与技术发展潮流的趋势相比，我国目前的学科体制不仅失之“狭窄”，更是失之“隔绝”。高等学校现有科技体制与机制存在的问题，主要体现在三个方面：

第一，现有的科研组织形式，不适应集成攻关的要求，也不适应前瞻性自由探索的需要。很多大学已经设立了国家级、校级、院（系）级、跨学科和二级学科专业级的研究机构，包括研究院、国家实验室、研究中心和研究所，但是科研活动的基本单元仍然是由少至1名教师，多至几名教师组成的科研组，属于“个体户”形式，这种小型科研组难以组织和承担重大科研任务，因而难以在国家重大科学工程、技术集成攻关、科技成果转化方面为国家的发展和安全作出重要贡献。此外，不少科研组还不同程度地存在科研方向一成不变、队伍近亲繁殖、资源固化、阻碍合作等方面的问题。另外，以教师“个体户”为主的科研活动主要体现了教师的自主性和自发性，同时也具有较强的随机性和偶然性。与国家科技创新的重大需求和科学技术日新月异的发展相比，这种无组织的科研活动在科研方向契合度和科研效率方面仍有较大的提升空间。

第二，现有的评价激励机制，不适应建设一支由科研、技术和管理人员组成的团队及调动各方面积极性并促进协同合作的需求。尽管多数大学都已经建立了基于人事制度的评价激励机制，但由于不同的学科具有不同的发展目标，多数高校采用“一刀切”的方式，没有建立符合学科发展需要的激励评价机制。高校现有的激励评价机制，主要针对教师个人，和激励评价相关的绩效考核、学术评价、资源分配等没有考虑到团队之间的群体和合力优势。重大的科研项目往往需要团队攻关、分工协作，获取共同利益，在现有的激励机制下，只会加剧教师个人之间的竞争，对科研协同创新的合作有反作用。(www.daowen.com)

第三，现有的以学科为基础的“系”为行政组织的运行管理模式，不适应多样化的科技活动，特别是科技工作任务和环境变化的需求。我国的高等学校多沿用原苏联的校、系、教研室（或校、院、系、教研室）教育体制，这种体制是针对教学型的大学而制定的，教师通常被固定在某个院、系、教研室，其所能获得的各种资源和评价主体都固定在同一个行政管理框架下，很难参与到其他大规模的、跨学科合作研究之中。以学科为主的系的行政管理模式，已经形成了较深的观念和习惯，在此之外，还有行政和经济的力量。“学科建设”是最常见的词，国家在提出建设世界一流大学的同时又开始了世界一流学科的建设，学科被认为是核心，是大学发展的抓手，但这种自上而下的管理模式进一步强化了学科的界限，使得学科之间的交流和合作变得更加困难。尤其对于那些为了学科交叉而成立的新的研究机构而言，一旦脱离了学科，往往可能会遭到各种非议，甚至连当初成立的目标和初心都会被一并否定。