1.初始值的设定

本书对各变量的正常水平，均采用0.5进行赋值。

针对研究内容，分别对协同创新系统中各主体投入资源要素的变量从0—1设置了11个初始值，分别为0，0.1，0.2，0.3……0.9，1。其中，除特殊说明外（评价压力），0—0.5表示低投入水平，0.5表示中间投入水平，0.5—1表示高投入水平。分析不同变量水平对协同创新系统的影响。

2.时间表设定

本书选取了20年为仿真时间段（时间跨度单位为1年），对创新系统中主体之间协同过程进行模拟，旨在此基础上解释协同创新系统中合作演化的情况。

3.输出变量的设定

在协同创新系统中，各创新主体通过不断调整 自身的创新行为，提供不同的资源，从而推动创新系统的整体绩效不断提高。(www.daowen.com)

关于协同创新的绩效，已有研究中尚未形成完整的、公认的定义和测量指标。当前可用来进行技术创新活动测度的数据主要有以下4种：①关于R&D投入的数据，在OECD国家中按《弗拉斯卡蒂手册》（FRASCATI）采集；②专利数据；③创新调查数据，OECD国家中按《奥斯陆手册》的定义和方法论，通过大规模的技术创新调查进行搜集；④基于文献的创新产出指标数据。此外，美国国家科学委员会颁布的《科学与工程技术指标》（National Science Board，Science and Engineering Indicators）设置的成果指标主要包括商业成果产出、知识产出、科学、技术、工程和数学（STEM）教育、STEM劳动力和人才、社会经济影响/幸福指数。《中国创新指数（CII）研究》课题组研究设计的评价我国创新能力的指标体系和指数编制方法中，采用论文、专利、商标、技术成果成交额反映创新中间产出结果。已有的创新绩效测量指标分别从主体法和客体法两个维度测量创新的产出，将主体法和客体法结合并同时关注创新主体和创新成果的综合维度是目前采用最多的方式。

本书根据研究问题的需要，在综合考虑创新主体及创新产出的同时，对协同创新绩效在模型中做如下定义：

协同创新绩效=大学研究水平+大学教育水平+科研院所研究水平+ 企业创新水平

协同创新绩效被视为三类创新主体的主要创新产出的综合，主要包括大学的研究水平和教育水平、科研院所的研究水平和企业的创新水平。这些变量的名称和含义分别对应本书第3章主体建模的变量和影响关系。

本书共进行了三个方面的仿真：一是各类主体基于资源和核心能力的要素投入构成的协同创新合作要素；二是在制度属性层面设置的评价机制；三是在历史积淀属性层面设置的声誉机制。仿真结果用于探索这些要素如何共同作用于协同创新系统，影响系统的创新绩效。