青岛军政署设立时，除军政委员长外，内设庶务课（28人）、经理课（3人，另兼职1人）、调查课（8人）、卫生课（8人）、警务课（8人，另兼职1人）。随着业务的扩张，1915年12月起青岛军政署内设机构为庶务课（94人）、营业课（9人）、土地课（9人，另兼职1人）、调查课（11人）、土木建筑课（9人）、经理课（16人）、卫生课（15人）、警务课（由青岛守备军宪兵兼任）。^[6]

李村军政署初设时，除军政委员长外，内设内务课（28人）、外务课（22人）、经理课（3人）、卫生课（2人）、警务课（由青岛守备军宪兵兼任）。其中内务课下设庶务、教育、营业、土木系，外务课下设土地、地方系，警务课在沧口、仙家寨、老漥乡、张村、九水、沙子口、河西设派出所。为维持地方治安，在李村政区设12个保安团，并由25名有社会影响的中国人组建公议会，以“疏通官民意思”。^[7]

日本当局对胶澳占领地的军政起初并未深入研究，也无明确的治理方法要求，致使青岛、李村军政署各行其是，治理办法不一致，引起诸多矛盾。1916年5月10日，青岛守备军不得不以所谓“行政统一”为借口，实施“改正编制”^[8]，改变政区管理体制，将青岛军政署、李村军政署合并，改军政委员长为军政长官，李村区改设青岛军政署李村出张所，其管辖区域未作调整。同时，青岛守备军将埠头局、港务部、水道部、发电所、林务署、屠兽场、测候所等移归青岛军政署管理，加上4月已经移交青岛军政署管理医院，青岛军政署遂成为胶澳占领地行政一元化管理的军政机构。

青岛、李村军政署编制表（1914年11月）(www.daowen.com)

青岛、李村军政署编制表（1915年12月5日）

青岛军政署关于军政署改制的告示（1916年5月23日）