总理衙门的“合作”态度，使得法方更趋苛刻。而在法国的强势要挟下，清政府步步妥协，最终接受了法国的要求。清政府的妥协是从免职谭钟麟和李钟珏开始的。12月15日，毕盛让翻译员联芳带给总理衙门节略一件，更明确地开列了六款索补条款：一、将勘界条款即行批准；二、将两广总督革职永不叙用；三、将遂溪县令从宽改为永不叙用，将遂溪前任知县熊全萼开复原官；四、将团练凶手拏获正法；五、抚恤两法军家属银六万两；六、了结雷州府谢兰教士一案。^[34]在法国的压力下，李钟珏当日即被革职。19日，清廷命与法国有过多次交涉经验的李鸿章署理两广总督，未到任前由广东巡抚德寿署理，并令谭钟麟离粤入京。^[35]谭钟麟的撤职，不完全是外在压力所致。实际上，谭本人对中法交涉的结果很不满，曾感叹“为国家守土不能保，又重伤吾民，何颜复居此乎！”于是，五次上疏朝廷，“力求解任”。最终，朝廷是以“赐给假”并让其“奉旨速来京陛见”的体面方式解除其两广总督之职。^[36]12月20日，毕盛亲自到总理衙门面传节略，所开列的五条办法，基本上就是对15日节略的重提。^[37]同日，毕盛致电法国外交部长得尔卡舍，告知“根据北京官报上所发表的一项命令，李鸿章已被任命为广州代理总督。他的前任已经接得立即赶回北京的命令。遂溪知县已经受到贬黜处分”。^[38]五天后，毕盛再次将此消息肯定地向法国外交部作报告。^[39]

接着，抚恤费问题也得以解决。12月21日，毕盛又到总理衙门，提出雷州教案索补条款两项：“一、应赔教堂各所被毁所示等项亏累洋银六千元；二、所有教民被扰，哀求我国水师官长抚恤，赏给饮食川资等费洋银一千五百元”，共计七千五百元。然而，毕盛还表示“而教民及不在教者所受亏累尚不在内”，但为避免“误计数目悬殊”，“暂不声叙”，要求总理衙门“明许”并在地方官会同查明秉公认赔后如数补给。^[40]12月23日，总理衙门对毕盛20日所提交的节略作了逐条回复，基本上同意了毕盛的五个条款，只在细枝末节上进行了一些处理。总理衙门表示，雷州教案的了结和原遂溪知县熊颚全开复原官问题应等署两广总督李鸿章到任后查核办理。^[41]唯一表示异议的是对两被杀军官家属的恤银数目问题，总理衙门认为“原议恤款”20万法郎“为数较多”，只能给予“银五万两”。^[42]总理衙门所提出的恤银5万两，其实指的是纹银。对此，法国方面是接受的，但要求“应声明银两行市断不能减少”，并提出援引“从前补还费务，林公司每两合三法郎半之数”的旧例来算。因此，折合来算，五万两纹银应为175000法郎。^[43]在总理衙门的协调下，此笔恤款后经上海道垫付，并于1900年1月10日如数拨付华俄银行存收，最终则由广东省筹还。

与此同时，《广州湾租界条约》的批准也提上了议程。“所有会奏广州湾界务一折”于1900年1月15日开始从广东“拜发”，^[44]18日到达总理衙门，除了苏元春主稿的《会同办理广州湾界务事竣情形》一折外，尚有“地图一张，合约二件，并高礼睿原函七件”，请总理衙门代呈清廷御览，“另备地图一张，合约二件，咨送备案”。^[45]20日，苏元春会奏广州湾界务奏折经由军机处交到了慈禧、光绪处。^[46]但“现因封印期内，未便使用御宝”，于是，总理衙门致函告知毕盛，并承诺“应俟明年正月十九日（即西历1900年2月18日——引者注）开印后即由本衙门奉请批准”，“届时奉旨再行知”。^[47]2月19日开印后，总理衙门即向慈禧、光绪请旨允准《广州湾租界条约》，当天即得到了批准。^[48]按照双方协定，该条约应“由大清国皇帝批准及大法民主国大伯理玺天德批准后即在中国京都互换，以法文为凭”^[49]，但法国“则因庚子事变爆发，没有立即批准该约，并企图对其进行更有利的修订，后则忽略此事，始终没有予以批准”^[50]。(www.daowen.com)

其后，惩凶问题也很快得到了解决。在法国的催促下，1899年12月清政府委派候补通判方政拏拿凶犯以惩办。12月21日，方政抵达遂溪，会同遂溪县令崔广沅，“会营选差密速查拏”，同时飞谕平石村团绅候选训导“督同团勇协拏”。到了1900年1月11日，便拏获了杀害法国军官的凶手两名。经过多次审问确定后，两名凶犯均供认不讳，称“当日致毙法牟二人，实系伊等两人先行动手，彼时在场人多，事起仓促，并无主谋之人”。在总理衙门的指示下，经与法方观审代表朱亦克相约，当月24日，方政等官员“会营多派兵役”提两名凶犯亲自押赴赤坎分界之处，法员朱亦克则带了翻译和法兵前来观审，经会同验明该二犯确系真凶正身后，即将两凶犯“就地正法，枭首示众”，并与朱亦克立据画押、分执为信。据方政报告，“法员临别时以办理尚为迅速，词色均悦，地方百姓知罪应抵偿，亦无异议”。^[51]

至此，法国以“平石事件”为借口所提出的索补条款基本得到了满足。在索补条款的交涉中，在法国的强势要挟下，清政府逐渐从初期的强硬态度软弱下来，满足了法国提出的赔款、撤职地方官、惩凶、了结地方积案等要求，以求息事宁人。“平石事件”善后也基本画上了句号。