基于复杂自适应系统的理论分析框架明确了协同创新系统的主要构成，多主体理论强调的环境、主体、适应性，可以把具有不同组织目标和文化差异的创新主体放在同一个系统中研究主体之间的交互作用，来刻画和推演系统的内在结构和运作规律，采用跨学科、跨文化的视野来解释现实系统。

就协同创新系统中的合作机制问题，本书在此理论框架基础上，对所研究的合作问题按演化过程分为三个阶段：

1.合作产生阶段。已有研究表明，合作开始的难点在于对环境、主体属性的辨识，由于环境具有不确定性，主体在选择过程中所具有的信息不完全，使得选择的过程并不总是理性的行动。为了促进合作的产生，需要对环境、主体和主体的属性作出理性的辨识，这也是本书需要对协同创新系统作出的探究。合作开始时需要根据合作伙伴的历史积累，即其过去的表现来判断合作的可能，这其中声誉机制是用来衡量合作方是否值得信任的重要因素。合作产生的另一个重要条件是回报，协同创新系统中建立的是基于回报的合作，只有创新主体预估了合作的回报后，合作才能产生。

2.合作发展阶段。当创新主体决定开始合作后，其追求的根本利益体现为创新绩效，这是合作创新绩效大于不合作创新绩效的结果。在合作过程中，主体之间的非线性作用，在各种投入要素的聚合下，产生了复杂的多样性的合作模式。由于协同创新中的合作是互惠的合作，主体之间基于自身属性能力的不同，在创新的不同领域和阶段进行组合，不断寻求最优配置，局部的互动导致全局的系统涌现。本书将创新绩效视作回报，从整体层面研究创新主体之间合作程度对创新绩效的影响。

3.合作持续阶段。当合作主体间预期的回报得到实现，合作方在合作过程中建立的合作模式已经超越了在合作产生阶段甚为重要的声誉和信任，当合作方认为未来长期的合作将对回报产生积极影响时，合作将以稳定的形式持续下去。相对而言，合作创新绩效是创新主体合作的短期目标，而通过一次合作创造更多合作的机会，以及通过合作赢得绩效以外的好处（如声誉的提升），或者个体的合作在整体上促进了一个国家创新能力的提升，则是创新主体追求的长期目标。

此外，根据科尔曼创建的社会行动理论中的理性选择理论，对组织创新行为的评价作为一种重要的制度，能够引导参与者实现创新目标，本书将研究评价机制如何影响创新的短期目标和长期目标，并据此在制度层面提出有利于促进合作的机制。基于以上分析，本书提出的基于系统论的合作演化分析框架如图2-4所示。

图2-4　基于系统论的合作演化分析框架图(www.daowen.com)

至此，本书在提出理论分析框架和合作演化分析框架的基础上，进一步研究合作机制的三个组成成分如何影响协同创新的合作绩效：

（1）主体之间的合作要素对协同创新合作绩效的影响；

（2）评价方式对协同创新合作绩效的影响；

（3）声誉水平对协同创新合作绩效的影响。