建武元年（25），在吴汉等受命围攻洛阳的同时，大司徒邓禹破安邑（今山西夏县北），收复河内以后，西渡黄河，大败更始政权中郎将左辅都尉公乘歙与左冯翊的联军。而赤眉军也攻入长安，更始帝出逃，时在九月。

自赤眉入长安后，关中地区的形势已发生了重大的变化：更始政权已被赤眉军打击得七零八落，更始帝已从长安出逃。赤眉军实力甚强，进城后，已失去了先前革命纪律，大肆烧杀掠抢而贪财物，而且王莽政权被推翻，更始政权被击破后，战斗已经失去明确的政治目标而成为流寇。作为刘秀方面而言，面对这种情况，若同赤眉军硬打硬拼，就会遭到失败。邓禹在关中初觉赤眉军锐不可当，而稍避其锋芒。建武二年（26）正月，乘长安粮尽，赤眉军西上就食之机，邓禹占领长安，但仅是座残破的空城而已。当赤眉军西上受阻还军长安，又一举击破了邓禹军，进而导致了邓禹军的内部变乱。

刘秀在这方面的头脑是清醒的，对更始和赤眉军均采取分化瓦解，以饱待饥的策略。当赤眉攻占长安，更始出逃其部下多降赤眉。刘秀发布诏令封更始帝刘玄为“淮阳王”，“吏人敢有贼（杀）害者，罪同大逆”，以争取更始帝的部下。邓禹军内部变乱以后，刘秀改派偏将冯异取代邓禹进攻赤眉军，送行时嘱咐冯异到关中后，不要专事征杀，只要将赤眉的首领送往京师，令其众解散从事农桑耕种，“不复聚”即可。并强调指出，“今之征伐，不必掠地屠城，重要在于平定后安抚百姓。”当他从关中调回邓禹时说：“赤眉缺粮，自当东来，我只用折断的策马杖就可打败他们。不是诸将值得忧虑的，不得再妄动进兵。”在战略部署上，刘秀命冯异占领华阴（今陕西华阴），从西阻击赤眉，侯进等屯兵新安（今河南渑池东）；耿弇等屯兵宜阳（今河南宜阳东）。并且拟定作战方针：赤眉军若东走，可引宜阳兵会新安；若南走，可引新安兵会宜阳。这一战略部署和作战方针体现了刘秀抓住赤眉军缺粮的致命弱点而定下的“以饱待饥，以逸待劳”和“东西夹击”的战略指导思想。光武三年（27）闰正月，冯异在崤底用计大败因就粮无着落而东归的赤眉军，俘八万余人。余下十余万疲困、饥饿不堪的赤眉军在刘秀严阵以待的强大军队面前，未进行交锋，就弃戈请降。刘秀接受了赤眉军的投降。

收降赤眉军以后，冯异于同年三月打败更始政权余部延岑的军队，终于占领了长安。(www.daowen.com)

纵观整个战役过程，刘秀及时抓住赤眉、绿林两大农民军在关中火并之机，先后派邓禹、冯异率军进入关中坐收渔人之利，并针对赤眉军存在的缺粮的致命弱点，以饱待饥、以逸待劳。又不计前嫌，宽宏诱降朱鲔，抢占了战略要地洛阳，扼住赤眉东归的要冲，同时拉拢隗嚣等割据势力，派冯异进据华阴，实现其四面困锁赤眉的目的。尔后又授冯异适应关中地区形势的谋略，终于达到了预期的战争目标。而赤眉军虽英勇善战，但由于领导集团没有明确的政治纲领和全盘的军事战略计划，因而在巩固政权争取人心和恢复社会秩序等方面，没有提出和采取任何相应的政策和措施；对关中周围的地方割据势力，赤眉军也未采取任何争取、安抚的办法，致使他们被刘秀拉拢利用。军事上的无全盘战略指导，导致他们只知在长安周围东驰西奔，流动作战，不知道建立稳定的根据地和组织恢复生产，终导致赤眉军粮尽兵疲，全军覆灭。

刘秀完全控制两京，对于东汉统一战争的顺利进行，具有重大意义。其一，长安、洛阳是西汉皇朝的京畿所在。刘秀以兴复汉室相号召，夺取两京不仅使自身的政治影响大大增强，而且赢得更广泛的社会支持。其二，长安自西周以来，即为中国政治中心、争夺中原的战略基地，关东无机可乘，则闭关息民，讲武强兵；一旦有衅可寻，则可进兵俯瞰中原。洛阳在当时是天下财富之区，亦为关东的战略要地，就其周围的山川形势而论，可称冲要之地。因此两京的夺占使刘秀处于对中原地位有形制之胜的有利地位。其三，两京三辅地区的夺占，使刘秀占有全国三分之一的地区，且连成一片，其人力、物力、财力的充足使任何一个割据势力再也不能和他分庭抗礼了。然而关洛地区的夺取，亦使刘秀集团更直接处于同其他割据势力对峙和东西两面临敌作战的境地。这些情况是刘秀决策下一阶段战略的出发点。