水土保持生态功能补偿是一个新的课题，相关补偿机制的建立是一项复杂而长期的系统工程，涉及与水土流失相关的生态、经济、社会等多个方面。20世纪90年代中后期，中国才开始展开生态补偿研究，进入21世纪以来，相关研究逐渐增加。关于水土保持生态功能补偿研究也才是在近一两年才开始。由于学科体系划分和实际国情的差别，国外相关的专门研究也较少，可以借鉴的成果十分有限。因此，应加大这方面研究的力度。

水土保持补偿机制的运行涉及不同利益主体之间利益，所以在实际推行时一定要审慎。生态补偿机制本质上是一种利益协调机制和矛盾协调机制，通过对利益和矛盾的协调来引导相关行为按照有利于经济、社会、生态环境协调、可持续发展的方向、意愿演化、实施的机制。法律的刚性规定需要一些因地制宜的柔性政策进行补充。

在水土保持生态功能补偿相关政策制定过程中要注意坚持因地制宜、分类指导原则。这是因为中国幅员辽阔，东、中、西部自然条件和社会发展阶段差异巨大，在水土保持生态功能补偿方面需要制定因地制宜的梯度政策；不同地区自然条件和社会发展阶段的巨大差异，也使得生态补偿的标准、途径、资金来源和补偿手段等技术环节存在着巨大的差异，难以统一和规范。因此，需要本着因地制宜的原则，通过制定不同地区的生态功能补偿政策来实施。

完善财政转移支付政策：财政转移支付将是水土保持生态功能补偿一个重要部分。目前，中国财政转移支付由中央到地方的纵向转移机制较为健全，相应的政策也较为完善，而不同区域之间的横向转移机制较为落后，配套政策较不完善。因此，加快横向转移支付机制的配套政策是健全和完善水土保持补偿机制的一个重要内容。

制定相关税收调节政策：利用税收的调节机制，来实现水土保持生态功能补偿机制中各相关利益主体利益的重新调整，是完善水土保持生态功能补偿机制的重要内容。税收政策主要体现对水土保持生态环境建设行为的激励，和对引发水土流失、破坏生态环境行为的制约。因此，对水土保持生态环境建设行为给予税收优惠，而对造成严重水土流失的经济活动应苛以重税。(www.daowen.com)

制定相关产业指导政策：积极推动水土保持生态建设，改善生态环境也应在相关产业政策中有所体现。对于采用新技术、新方法而减少水土流失的生产建设活动应给予扶持和优惠，而对于技术方法陈旧、对生态环境破坏严重、造成水土流失程度较重的生产建设活动，则应给予限制。目前，由于与水土保持生态功能补偿相关的产业政策，无论在国家层面和省级层面都是空白的，因此，近期内应加快国家层面相关政策的出台，以便于地方决策部门参考。

除了以上提到的与水土保持补偿直接相关政策之外，还应包括与之间接相关的投入政策、扶贫政策等。对占有和利用资源的权利进行初始分配，从而确定谁应该负有补偿的责任，谁应该具有被补偿的权利。要进一步完善资源产权制度，建立以市场机制为主导的资源价格制度，构建科学合理的自然资源定价机制。

加大处罚力度，强化刑事责任。中国水土流失严重的问题始终得不到很好解决的一个关键就是处罚力度太轻，对于破坏行为形不成威慑力。因此要强化环境刑事责任，加大对生态环境违法犯罪的打击力度，扩大环境责任主体承担环境刑事责任的范围，把环境犯罪的客体由对人身和公私财产的重大损害扩大到对环境要素的生态价值破坏。完善《刑法》第六章第六节中有关破坏环境资源保护罪的规定。按水土保持生态功能补偿的要求，对《刑法》的立法完善，主要是完善其立法目的，要从保护生命、健康和财产安全转向包括生态系统的保护。新《刑法》虽然将环境犯罪独立出来进行规定，但生态保护的指导思想并没有贯彻始终，这明显体现在环境犯罪的构成要件上。有些罪名注重保护的是人身和财产，对生态利益的损失没有纳入考虑的范围。因此，应加紧这方面的工作。