中国科技创新经过几十年的发展取得了巨大成就，同时在科研体制方面也面临着不可回避的发展问题，集中表现在以下三个方面：

1.教育、科技与经济社会发展结合不够紧密。全国科研机构、企业以及高等学校等开展了大量的科技创新活动，分走了上万亿元的科研经费，产生了大量的科研论著、文章以及专利等科研成果，但科研质量的提升十分有限，科学研究和创新水平仍处在跟踪、模仿阶段，未能走向超越和引领阶段，还有待在全球变革中为国家作出战略性贡献。高等学校的科研工作未能满足国家重大战略需求和新兴产业未来发展布局的需要，一些科研成果没有产生新的知识，对企业也没有根本性的帮助，没有形成推动人类社会文明进步、提高广大人民群众生活质量的科研创新成果，在推动国民经济发展方面的收效还有待提升。

2.科研资源配置方式分散。我国科研资助体系中，资源配置呈现“碎片化”，全国有近百个专项基金等科技计划，近40个部门管理，项目众多、目标发散，在顶层设计时科研项目的导向性不足，各类项目之间的统筹协调不够，导致相同科研计划多头、重复申报和立项。此外，目前科研资源配置的“撒胡椒面”方式，不适应“大科学”时代的科研组织方式，在凝练大题目、凝聚学科交叉的大团队、凝结重大科研成果方面，不利于实现创新要素的汇聚，难以在重点方向上作出以点带面的有影响力的技术创新成果。(www.daowen.com)

3.科研创新主体封闭。政府科研机构、企业和大学各自从事独立的科学研究和技术创新，由于缺乏共享机制，没有深度的融合，在知识生产的过程中各自为营，无法实现创新要素在不同创新主体之间的流动，难以在全局层面形成有影响力的科研成果，严重限制了科技资源配置效率和创新效果。

国家科研体制存在的问题对科研管理提出如下挑战：①如何建立能够满足国家重大战略需求的科研体制；②如何建立各方相适应的科研组织形式；③如何有效发挥各类创新主体的作用，打破主体之间的壁垒。