南京位于长江下游江南丘陵的东部边缘，西面和北面濒临长江，东、南面有起伏的低山丘陵，秦淮河流经市内，地形复杂，山川险固。历史上，浩淼壮阔的长江是南北交通的一大障碍，以南京为都的南方政权便凭借长江天险与北方政权抗衡。相传诸葛亮曾论及南京的地理形势说：“钟阜龙蟠，石城虎踞，真乃帝王之宅也。”这便是“龙盘虎踞”之称的由来。
南京做为古都的历史是从三国时东吴算起的，除了明初53年，太平天国的12年及民国的约14年是全国性政权首都外，其余都是分裂时期的地方政权中心。总体来看，在南京定都的先后有东吴、东晋、南朝的宋、齐、梁、陈，南唐、明、民国九代，如果包括太平天国农民军政权，便是十朝古都了。
南京城的历史可以追溯到春秋战国时代，当时，今天的南京地区处于“吴头楚尾”，属吴的西缘边境。相传，吴国是个善铸兵器的地方，著名的干将，莫邪两剑便出自姑苏虎丘。吴王夫差曾经在今南京城里的冶山，筑冶城，为冶炼铸造的场所，故址在今水西门内朝天宫一带。公元前472越王勾践灭了吴国，令范蠡在秦淮河畔筑越城，周二里，又称范蠡城。越城故地在今南京城南长干桥与雨花台之间的长干里，今天仍叫越台。这是南京2400年筑城历史的开端。
公元前333年，楚灭越，尽有吴国旧地，楚威王令依石头山筑城，叫金陵邑，这便是南京别称金陵的来源。秦统一全国后，在今南京市南置秣陵县，属会稽郡。西汉又在今南京市东南置胡孰县，与秣陵同属丹阳郡。越城，金陵邑，胡孰、秣陵都是治秦淮河畔的古城，在南京成为六朝故都之前分布在今南京城附近。
东汉末年，军阀混战，孙权继承父兄基业，控有长江下游。孙权的统治中心，初在京口（今江苏镇江），建安十六年（211），孙权从京口迁秣陵，改名建业，取建立功业的意思，次年筑石头城，石头城是个突出江岸的制高点，西临长江，南控秦淮河的入江口，形势险要。石头城周7里100步，西面即倚江边的石壁筑城，北、东、南三面设门，可以屯驻军队，储存军械粮食物资，并设有烽火台，是在吴治江的重要军事重镇。孙权为了与刘备争夺荆州（今湖北江陵），曾一度迁都到鄂，改名武昌。江东大族坚决反对迁都武昌，有童谣说：“宁饮建业水，不食武昌鱼。宁还建业死，不止武昌居”。黄龙元年（229），又把都城迁回建业。
孙权回都建业后，决定另建建业城。孙吴建业城在今南京市内。
城周20里19步，北倚鸡笼山，覆舟山，东濒青溪，西达五台山。南面正中为宜阳门，在今淮海路一带。都城内，有孙权为自己建造的太初宫，孙皓在其东建造的昭阳宫。
太初宫北有苑城和仓城，苑城是皇家花园和皇宫卫队的营地，仓城是皇家仓库。出宣阳门是南北笔直的“御道”。秦淮河两岸是繁华的“大市”。城内还开运渎、潮沟，以开拓水源。潮沟北通后湖（今玄武湖），组成东青溪、北潮沟、西运渎、南淮水的城市水道网，这样一方面利用后湖之水，解决都城的供水问题，另一方面为都城的排水找到秦淮河作为出路。
晋太康元年（280），晋武帝司马炎灭蜀后，由益州沿江东下，征吴，孙皓还想用铁链横锁江面，凭借天险抵抗，但晋军冲破天险，吴军不战而溃。“王濬楼舰下益州，金陵王气黯然收。千寻铁锁沉江底，一片降幡出石头”。孙皓只好出石头城投降，吴亡。孙吴以建业为都共50年。
西晋统一全国后，建业并没受到破坏。建业改为秣陵县，又新设江宁县。太康三年（282），分建邺和秣陵两县。以秦淮河为界，北在宣阳门内为建邺，南在秣陵县老城。西晋末，建兴元年（313），建邺因避晋愍帝司马邺的讳改为建康。
东晋建武元年（317），司马睿在建康建立偏安政权，此后的宋、齐、梁、陈4个王朝也以建康为都城，称为南朝。其间梁元帝都江陵三年，到隋开皇九年（589）灭陈，建康为都共269年。
东晋、南朝的建康都城基本上保持了东吴建业的旧貌。城郭有三重，最外是竹编成的篱门，齐建元二年（480）始改为砖墙城垣。东晋初，建成新宫建康宫，宫城正南为大司马门，南至宣阳门二里，宣阳门到朱雀门五里，为御道。朱雀门南淮水上有朱雀桥，一名大航桥，称大吴桥，东晋后为浮桥。东晋时北方汉族渡江南下，建康人口增加很快，朱雀桥及附近乌衣巷一带是北方贵族聚居区，“朱雀桥边野草花，乌衣巷口夕阳斜，旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”。
后湖在都城的北面，又叫“北湖”。东晋和刘宋曾先后筑东自覆舟山，西至都城的北堤，用来阻止湖水南下都城。北湖常用来操练水军，故又称“习武湖”或“饮马塘”。刘宋时，还在湖中立方仗、蓬莱、瀛洲三神山。宋元嘉25年（448），湖中有“黑龙”出现，改名“玄武湖”。在玄武湖附近，刘宋时建有华林园，华林园东的乐游苑，又名北苑。南齐在宫城东建造芳乐苑。
东晋时在建康都城东南修筑“东府城”，为宰相公署。西南建“两州城”，为扬州刺史治所。东南秦淮河南岸有东吴所建丹阳郡故城。都城西面据秦淮河口，面临长江的石头城，仍是个军事重镇。北郊幕府山上筑有白石垒，又称白下垒，为江防要塞屯兵把守，这样，建康城外围便有5个卫星城，3个是行政职能的，2个是军事职能的，组成以建康为中心的城市群。
南朝梁是建康发展的鼎盛时期，其范围东至倪塘（今方山北），南至石子岗（今雨花台），西至石头城，北过蒋山（今紫金山），广达40里，成为有28万户，约合100多万人口的大城市。梁武帝晚年有“候景之乱”，建康城惨遭破坏。当台城被景军围时，人口有10余万，城破只剩下两三千，平乱之后，建康城人口只剩下原来的百分之一、二，几乎成了一座荒城。陈后主陈叔室又是个荒淫奢靡的皇帝，作《玉树后庭花》等靡靡之音，命宫女和唱。《后庭花》歌词中有“玉树后庭花，花开不复久”之调。杜牧《泊秦淮》云：“烟笼寒水月笼沙，夜泊秦淮近酒家，商女不知亡国恨，隔江犹唱《后庭花》。”便是用的陈亡典故。在亡国前夕，陈叔室还在宫城建结绮、临春、望仙等华丽精巧的殿阁，终于为隋所灭。建康六朝古都的历史宣告结束。
灭陈之后，隋文帝杨坚下令拆毁建康城垣宫室为耕田，于是，原六朝古都建康的都城、宫城、官署、军营全部拆毁，盛极一时的三百年故都荡然无存，“吴宫花草埋幽径，晋代衣冠成古丘。”只留下些残垣断壁，让后世的诗人们留下无数对六朝故都凭吊怀古的佳句。
隋时，建康城的地位因扬州及润州的兴起而一落千丈。隋毁建康后，废丹阳郡，把秦淮河南岸的郡城也平毁，在石头城置蒋州，管江宁、溧水、当涂3县，江宁县为州治。唐初，把原设在蒋州的高一级行政机构杨州迁往江都（今扬州）。有唐一代，除了短时期在江宁置蒋州、扬州、昇州外，此地一直是一个极普通的县城。(www.daowen.com)
唐末，军阀混战，全国四分五裂，这就是五代十国。公元902年，杨行密统一江淮，建立吴国，建都在扬州，史称“扬吴”。扬吴实际执政的是徐温和他的养子徐知浩。曾3次筑城，开濠，修治宫室，预备以扬州为东都，金陵为都城。徐知浩任金陵尹时，修建的金陵城周围25里，府城房屋2500间，奠定了后来南京的基础。公元937年，徐知浩代吴称帝，定都金陵，名西都，改金陵府为江宁府，国号唐，史称南唐。
南唐政权建立后，改原府城为宫城。江宁府城的位置比六朝建康都城偏南5里，是以秦淮河为市区中心扩建而成的。它的北面从竺桥西经浮桥、玄武桥直至石头城，北门面对玄武桥，约在今珠江路一线。今珠江路南尚留有城缘，城濠的西段已逐渐湮没，俗称“干河沿”。东面从竺桥向南，经白下桥（今大中桥），过秦淮河到双门桥附近。南面城墙沿死马涧修筑，长干桥是当时南门外的正桥。西南沿长江岸，城墙跨过秦淮河，把石头城包入城中。全城周长25里44步，共8门，城缘4，765丈，城高3丈。
唐末五代的金陵城，依然是一座颇具规模的城市而雄据一方。后来北宋的江宁府，南宋的建康府，元朝的集庆路，都继承了南唐江宁府的原址。金陵为南唐都城共38年。
宋灭南唐后，改江宁府为开州，后复改为江宁府，府治设在南唐的宫城内。北宋都汴梁，江宁仍不失为东南地方的政治中心。
南宋时，江宁成了宋、金交兵的前哨。建康府府尹马光祖曾重修宋金交战中毁坏的城池，利用南唐宫城修成皇帝的行宫。
元世祖忽必烈灭金后下江南，由雨花台攻入建康城，即改为建康路，统辖江南诸道。天历二年（1329），又改为集庆路。
至正十六年（1356），朱元璋攻占了集庆路，改为应天府，置江南行中书省，以此为根据地，统一长江下游，最后统一全国。明洪武元年（1368），明朝成立，明太祖朱元璋改集庆路为应天府，以开封为北京，应天府为南京，南京之名由此而来。洪武十一年（1378），决定建都在南京，改南京为京师。这样，南京第一次成为全国性的首都。
朱元璋在攻取集庆十年后，即公元1366年，开始营建应天府城，直到洪武十九年（1386）才完成。修建工程可分为两个阶段。第一阶段自元至元二十六年（1366）拓展应天府城起，以改筑为主；第二阶段从明洪武二年（1369）造新城到十九年（1386）作城门止，主要以新建为主，前后历时达21年之久。
明南京城以南京的江宁府城为基础，南倚聚宝山，东面扩充到钟山西麓，沿后湖两岸向北绕过狮子山南下，依八字山、马鞍山、清凉山等西部低山丘陵作为城垣两界。南、西两界基本上与南唐旧城相同，北面将六朝故城全部包括在内，并向东向北扩展，使山、水、城融为一体。形状作南北长，东西窄的不规则形。城垣全长67里，全部用砖石筑成，是当时世界第一大城。城垣基座用花岗岩和石灰岩砌成，上面再砌大砖，砖由5省125个州县烧制，经水路运到南京。筑城时在砖缝中灌用糯米汁或高梁汁与石灰和桐油混合的夹浆，粘合力极强，可谓固若金汤。六百年后的今天，明南京城墙遗留有19.8公里，至今巍然屹立。
洪武二十三年（1390），在原南京城外增建外部城，以加强防御。据载有180里，实则120里。东至紫金山，北临长江，西过秦淮河，南在雨花台南，在险隘处筑城墙及城门，共16门。
到明成祖朱棣称帝时，决定建都北平。建文四年（1402）改北平为北京，积极营建北京城，永乐十九年（1421）迁都北京。这样，明都南京共经3帝53年。
明之后，南京曾一度是南明福王朱由崧的统治中心。顺治十一年（1654），清兵攻占南京，改应天府为江宁府，设两江总督，管理江南和江西。
咸丰元年（1851），洪秀全领导太平天国军从广西兴起，第三年春攻取南京，定为首都，改称天京。天王洪秀全在城内修建的天王府，是利用两江总督府旧址加以扩建而成的。城分内外两重，外重称“太阳城”，内重称“金龙城”。另有东王杨秀清在汉西门的黄泥岗建东王府。太平天国十三年（1863），曾国藩的“湘军”攻下雨花台，次年清军由太平门挖地道炸城墙攻入，天京的历史仅仅10年便宣告结束。
公元1911年爆发了辛亥革命，清王朝被推翻，中华民国成立。民国元年（1912）元旦，孙中山就任中华民国临时大总统，定都南京。后由于北洋军阀及国民党的背叛，国内形势一片混乱。中华民国建都南京的时间断断续续共有14年。
朱元璋死后，葬在中山南麓的独龙泉，是为“孝陵”。这位辗转一生终成帝业的皇帝，永远注视着曾一度属于他的应天府的发展。
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