。他的死比熊廷弼要惨多了。这种事例的一再出现让人们寒心：难道那个时代为国家献身的人都要付出如此沉重的代价吗？

袁崇焕死后，他的兄弟妻妾被流放到福建，家财没收。如果说袁崇焕妄杀毛文龙是一大错误，那么崇祯皇帝误杀袁崇焕是错上加错，两者均为亲者痛仇者快，使皇太极不费吹灰之力而除去两员难以对付的大帅。对于明朝而言，杀袁崇焕无异于自斩手足，自毁长城，此后再难以谋求足以克敌制胜的帅才，辽事更加难以收拾。杨士聪《玉堂荟记》说：“封疆之事，自此不可问矣。”