额济纳为西夏语黑水之意，额济纳旗是自清以来，蒙古地区行政建制通称，相当于县。该旗是边境牧业旗，位于内蒙古自治区西北端。

清康熙三十七年（公元1698年），游牧于伏尔加河流域的蒙古族土尔扈特部首领阿玉奇汗之侄阿拉布珠尔与其母率500余人到西藏礼佛，随后阿拉布珠尔遣使入京请求内附，准奏，赐牧地于敦煌附近的党河、色尔腾。其子丹忠继位后，因惧准噶尔部骚扰，于雍正九年（公元1731年）呈请内徙。经陕甘总督查郎阿同意，迁徙至阿拉腾特布西、阿拉克乌拉等处（阿拉善旗附近）游牧。后定牧于额济纳河流域。

乾隆十八年（公元1753年），清政府正式设置了“额济纳旧土尔扈特特别旗”建制。因其不在外五十七旗和内四十九旗之列，也不隶属于新疆乌恩苏吉格图盟，故授札萨克印，称“特别旗”，直属清理藩院管辖，由陕甘总督节制。

民国初年，额济纳旗仍称“特别旗”，直隶国民政府蒙藏委员会。初为甘肃省议会管辖。公元1928年11月，宁夏省建制设置，额济纳特别旗归宁夏省管辖。

1949年9月27日，额济纳旧土尔扈特特别旗札萨克郡王、防守司令部中将司令塔旺嘉布致电中共中央主席毛泽东，中国人民解放军总司令朱德，宣布接受中央人民政府领导。额济纳旧土尔扈特特别旗获得和平解放。

1949年10月至1951年1月，由甘肃省酒泉专署代管。(www.daowen.com)

1951年1月改称额济纳旗自治区。同年2月，归宁夏省直辖。

1954年11月，随宁夏省建制合并到甘肃省，额济纳旗自治区初由张掖专署代管。同年11月30日，改属酒泉专署。

1956年6月1日，划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟辖属，并改称额济纳旗。

1969年9月9日，复归甘肃省酒泉专署管辖。

1979年7月1日，划归内蒙古自治区辖属。次年5月1日，阿拉善盟正式设置后，即属阿拉善盟辖属至今。