1993年，随着社会主义市场经济体制的逐步建立，市场主体日趋多元化，供销合作社传统的经营优势受到冲击，企业经济负担日益加重。面对严峻的挑战和困难，广西供销合作社从劳动、人事、分配“三项制度”等方面进行探索性改革。按照社会主义市场经济规律的要求，调整经营策略，在努力抓好传统商品购销业务的同时，兴办实业，全方位拓展业务，企业建立面向市场、走向市场、促进发展、挖潜增效的经营机制，最大限度地调动和发挥干部、职工的聪明才智和积极性，促进企业向前发展，提高经济效益，使企业保持旺盛的生命力。河池地区各级供销合作社通过“三项制度”改革，新建加油站14个，饭店、酒楼18个，音像、歌厅、桌球等文化娱乐网点10个，联营开矿，办选矿厂、冶炼厂15个。全州县供销社筹资1004万元，建成1000吨的恒温库，500吨的低温库，日产24吨的蔬菜速冻、300吨果脯腌制和日产10吨肉食分割3条生产线，第四季度陆续投产，经济效益全面提升。玉林市供销合作联社投入资金1260万元，兴办红砖厂、食品厂、瓶盖厂、精制茶厂等20个企业项目，商办工业年产值6988万元，比上年增长66.9%，创税利340万元。贵港市桥圩供销合作社投资212万元，兴办针织制品厂、酒厂、家具厂、农场和47公顷的林果场等，为农民务工就业和提高收入创造了较好的条件。1994年，自治区供销合作社落实“三项制度”改革，在劳动用工上打破干部、工人身份的界限，将岗位标准向全体职工公布，实行劳动岗位优化组合；对长期微利和亏损的供销合作社门店实行“抽回资金、自由组合、自筹资金、自主经营、照章纳税、自负盈亏、包干上缴”的租赁承包制；在转换经营机制的同时，全面调整经营结构，按照市场需求，努力扩大经营，优化企业内部生产要素组合。当年，全自治区88个县（市、区）供销合作社均设有3～7个专业公司，若干个厂（场）和交易中心。

1997年，自治区供销合作联社坚持供销合作社性质，把握改革方向，明确全自治区供销合作社集体财产不能量化到人，不能分掉，任何单位和个人不得随意改变供销合作社所属企业的隶属关系，不得将基层社下放给乡（镇）政府，不能笼统地提“放小”，不得改变供销合作社集体所有制性质，必须确保资产的保值增值，确保社员的经济权益；供销合作社为农民的合作经济组织，产权关系属社员共同所有，不能量化到职工。

1998年11月，自治区供销合作联社印发《关于抓好供销社直属企业“三项制度”改革的意见》，再次明确县以上供销合作社社有企业“三项制度”改革内容：一是人事制度改革。企业内部一律实行员工制，取消干部称谓，打破干部、工人身份；企业经理采取民主选举制；企业中层管理人员全部实行聘任制；精简企业行政管理机构，压缩行政管理人员。二是劳动制度改革。企业员工全面实行劳动合同制，企业实行定岗、定员、定编制度，多渠道分流富余人员，规定非员工本人愿意不能安排下岗的人员。三是分配制度改革。建立企业工资总额与企业经济效益挂钩，企业取消按工龄、职级套改的级别工资，原职工工资标准只作为档案工资存档。盈利企业可按核定工资总额发放全额工资，亏损企业工资总额与减亏目标挂钩。对超额完成盈利指标和扭亏为盈指标的，经本级供销合作社批准，可以提取一定比例的奖金。至年底，全系统县以上社有企业有222家实行“三项制度”改革，占总数的55%。(www.daowen.com)

1999年，自治区供销合作联社成立企业改制领导小组，组成直属企业改制办公室，对直属企业实行“三项制度”改革。当年，全自治区供销合作社系统实行抽本经营的门店（柜组）1.64万个，占总数的74.3%；实行租赁经营的门店（柜组）2179个，占总数的9.8%；实行其他各种形式承包责任制的门店（柜组）3510个，占总数的15.9%。通过改革，全自治区供销合作社系统年完成商品购进总额101亿元，亏损比上年下降13.8%。其中农副产品收购8.31亿元，亏损下降5.4%；废旧物资购进9312万元，增长33.7%。商品销售总额114.43亿元，亏损下降13.7%。其中生活资料零售额26.89亿元，亏损下降0.7%；农业生产资料零售额26.6亿元，亏损下降19%。全系统盈亏相抵净亏损3.67亿元，比上年减亏1.7%，企业效益有望走出困境。