1993年，国务院发文指出：“继续深化供销合作社改革，按照把供销合作社办成农民自己的合作商业组织的方向，进一步理顺供销合作社的组织体制和民办机制。”这是供销合作社深化改革的方向。

1994年，自治区供销合作社认真抓好供销合作社创新民办机制建设，以发展和扩大社员股金为突破口，把供销合作社体制改革落到实处。一是发展和扩大社员股金，增加民办成分。各级供销合作社通过宣传发动，成立服务和办事机构，清理、兑现旧股红息，扩股工作进展顺利。至年底，全自治区有225万户农户入股或扩股，新投入股金2.23亿元；累计社员股金扩大到5.2亿元，比上年末增长1倍多，其中玉林地区供销合作社系统社员股金发展到3.01亿元，比上年末增加2.16亿元，增长1.54倍。二是落实民主管理。真正体现民办性质。通过召开社员代表大会，修改社章，民主选举产生新的领导机构，吸收农民代表进领导班子，各级供销合作社的民主管理得到加强。玉林市24个基层供销合作社在10月底以前全部召开了社员代表大会，农民代表占60%，换届选举产生的领导班子成员中农民代表占30%；每个基层供销合作社都有1名农民副主任和2名农民监事。平南县丹竹供销合作社在8月底召开有800多名社员代表（其中农民代表600人）参加的社员代表大会，民主选举产生新一届管理委员会。在33名管委会成员中，农民代表有19人；在5名正、副主任中，农民代表有3人，充分体现了供销合作社的民办性。(www.daowen.com)

1995年，自治区供销合作社以基层供销合作社为重点扩大社员股金，推进创新民办机制改革，社员股金发展迅速。全年全系统吸收社员股金7.14亿元，比上年增长1.6倍，总额增至12亿元，占供销合作社自有资金的32.4%。供销合作社的民有成分增加，集体所有制性质进一步体现，同时也缓解了供销合作社经营的资金困难。民主管理得到加强。有215个试点单位召开社员代表大会，按照合作制的原则，修改社章，民主选举产生新的领导机构，1200多名农民社员代表进入供销合作社理事会、监事会班子，其中300多人担任领导职务，为推进“还社于民，还权于社”积累了经验。经济实力增强。各级社和企业增加投入，兴办加工项目，改善营业设施，发展种养实业，整体经济实力和企业发展后劲增强。