在农民起义威胁到地主阶级政权的生存时，东汉统治者采取了一系列紧急对策：（一）原来相互对立的外戚、宦官和官僚士大夫集团在覆亡的威胁下，联合起来，他们下令“大赦天下党人，还诸徒者”，以共同对付革命农民和防止受禁锢、迫害的党人与起义军勾结。（二）诏令各州郡修理攻守、简练器械，向朝廷推荐有作战经验的人听候调用。（三）鼓励各地豪强地主为保护自己的利益，修筑坞堡，扩充武装，组织起来与起义军对抗。（四）拿出宫中一部分私财收买官兵，用西园马匹装备军队，扩充骑兵，又号召公卿大臣捐献马匹弓弩。（五）增设西园八校尉，编练新军镇压起义军。可以说，东汉政府是动员、联合了一切可以动员、联合的力量来共同对付黄巾军。

起义军三支主力在对各地封建势力进行初步扫荡之后，很快就形成了以洛阳为攻击中心，陈兵黄河两岸的半月形包围圈。

针对起义军的战略布局，东汉王朝采取了防堵与进剿相结合的军事部署。一方面，对来势汹涌的起义军实行防堵，调兵在洛阳外围的八个关口（函谷关、太谷关、广成关、伊阙关、轘辕关、旋门关、孟津关、小平津关）布防，以作为京师洛阳的第一道防线，同时，任命何进为大将军，率左、右羽林军驻兵都亭（洛阳附近），作为拱卫京师的第二道防线，以进一步防止起义军攻破其发号施令的指挥中枢。另一方面，对起义军实行进剿，任命皇甫嵩、朱儁为左、右中郎将，率主力镇压对洛阳威胁最大的波才部黄巾军。命卢植为北中郎将，向张角所部的河北黄巾军进攻。命南阳各地的地方官加强防守，隔绝南阳地方的黄巾军同其他部分黄巾军的联系。显然，这种作战部署是企图将黄巾军三支主力实行隔绝，封锁在各起义地区，以达到各个击破。(www.daowen.com)

四月，波才部黄巾军大败朱儁，并乘胜进围皇甫嵩于长社（河南长葛东北），皇甫嵩人少，自知不足以对抗黄巾军，便闭门不战，以待援军。波才缺乏作战经验，既没有及时集中兵力破敌，又错误地把营寨扎在草木丛中，且戒备不严。狡猾的皇甫嵩抓住战机，在夜间偷袭，乘风纵火，起义军战败后撤。这时，东汉王朝的骑都尉曹操也率兵赶到，于是两者合兵穷追起义军，经过激战，起义军大败，数万黄巾军将士壮烈牺牲。

颍川波才部黄巾军的失败，使黄巾军丧失了进捣东汉王朝心脏的有利地位，东汉王朝不仅摆脱了京师的威胁，还可以腾出手来镇压其他地区的黄巾军。果然，颍川黄巾军失败后，东汉政府马上调皇甫嵩北上进攻河北，朱儁进攻南阳。这样，张曼成率领的南阳黄巾军和张角亲自领导的河北黄巾军在他们的镇压下也先后遭到了失败。