进入21世纪后，高校科技创新面临的突出困难体现在：一是缺乏稳定和充足的科技经费投入，造成我国高校科技创新基地科研基础设施条件与国外相比差距较大，难以支撑高水平科研和孕育成果；二是缺乏有效整合科技队伍的凝聚机制，学科狭窄分隔，交叉综合不够，不易形成合力；三是缺乏科技资源的共享机制，资源效益难以充分发挥；四是缺乏深层次、高水平、实质性国际科技合作，特别是参与国际大型科学项目合作研究不够；五是缺乏科技成果延伸发展和有效转化的机制，相当一部分工作不能做到底、见实效。要解决这些困难，实现高校科技创新的大发展，急需机制上的创新。

根据国家大力推进“科技创新”和“教育创新”的发展形势的需要，清华大学于2002年年底及时召开为期一年的第十五次科研工作讨论会。在开幕式上，王大中校长说：“科技创新不仅是科技研究过程，也是组织的过程。当前，面对建设世界一流大学的发展目标，我们要在科技创新方面有一个突破性的跨越式发展，就必须与时俱进，进一步推进科研体制的创新。”当时，清华大学经过九年的不懈努力，调整结构，奠定基础，顺利实现了向综合性研究型大学的过渡。正如王大中校长所说，推进科技创新，首先要从转变观念入手，要解放思想，敢于创新。学校的加速发展，要求在科研体制上大胆开展组织创新，激发活力，提高效益。2003年3月底，清华大学“三个九年，分三步走”的总体发展规划出台，世界一流大学建设迈入第二个九年。

进入新的发展时期，中国要走出一条新型工业化的道路，对信息技术的创新提出了重大的战略性需求。为此，清华大学以信息系统为试点，立足国际先进水平，积极探索高校科技创新机制改革，建立信息技术研究院，形成清华大学在信息领域的科技创新基地，并引入灵活的运行机制和高素质的管理团队，整合校内相关资源，力图发挥高等学校在科技创新方面的潜力和巨大作用。

历史经验和现实需要表明，重大的科技创新需要凝聚多学科的力量，形成有效的组织。以核能技术研究院和国家CIMS工程中心等为代表的科研组织，适时集中力量、统一组织进行科学研究，成为清华大学适应国家科技发展的成功范例。核研院经过几十年的发展，完成了几十项国家重点科研任务，取得了一批重要科研成果，并在科研的基础上，利用研究院优势，实现科研成果的转化，不仅在先进核反应堆和核能工程方面取得国际公认的成就，而且在电子、材料、环境等方面先后开发了一批先进的高技术产品。核研院还与联合国开发计划署等10多个国际组织以及40多个国家的高等学校和研究单位开展了不同形式的科技合作与交流。

信息技术研究院是一个以创新为目标，按梯队组织，多学科集成和灵活运转的，能够承接国家重大项目的科研机构，从环境、机制和组织上为清华大学在信息技术领域的研究和创新提供支撑。

经过反复酝酿，在清华大学副校长龚克和信息科学技术学院院长李衍达院士的推动下，学校和信息学院考虑筹建信息技术研究院，并于2002年年底由信息学院提出了《关于筹建信息科学技术研究院的设想》，并形成了《信息科学技术研究院总体规划》初稿。这些主要文件认为，“信息科学技术研究院的建设是信息学院实体化改革中科技体制改革的重要组成部分”，文件提出了信息技术研究院的指导思想，即“面向国家重大项目和重大需求，依托学院内已有的学科基地，发挥多学科综合的优势，利用来自海内外各个方面的技术力量，创造承担国家重大项目的条件和环境，最终形成对国家有重大贡献的科研成果”。最初提出的规划是以微处理器、移动通信、数字电视等项目启动，以信息科学技术大楼2万平方米为基地，打造一支由300名固定编制人员（100名事业编制兼职教师和200名企业编制研究和工程人员）和每年350名研究生组成的团队。(www.daowen.com)

信息技术研究院的筹建工作，与信息学院的体制改革和联合实验室的规划同步进行。根据2003年年初向学校汇报的《信息科学技术学院体制改革方案》，信息学院实体化的目标是以负责学生培养和学科建设的各系为主体，以联合实验室与信息技术研究院为侧翼，建立“一体两翼”的矩阵式架构。院系由教学—科研系列教师组成，正教授数减半、副教授数翻倍，其他教师逐步流动到联合实验室和信息技术研究院或其他单位；联合实验室整合国家重点实验室，成为信息学科群的“基础研究基地”；信息技术研究院承担国家重大项目，推动成果转化，成为信息学科群的“技术创新基地”。

对于信息技术研究院的建立，各方也有过一些争议。意见集中在对信息学院实体化改革目标和安排的反复推敲。当时国内的一些独立学院纷纷升格为大学，一些系也蜂拥升格为学院。清华大学内部也有呼声，但学校坚持以信息学院统领信息学科群的多个一级学科，并期望以信息学院实体化的举措，去除学科划分过细、交叉壁垒太高的弊端。而信息学院实体化，必然催生跨学科的实体交叉平台，改变原有组织架构、人力资源配置和运行机制。筹建信息技术研究院、联合实验室，统一学院内各单位财务政策，以及在职称晋升、人才引进、研究生招生名额分配和“985/211项目”等方面的统筹等，都是信息学院在实体化进程中的阶段性举措。筹建信息技术研究院，还面临着更深一层的选择：原有的各系是要面向世界一流大学竞争更加突出基础性学术研究，还是要在未来保持较多研究系列人员，各自打造产学研平台？

由于种种原因，在信息学院实体化改革过程中，以“教学—科研”系列为本的人事制度改革未能按计划及时推进，原来请院系教学—科研系列教授到信息技术研究院兼职带队的设想也未能实现。在这样的背景下，面对国家重大项目和战略需求的迫切需要，信息技术研究院以成建制团队进入为主、院系和企业兼职为辅的方式开始组建。

信息技术研究院的建立是学校和信息学院审时度势，主动调整机制体制，迎接科技革命新挑战的重要决策。2003年4月16日，在清华大学2002—2003学年度第10次校务会议上，通过了《关于成立信息技术研究院的决定》，正式批准成立信息技术研究院（Research Institute of Information Technology，RIIT）。这一决定同时确立了信息技术研究院的定位，“希望研究院积极引进国内外优秀人才，瞄准国际先进水平，针对国家发展需要，充分发挥清华大学的学科综合优势，在国家信息化建设中承担重大项目，创造有影响力的科研成果，服务于学科建设和人才培养”。

2003年年底，在第十五次科技讨论会闭幕式上，校长顾秉林在以《审时度势　开拓创新　重点突破　跨越发展》为题的报告中，深入分析了20世纪后期以来，科学技术发展明显呈现出的多学科相互激荡、相互渗透的大趋势，以及世界一流研究型大学在跨院系的交叉领域大力实施“有组织的研究”（organized research）的动向。他在谈到《清华大学加强科技创新工作若干意见》中提出的一些重要的科研体制和运行管理机制的改革措施时特别指出，“我们要在信息、生命、能源、材料、环境、先进制造、航天航空等领域瞄准国家战略需求，发挥学科优势，凝炼主攻方向，组织攻关团队，争取和承担国家重大任务。这些攻关团队是按任务来组织队伍的，需要集成不同学科的人才，需要以任务来带动队伍建设和运行管理机制的建设。这些攻关团队要有强有力的领导机制和一定的规模，少则几十人，可以成立一个实体研究中心；多则几百人，可以成立一个实体研究院。信息技术研究院就是按照这样的目标组建起来的科研实体。”这进一步确立了信息技术研究院作为学校科研体制和运行管理机制的改革突击队的任务和作用。