1991年，随着改革开放的不断深入，一些个体户购买汽车投入运输行业，冲击国有和集体汽车运输企业。为此，汽车运输市场发生变化，广西供销合作社系统汽车运输公司所占市场份额减少，原有运输车辆实行承包经营，国有集体运输业务逐渐萎缩。是年，广西供销合作社系统有货运汽车300多辆，全年运输量200多万吨。

1992年后，运输市场放开，国有集体企业和个体户一齐上，运输市场活跃，竞争激烈。由于供销合作社系统汽车队起步早，车辆残旧没及时更新，加上管理不善，经营缺乏灵活性，企业生存难以为继。自治区和一些地（市）、县（市、区）供销合作社车队将车辆拍卖、转让、承包给私人。

1993年，自治区供销合作社直属供销储运公司尝试转换经营方式，先后成立钛微肥经销部、新星节能灯具厂、三塘加油站，寻求新的收入渠道，后因产品技术含量低、经营管理不善等原因，发生严重亏损而相继撤销。

1996年，自治区供销储运公司转换经营机制，以场地租赁合作的方式兴办物资机电市场。该机电市场占地面积4万平方米，有商铺500间、仓库3100平方米。经营品种有机械设备、电线电缆、机电产品、五金交电等。(www.daowen.com)

1998年，广西供销合作社系统有储运企业24个，其中运输企业6个，共有职工3604人，有货场23.41平方米、仓库面积193.86平方米，有货运汽车363辆、铁路专用线9条、龙门吊车2台，汽车吊车6台、铲车4台、升降机31台，年商品运输量190.41万吨，年平均商品储存量1686.05万吨，年创利税767.92万元，其中利润178.07万元。

2001年后，广西供销合作社系统的自治区和一些地（市）、县（市）供销运输车队进行改制，取消运输业务。