本书除绪论外，其正文由4部分组成。

第一部分，水土保持生态补偿机制探索，主要分析、研究和梳理水土保持生态补偿的基本理论，首先力求从理论上阐述“为什么要补偿”的问题，以及水土保持生态补偿的概念、特征及分类，并从水土保持学、经济学、伦理学、系统论等角度论述水土保持生态补偿的必要性和合理性，提出水土保持生态补偿的一般准则；接着分析探讨了“谁补偿谁”以及“补偿多少”、如何测算的问题，从分析水土保持综合防治效益和水土流失造成损失的主要影响因素入手，结合已有生态补偿效益核算方法的研究成果，初步建立水土保持生态补偿指标体系，并粗略地提出相应补偿额度的估算方法；最后回顾了自中华人民共和国成立以来，我国有关水土保持生态补偿的法律和政策，分析了实践效果及存在问题，在对当前及未来形势分析的基础上，初步设计了一个水土保持生态补偿政策法律框架，提出了完善水土保持生态补偿制度的对策措施。

第二部分，黄土高原水土保持对水资源与水环境的影响。明确以黄土高原典型小流域（陕北绥德的韭园沟、甘肃庆阳的南小河沟、晋西北河曲的砖窑沟）为研究背景，主要围绕水体有多大比例的污染是非点源污染造成的、推选出最好的水土保持措施以及这些措施对宏观决策所起的作用等3个方面来进行。首先从理论和技术方法两个层面剖析国内外的相关研究进展，并指出存在问题及未来发展趋势；接着分析研究黄土高原典型小流域水土保持水资源与水环境效应的定性和定量评估的技术体系；模拟和计算水土保持的水资源效应和水环境效应，得出水土保持对水资源和水环境的定量分析结果；最后评价现有水土保持规划的合理性，提出黄土高原水土保持水资源、水环境效应的结论和与水土保持相关的政策建议。通过对韭园沟、南小河沟、砖窑沟3条典型小流域水土保持措施水资源、水环境效应的计算分析，得出了以下主要结论：①典型水土保持措施对径流、泥沙、全磷、全氮和有机物的拦截能力对比为：坝地＞梯田＞草地＞林地。②非点源是流域水环境的一大污染源或首要污染源，非点源污染所占的比例已超过点源污染。③水土保持措施对当地水资源产生了很大的影响，起到了明显的蓄水保土作用。④水土保持措施对当地水环境产生了深刻的影响，就地拦蓄了氮、磷、有机物等土壤有机物，提高了土壤肥力，减轻了流域下游的水质污染。⑤淤地坝对小流域水、沙和土壤营养物的拦截作用最为显著。

第三部分，中国水土保持与农村可持续发展研究。首先，通过对东北地区土地“浅层化”、西北地区土地“沟壑化”、西南地区土地“石漠化”等水土流失典型区域的实地调研，以相应重点工程地区的农户和政府主管部门为主要调研对象，了解和掌握他们对本区域内已实施的各种水土保持政策和措施的意见；其次，从我国水土保持工作现状着手，对水土保持政策及其效果进行回顾与评价；再次，对水土保持经济效益和综合效益进行评价，并结合各典型地区水土保持项目的实际情况，进行实例分析；最后，在前述调查研究的基础上，探讨水土保持措施与所实施地区农村可持续发展之间的互动关系，并提出推进水土保持工作与农村可持续发展两者共同发展的有效途径和具体措施。其中，政策评价以定性评价为主，主要评价宏观政策在微观层面上的实际实施效果；分析采用定量分析法、定性分析法和综合集成分析法（定量与定性相结合）进行，对水土保持的政策评价采用定性分析法，对水土保持措施的经济分析采用定量分析法，采用“常规国标法”对经济效益进行评价，对水土保持项目进行综合效益评价时，根据资料掌握程度，有针对性地选择具体指标，利用“层次分析法”确定所选各指标的权重，然后利用“多目标灰色关联投影法”对各地区水土保持项目的综合效益进行评价，并结合案例进行综合分析（综合集成分析法）；在水土保持与农村可持续发展相关关系的研究中，立足于国情和现状，将科学理论与实际紧密结合，并应用相关的水土保持学、生态学、农业经济学等理论知识加以研究，提出可行的对策建议。(www.daowen.com)

第四部分，黄土高原水土保持生态建设项目的运行管理机制。首先将黄土高原水土保持生态建设项目的运行管理机制界定为项目运行阶段的管理机制提炼与总结，在此基础上，依据管理机制的相关理论，将其投射到黄土高原水土保持生态建设项目管理的特定阶段——运行管理阶段，从而形成了以组织系统、管理流程与运行机制为基本内容的黄土高原水土保持生态建设项目的运行管理机制的框架及内容，在黄土高原水土保持生态建设项目运行管理机制的框架中，具体结构要素的相关诠释为：组织系统（运行管理机制必须有相应的组织化支撑，需要首先明确在运行阶段，黄土高原水土保持生态建设项目的运行管理主体是谁，以及相应的组织机构、岗位及其职能的设计，也就是要规定“谁，做什么”）、管理流程（强调的是管理主体的主要管理内容、管理目标、管理规范以及相应的决策路线）以及运行机制（强调的是为达到运行管理和项目目标的路径和方法的集合，是对机制体系中的不同子系统的运作约束、运作驱动及工作范围进行判断与规定）。通过对众多该类型项目性质以及黄土高原水土保持生态建设特征的分析，将黄土高原水土保持生态建设项目理解为：在特定条件下，为达到在一定时间内按照一定标准形成一定规模的流域治理和生态恢复系统，由国家通过水利部下达投资的，在黄土高原进行的以恢复流域生态环境功能、减缓流域生态环境退化、防治水土流失、提高土地利用率、帮助农民改善生产生活条件为特定目标的活动。针对项目运行管理机制自身运行的保障，主要从政策层面、观念与意识层面、能力层面提出了具体建议。

本书主要采用以下几种研究方法：一是比较分析法。同世界发达国家相比，我国水土保持生态补偿还有许多需要学习和改进的地方。对照一些发达国家已经取得的成功经验，分析我国现有水土保持生态补偿存在的问题以及应改进的方面，提出相应的对策是本书一个重要研究方法。二是案例分析法。目前，全国对于水土保持小流域治理的实践探索较多，已经取得很多成功的经验，也还有一些尚处于探索阶段，限于时间与经费，本书从众多的案例中，筛选出几个具有代表性的典型案例，进行分析与论证，以期为健全和完善我国水土保持小流域治理的管理制度提供经验和借鉴。三是综合分析法。定性分析与定量分析结合，以及定性分析与案例分析结合的综合集成分析方法在本书中应用较多。水土流失对生态系统的危害就是通过对水土流失危害机理作定性判断，并列举相关数据做定量分析，最后得出有关结论。

我国小流域治理管理的理论研究，同样是在分析水土保持与小流域治理管理的概念、特征的基础上，从水土保持的生态功能、经济学的外部性等角度分析小流域管理的合理性，并通过分析实践中相关案例加以佐证。