在封建统治集团中，皇权和相权的矛盾是始终存在的。西汉武帝时以中朝分相权，成帝时始建三公制，平分丞相职掌，始使宰相由一人（不计副职）变为三人。三公地位均等，然时尚尤重大司马，王莽以大司马执掌朝政，并阴谋篡权。光武帝刘秀有鉴于此，建制伊始便削弱三公权力。

刘秀削弱三公权力的办法主要是扩大尚书台的权力。西汉武帝置中朝为决策集团，而尚书则是这个集团的办事机关。成帝时下设四曹（相当于今天的部），刘秀增至六曹，即：主公卿的吏曹，主郡国二千石事的二千石曹，主官吏上书事的民曹，主断狱事的三公曹，主少数民族及外国事的南北主客曹，管治安的中都官曹。过去汉武帝的中朝削夺外朝的某些决策权，而光武帝刘秀则进一步利用六曹来削夺三公九卿的某些执政权力。

六曹最高长官设尚书令一人，副职长官尚书仆射一人，六曹长官则各设尚书一人。这八人称为“八座”，他们是皇帝的喉舌，“出纳王命，赋政四海，权尊势重”。然而尚书令的品级是“千石”，仅相当于大县的县令。尚书仆射及六曹尚书品级更低，只“六百石”，相当于中小县的县令，官位很低。这样一来，有位的无权，有权的无位，既防止了强臣“窃命”，又有利于皇帝操纵驱使，从而更加集中了皇权。(www.daowen.com)

同时，刘秀还进一步完善监察系统。首先提高御史中丞（原属御史大夫两丞之一）的地位，与尚书台地位等同，取代御史大夫职掌，设御史台（府），监察百官。继续设州刺史，以监察地方郡县百官及豪强，且其权力不断扩大（东汉末年刺史有领兵之权，渐成为郡一级地方最高机构，其性质发生变化），而司隶校尉职权更加增大，不仅监察京师所在的河南等七郡，朝廷除三公之外均在其纠察之列。朝会时竟与尚书令、御史中丞、司隶校尉并列专席而坐，号为“三独坐”。三套监察系统，直接对皇帝负责，更有利于皇权的强化。