1990年，广西供销合作社企业推行劳动、人事、分配“三项制度”改革。各级供销合作社企业管理人员实行竞争选聘，打破干部制度的“铁交椅”和用工制度的“铁饭碗”，重用有才干的人才；推行新的劳动组合，实行条件公开、机会均等、平等竞争、择优聘用，制定好“三定”方案；贯彻“治懒不治老”的原则，工作上适当照顾和安排年老体弱的职工；实行“动态组合”，不搞一次组合定终身，已组合上岗的职工可随时下岗，组合下岗的职工表现好了可随时上岗，有利于调动职工的工作积极性。推行供销合作社企业领导任期目标责任制改革，先后制定的目标责任管理制度有：企业领导管理目标责任制；定额管理、基数承包、工资与奖金双浮动的责任制；“定额、岗位、奖惩”三结合的责任制；按购销额100元，工资含量计酬的责任制；利润包干上缴，超额归己或按比例分成的责任制；定额管理；多元化联合体的互保连环责任制；计件报酬责任制；“五定一奖”责任制；“边、小、微、亏”专营生活资料、饮食业的门店（柜组）采取“社有民营”“社有自营”责任制；租赁责任制。全自治区供销合作社系统开始推行供销合作社企业领导任期目标责任制改革，制定目标责任管理制度。同时，从自治区到地（市）、县（市、区）各级供销合作社社有企业，每个季度（有的是按月）都进行检查，并对领导能力弱和问题较多的单位领导班子进行调整充实。玉林地区全系统共对30多个企业的领导班子成员调整充实近60人，把有改革开拓精神、有经济头脑、有事业心的人员选拔充实到领导班子中来。一些地（市）供销合作社由于自身体制、机制和职工观念及其他因素，以及市场的进一步放开，供销合作社系统在经营上受到了很大冲击，原有的经营领域逐步被蚕食，经营优势逐步丧失，经济出现亏损。

1991年，为扶持供销合作社搞活农村商品流通，促进农村经济发展，国家税务部门从1月起，对供销合作社系统经营农副产品，按规定纳税有困难的，可按税收管理体制的规定，由企业向税务部门申请，给予减免营业税照顾，供销合作社在自己商店门口摆大摊不收市场管理费和摊位费，在其他方面也给予供销合作社一系列的优惠政策。

1993年，县（市、区）供销合作社在继续搞好“四放开”改革的同时，着重抓转换企业经营机制和县供销合作社自身的改革，放开经营。基层供销合作社主要实行和完善多种形式的经营责任制，向经济实体型和服务型转变。梧州地区128个企业中的2365个门店（柜组）实行6种责任制：一是目标经营责任制，超利分成的占比20.7%；二是定额管理经营责任制，百分计奖的占比27.8%；三是风险抵押经营责任制，利润大包干的占比32.4%；四是百元含量计酬经营责任制占比10%；五是租赁、社有民营经营责任制，占比7.8%；六是其他责任制（上缴管理费的），占比1.3%。这个地区供销合作社系统对农副产品收购和农业生产资料经营两大类的企业门店，除少数基层社试行包干责任制外，全部实行“定额管理，百分计奖”或百元工资含量计酬经营责任制。桂林地区162个企业中的3283个门店（柜组），实行“社有自营”的占比49%。年底，广西供销合作社企业全部完成“四放开”改革。玉林、桂平两市供销合作社被国内贸易部评为全国百强县（市）供销合作社。玉林市供销合作联社全年农资、农副产品等各项销售收入4.25亿元，利润111万元，列全国百强县（市）供销合作社第82位。桂平市供销合作社联合社年销售收入3.02亿元，利润39万元，列全国百强县（市）供销合作社第86位。

1994年，全自治区各级供销合作社按照“政企分开，产权明晰，责权明确，管理科学”的要求，推进企业经营机制的改革。在县以上公司，以专业公司和新开拓项目为龙头，组建企业集团和股份制或股份合作制企业。当年，全系统组建企业集团18个、股份制和股份合作制企业11家。这些企业以新的机制运作，初步显示出规模经营和联合发展的优势。在基层供销合作社，普遍推行多种形式的经营承包责任制。据统计，全系统有9428个门店（柜组）推行“抽本承包”经营，占全部生活资料门店（柜组）的51%。通过推行这种责任制，真正把职工推向市场，调动积极性，许多单位不仅扩大业务，有效地遏制亏损，而且逐步抽回商品资金，使企业得以新的开拓与发展。陆川县供销合作社系统有423个生活资料门店（柜组）实行抽本承包经营，收回资金600多万元，职工投入1000多万元用于扩大经营，收上的承包金比上年增加109万元，扭转了亏损。

1995年后，全自治区供销合作社通过理顺组织体制、强化服务功能、完善经营机制、加强监督管理和给予保护扶持5个环节，推进各地（市）和县（市、区）供销合作社社有企业经营机制改革，强化上级社对下级社的服务、协调、监督、指导，抓扩股、抓“老三块”和“新三块”发展，强化为农业服务功能，真正办成经济实体，实行“产供销一条龙”服务，建立“贸工一体化”发展格局；扩大产权制度改革，转换经营机制，理顺产权关系，把劳动合作与资本合作结合起来，推行股份合作制，建立现代企业制度。当年，自治区供销合作社选择北流市供销合作联社和宾阳县供销合作联社作为股份合作制改革试点，广泛推行招标承包、大包干和租赁等各种形式的承包经营责任制，完善社有企业和基层供销合作社经营机制。

1998年4月，全自治区供销合作社设立直属企业改革办公室，对直属企业进行改革。自治区供销合作联社印发《关于区联社直属企业进行股份合作制改造的意见》，全面部署自治区供销合作社直属企业进行股份合作制改造。全系统直属企业按照部署，积极推行以分配制度改革为核心的企业内部“三项制度”改革和以建立现代企业制度为目标的企业产权制度改革，对企业进行股份合作制改造。经过充分的论证和试点，提出改制的几个具体政策问题：一是关于改制企业的资产评估政策；二是关于改制企业的债务处置政策；三是关于改制企业职工的安置及社会保障政策；四是关于改制企业离退休人员的生活问题。8月，自治区供销合作联社转发《关于纠正当前供销合作社社有企业改制中错误做法的通知》，指出供销合作社社有企业改制要坚持从实际出发，因地制宜、因企制宜，切忌“一刀切”，刹住“卖风”和“股风”，确保供销合作社改革健康有序发展。经过近一年的努力，全系统405家社有企业中有220多家进行“三项制度”改革与整顿。在搞好企业内部改革整顿的基础上，按照“三个有利于”和“产权明晰、权责明确、政企分开、管理科学”的要求，努力使企业成为适应市场需要的自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的法人经济实体和市场竞争主体，全自治区县以上供销合作社直属企业打破企业的“铁交椅”“铁饭碗”“大锅饭”，调动员工的积极性，通过职工代表大会民主选举产生经理和法人代表，所属企业进行“三项制度”改革。全自治区504家县以上直属企业有319家进行不同形式的改革和改制，其中建立股份制公司14家、股份合作制公司9家，组建企业集团5家，兼并、合并15家，分立重组32家，产权出售、转让、拍卖26家，租赁、承包87家，进行其他形式改革的120多家。

1999年，广西供销合作社社有企业倒闭、亏损数量不断增多，其中倒闭或停产的企业数量达200余家，亏损105家，企业总数从1998年的374家降到95家，亏损企业占企业总数的28%，亏损企业亏损额2000万元。自治区供销合作联社贯彻自治区政府关于《企业改革整顿的总体方案》《关于解决当前我区供销合作社几个突出问题的通知》以及12个配套文件，成立供销合作社企业改制领导小组，下设直属企业改制办公室，从机关各处室抽调9名同志负责改革改制工作，明确并制定、下发《关于抓好直属企业“三项制度”改革的意见》和实施“抓大放小”等企业改革措施，召开全自治区供销合作社“三项制度”改革动员大会，切实抓好直属企业改革，对基础好、有发展前途、有一定实力的大中型企业，采取改组、兼并、联合等形式，实行强强联合。年末，经过改革，南宁市、河池地区、贵港市供销合作社联合社有企业利税总额分别增长16%、15%、14%，而其他地市利税总额则出现下降，其中梧州市供销合作社联合社、自治区农资总公司复合肥厂利税总额与上年相比分别下降76%、74%。

2000年，全自治区供销合作社转变各级供销合作社职能、社有企业机制，推行企业股份制改造，推行企业职工劳动合同制，管理人员聘任制，岗位工资制，员工能进能出、管理者能上能下、收入能升能降的管理经营机制，进一步完善基层供销合作社“抽本承包”经营责任制，推进农业生产资料流通体制改革，发挥农村商品流通的主渠道和推动农业产业化经营的主导作用，取得成效。购销下降、亏损增加的局面得到初步遏制，经营情况好转。

2001年，根据自治区政府《关于同意自治区供销合作社直属企业产权制度改革有关优惠政策的批复》，自治区供销合作联社对社有企业产权制度进行改革，继续推行社有企业股份制改造，制定《自治区供销合作联社直属企业产权制度改革实施方案》，全自治区各地（市）、县（市、区）供销合作社和直属社有企业全面实施。玉林市供销合作联社在收购兼并和清理企业债权债务方面进行大胆探索，玉林市第一农资公司通过银行贷款，收购股份合作制企业金城商厦中桂林百货大楼股份有限公司方的股份，并收购金城商厦中玉林市土产公司的股权，对债权债务进行重组，促进企业的发展。年末，全系统县以上专业公司1563家、工业企业40家，实行股份制改革的企业有39家，建立有限责任公司41家，解除劳动关系自谋职业职工7618人，退职离岗1.99万人，实行内部退养的5410人，通过其他形式安置1293人，完成身份置换的职工1091人。全年商品销售总额108亿元，增长2.7%。其中，生活资料零售28.2亿元，增长6.3%；农业生产资料零售28.1亿元，增长8.2%。全系统盈利283万元，扭转自1992年以来连续9年亏损的局面。(www.daowen.com)

2002年，全自治区供销合作社大力推进体制创新，建立现代企业制度，自负盈亏，并引入社会资本，全面组织实施“四项改造”，积极参与农业产业化经营，实行企业股份制改革，企业经营责任目标管理，明确责任人的责权利，建立健全激励和约束机制。当年，广西供销合作社系统实行股份制企业67家，建立有限责任公司41家，与企业解除劳动关系自谋职业的供销合作社职工4608人，挂职离岗3.52万人，内部退养2165人；采取多种形式、多种途径，因地制宜直接参与当地农业产业化经营的基层供销合作社达691个，占全自治区基层供销合作社总数1046个的66.1%。灵山县供销合作社联社利用现有的经营门店、专业合作社、村级综合服务站、“庄稼医院”、配肥站等，通过设施改造、网络重组、人员培训，实现现代流通方式的改造，全县发展村级综合服务部231个，组建配送中心4个，创办种养基地16个，成为现代流通方式向村、镇延伸的改革典型。武鸣县供销合作联社把发展现代流通方式与推动农业产业化经营结合起来，充分发挥城乡经济交流、连接千家万户农民与千家万户城镇居民的纽带作用，形成工业消费品、农业生产资料、农副产品流通的循环圈，实现助农增收。全县供销合作社通过改革改造，组建工业品连锁超市3个、农资连锁经营门店7个、农资商品配送中心1个，工业品连锁超市实现年商品销售总额850万元，7家农资连锁店实现年商品销售总额960万元，分别比上年增长18.1%和118.6%。

2003年，全自治区供销合作社社有企业以资抵债、协商回购债权、资产重组、理顺产权关系，逐步完善法人治理结构，社有企业进行股份制改造，从原来的社有独资企业逐步发展到社有控股、社有参股等多元结构的企业组织形态。自治区供销合作联社社有企业自治区农资总公司改制后为广西富满地农资集团股份有限公司，原公司不复存在。自治区土产公司对全州仓库进行改制，与全州仓库的全体职工解除劳动合同关系，并给予一次性经济补偿。同时，依法对桂林茶厂的债权债务进行重组，对产权进行转让，随后申请注销桂林茶厂。

2005年，贯彻自治区政府《关于加快推进供销合作社改革与发展的意见》，全自治区供销合作社加快推进社办企业改革改制，推进建立现代企业制度，促进社有资产的合理流转、保值增值、结构调整和优化配置；坚持社企分开，按照所有权和经营权分离的原则，自治区、市、县供销合作社对社有企业依法履行出资人代表的职责，不干预企业的经营活动；加强社有资产的管理，确保社有资产的保值增值，资产收益主要用于供销合作事业发展；对经营服务网络进行重组与整合。改革的主要措施是实施“五大战略转变”：实现由传统商业向现代商业转变，实现由单一投资主体向产权多元化转变，实现由传统的“一购一销”业务向产供销一体化经营转变，实现由行政区划建制向经济区域布局转变，实现由自主发展向对外开放转变。当年，经改革改制，自治区废旧物资回收利用公司、工业品公司与全体职工解除劳动关系，并对被解除劳动关系的职工按规定给予一次性经济补偿。其中废旧物资回收利用公司有39名职工领取一次性经济补偿金。经济补偿金按公司人均不超过南宁市企业职工上年度平均工资收入的3倍计算。

2006年，全自治区供销合作社社有企业依据中央及自治区的相关优惠政策，开展减员、减债、减负。供销合作社土地出让金返还政策得到落实，有45%的市、县（区）供销合作社已落实返还或正办理返还手续。

2008年，自治区政府明确供销合作社直属企业改革享受国有企业改革同等的优惠政策，并从公房出售款返还、土地出让金返还、职工社保、医保等方面给予实质性的支持；给予供销合作社自治区级龙头企业专项资金扶持，委托供销合作社农资企业承担政府化肥淡季储备任务，给予供销合作社“新网工程”项目建设专项资金支持。

2009年，自治区供销合作联社贯彻国务院《关于加快供销合作社改革发展的若干意见》，提出改革意见和措施：推进经营创新、组织创新、服务创新，构建运转高效、功能完备、城乡并举、工贸并重的农村现代经营服务新体系。至年末，全自治区供销合作社系统开展农业生产资料连锁经营和配送业务的企业23家，连锁、配送网点4850个，农资连锁销售总额13亿元，废旧物资购进7.31亿元，销售额7.52亿元。

2010年，自治区供销合作社系统按照现代企业制度的要求，实施社有企业和农资、农产品、日用消费品、再生资源回收利用、烟花爆竹五大经营服务网络建设改革，加快构建连接城乡、双向流通的现代农村流通服务体系。以“新网工程”建设为载体，盘活土地资产、加快项目开发，通过招商引资、职工入股、系统联合等方式，组建龙头销售企业的大连锁经营和配送业务，迅速壮大企业资产。年末，全自治区供销合作社系统争取到政府安排新的土地面积达400多公顷，完工项目100多个，完成投资额5亿多元。争取到中央、自治区财政安排“新网工程”扶持资金以及各部门项目扶持资金共计2.82亿元，改建和新建农家店、综合超市等1.2万多家；改建新建各类专业市场、配送中心207家；开展农业生产资料连锁经营和配送年业务的企业有25家；连锁、配送网点4097个，比上年底增长15%；开展日用消费品连锁经营和配送业务的企业有14家，连锁、配送网点2439个，比上年底增长17%。基本形成以优势企业和配送中心为龙头，乡镇超市为骨架，村农家店、便民店为终端，覆盖县、乡、村三级的经营服务网络。全自治区供销合作社社有企业改革完成改制的企业380个，完成率71.7%；自治区供销合作联社直属企业先后歇业的有自治区果品食杂公司、日用杂品公司、工业品公司、废旧物资回收利用公司、桂兴边贸总公司、供销贸易公司和土产公司，由自治区供销合作联社成立的困难安置相关人员企业托管中心托管，保留原公司牌子，安置人员；理顺广西梧州茶厂行政管理关系；聘请中介机构对广西富满地农资股份有限公司进行资产评估。按照自愿、互利、民主、平等的原则，调整基层供销合作社组织建制，清理产权债权，优化运行机制，整合经营业务。

2011年，全自治区供销合作社根据广西农业生产的特点，通过做大做强龙头企业、依托农民专业合作社和兴建特色农产品基地3项措施，有计划地引导农民进行产业化经营，逐渐形成“一村一品，多向发展”的产业化经营格局，助农增收。有条件的社有企业利用资本市场融资发展，利用现代信息技术管理社有企业，真正形成城乡并举、工贸并重的现代经营服务新体系。玉林市兴业县供销合作联社通过内部改革、体制创新、招商引资等方式做大做强龙头企业，增强其辐射带动能力，以优势农业产业项目带动农民增收。兴业县青山茶叶种植专业合作社以山心供销合作社茶厂为依托，以“龙头企业+专业合作社+农户”的发展模式，树品牌，谋发展，年带动农户2080户，带动发展壮大全县茶叶生产基地约872公顷，帮助农民实现年增收200多万元，供销合作社取得了较好的社会效益和经济效益，实现双赢。全县供销合作社组织农民兴办的专业合作社16个、行业协会1个，入社（入会）农户5166户。涉及茶叶、果蔗、剑麻、柑橘、淮山、桉树种植等10多个种类。这些合作社（协会）发挥自身的引导、组织、协调作用，有效地联结千家万户农户进入千变万化的市场。蒲塘供销合作社甘蔗专业合作社带动该镇及周边乡镇群众种植黑皮果蔗469公顷，并根据果蔗生长的不同季节，派出技术人员对种植户进行种植、田间管理、施肥用药及灌溉方面的指导，并在收获前安排业务人员外出寻找果蔗销路，有效地解决生产发展后产品的销售问题。此外，兴业县供销合作联社还通过自办、联办、扶持农民办等形式，兴建特色农产品基地10多个，面积436公顷，促进农产品商品化。