作为国家科技创新体系的重要组成部分，高等学校现有科研体制在参与协同创新时存在着既有的弊端和不适应，具体表现在如下两个方面：

1.高等学校在满足国家重大战略需求、科研与经济紧密结合方面贡献不足。如表1-1所示，在国家总体科研投入大幅增长的同时，高等学校承担科研经费的比例与企业和科研机构相比很低，仅在7%—9%之间，2008年高等学校科研经费占比8.5%，之后呈逐年下降趋势，2012年高等学校科研经费占比7.6%，这意味着高等学校承担科学研究工作的总体空间在本不宽阔的情况下更为狭窄。

表1-1　2008—2012年R&D经费支出按执行部门分　（单位：亿元）

数据来源：中国科技统计数据. http：//www.sts.org.cn/sjkl/kjtjdt/index.htm.

和美国等高科技领先国家相比，中国大学的科研成果在国家重大战略发展和商用化程度方面都处于劣势。2014年国家颁布了《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革的方案》，在资源配置上实行全链条设计、一体化实施，高等学校长期以来强调以“学科建设”为首任，导致学科之间的壁垒愈深愈坚。国家重大战略需求和产业重要发展需要的科学问题是大而复杂的系统工程，需要多学科合作分工解决，走学科交叉与融合的路，高等学校目前以系为主的科研组织形式无法形成大团队、承担大项目。(www.daowen.com)

2.高等学校教授为“个体户”的生产关系难以承担重大科研项目。大学参与协同创新的困境在于：①缺乏领袖，不愿协同；②利益失调，不想协同；③思想各异，不好协同；④条块分割，难以协同。高等学校如果无视国家科技发展趋势，很可能成为国家科技创新局外人，尤其是综合性大学的科研优势可能很快落后于行业背景强的大学，甚至有可能退守到仅仅“出专家、小参与、敲边鼓”的境地。长此以往，学科与教师个人的发展空间也将逐渐丧失，难以在有影响的国家重大创新中作出重要贡献。

3.高等学校与其他科研主体之间的合作不足。大学是世界上存在的最古老的组织形式之一，具有相对的保守性，其独立生存的空间在短期内并不影响大学的持续发展。大学的科学研究大多由校园内的教师个人完成，无论是校外与其他主体的合作，还是校内不同院系之间的合作，都较少且低效，未能建立起广泛的、有助于创新要素流动的合作。

面对全球竞争和国家科技政策的重大转变，高等学校必须考虑如何组织科学研究，以更加快速、准确地跟上国家科技创新形式。高等学校不可避免地要应对这样几个挑战：一是如何积极参与到国家重大战略需求的科技创新中，以加强科研与经济的紧密联系；二是如何在科研组织模式方面作出适应性调整或创新性探索，具备承担重大科研项目的能力；三是如何在外部加强与其他创新主体的合作，在内部有效协同各学科的力量，打破组织间、学科间坚固的壁垒，形成有效的跨学科合作。