1990年，自治区供销合作社经营责任制改革全面展开。按照“完善、配套、深化、发展”的要求，自治区供销合作社结合供销合作社行业多、工种复杂、各地条件不同等实际，实行各种不同形式的经营责任制。全自治区供销合作社1585个核算企业，有1484个实行各种不同形式的责任制，其中，实行税务目标责任制的有62个（其中基层供销合作社32个），占比4.2%；实行抵押承包的329个（其中基层供销合作社311个），占22.2%；实行招标承包的82个（其中基层供销合作社62个），占比5.5%；实行工效挂钩的964个（其中基层供销合作社653个），占比65%；实行优化劳动组合的47个（其中基层供销合作社40个），占比3.2%。从门店（柜组）来看，全自治区19544个自然门店（柜组），有18567个实行经营责任制，占比95%。其中实行定额管理、联销计酬的10034个，占比54%；定利润基数、超利税后分成的2021个，占比11%；定额管理、工资浮动、见利税后分成的2258个，占比12.2%；“定额、岗位、奖惩”三结合、百分计奖的2023个，占比11%；利润大包干的1020个，占5.5%；实行租赁制的554个，占比3%；计件工资的82个，占比0.4%；实行其他的575个，占比3.1%。

1991年，自治区政府作出《关于扶持供销社搞活农村商品流通合作促进农村经济发展的通知》，制定具体政策，如确定“谁扶持、谁经营，谁得益”的原则，调动供销合作社扶持农村商品生产的积极性，并从经营范围、税收及资金照顾等方面支持供销合作社搞好农副产品和农业生产资料的经营。同时，自治区供销合作社坚持一业为主，多种经营的方针，开拓经营服务领域，扩大代购代销店的经营范围。全自治区农村“双代”店已恢复到2700多个，其中有518个正在升格为村级综合服务站。容县松山供销合作社通过10多个“双代”店经营饲料，销售额达100万元，获毛利6.5万元，并促进农村养殖业发展；建立果品企业集团公司，集生产、流通、服务于一体，进一步搞活流通。桂林地、市果品公司，临桂县经济开发公司等7个单位联合组成果品企业集团公司，经营干鲜水果、农副土特产品、豆类、干菜等多种业务；开办典当寄售业务。梧州市供销合作社联合社物资回收公司开设德城典押寄售服务行，办理个人珠宝玉器、金银首饰、家用电器等贵重物品的短期抵押，办理企事业单位、个体户、城乡居民的闲置设备、积压产品、剩余原材料及其他物品的抵押和寄售，还接受企业之间经有关部门裁定的抵押物资的拍卖等业务；开办廉价商品交易场。南宁市供销合作联社创办的南宁市廉价商场为工商企业处理积压、更新换代等产品提供服务；根据自治区政府1991年3月2日《关于扶持供销合作社搞活农村商品流通促进农村经济发展的通知》，从1991年1月起，自治区供销合作社对全系统经营农副产品，按规定纳税有困难的，可按税收管理体制的规定，由企业向税务部门申请，给予减免营业税照顾。供销合作社在自己商店门口摆大摊，不收市场管理费和摊位费，在其他方面也给予供销合作社一系列的优惠政策；扩大基层供销合作社经营范围。基层供销合作社普遍加强图书发行工作。有的社还兴办石油加油站、碾米厂以及自来水厂等。开拓边境贸易，当年，全自治区供销合作社系统边境贸易总额共1.68亿元。其中防城各族自治县供销合作社边贸总额达5540万元，缴纳各种税费373.7万元，创利润140多万元。

1992年，自治区供销合作社贯彻中共十四大精神，按照社会主义市场经济的规律和要求，广泛推行招标承包、风险抵押、大包干和租赁等各种形式的承包经营责任制，完善企业经营机制，调整、精简行政管理机构和人员，充实经营业务部门，县（市）以上供销合作社由行政管理型向经营服务型转变，逐步办成经济实体。结合实际情况，对小型供销企业采取宜租则租、宜包则包等多种灵活的改革方式；对一些核算单位过小，经营困难，缺乏竞争力的企业，可以实行统筹规划，适当突破原有行业结构，实行群体租赁、以大带小、连锁店、批零结合、企业兼并等办法进行改革。同年，自治区供销合作社饮食服务企业开始推行国有民营经营机制改革。同年，国家对农业生产资料经营实行“一主两辅”政策（供销合作社农资部门为主渠道，同时允许农业“三站”实行技物结合经营，允许生产企业自产自销），自治区农资公司和各地、市、县供销合作社农资部门在化肥、农药、农膜等主要农业生产资料经营中发挥流通主渠道作用。

1993年，自治区政府明确取消对流通企业经营分工限制，除国家明令规定不允许经营的商品外，其他商品均可自主选择经营。鼓励农民进入流通领域。打破城乡界限、地区封锁、部门分割和行业垄断。取消各种限运关卡，实现货畅其流。自治区供销合作社推进深层次改革，以市场为导向，建立适应市场经济的经营机制，以提高经济效益为中心，开拓经营领域。一是把经营重点转移到以购定销；二是采取多种促销方式，搞好农资化肥下乡、工业品下乡、日用生活用品下乡，开拓农村市场；三是发挥供销合作社人、财、物、经营网络、经营信息等优势，把经营向各个领域延伸。全自治区各级供销合作社商业企业普遍实行承包经营责任制，各地、市、县和基层供销合作社门店实行国有民营承包制。同时，随着社会主义市场经济体制的确立，农副产品购销渠道全方位放开，供销合作社以服务三农为宗旨，拓宽经营服务领域，从过去对农副产品单纯的“一购一销”，到逐步建立起“贸工农一体化，产供销一条龙”的服务格局，对农民提供产前、产中的技术服务和产后的销路拓展。同年，继续推行国有民营经营机制改革。对国有小型工业、零售商业和饮食、服务企业进行改、租、卖，放开搞活小型门店。在小型饮食店、理发店、小旅店推行国有民营经营机制，比照个体户的政策放开搞活，按照“四自”（自有资金、自主经营、自我分配、自负盈亏）和“五不变”（企业性质不变、隶属关系不变、职工身份不变、连续计算工龄不变、退休待遇不变）的原则，大胆放给职工承包或对外招标承包经营。地处边远偏僻的小店采取拍卖的办法，出售给个人或集体经营。大中型饭店比照外商投资企业的政策转换经营机制。

1994年，自治区供销合作社贯彻执行《国务院关于改革化肥等农业生产资料流通体制的通知》精神，结束农业生产资料专营政策，农业生产资料经营逐步放开，各地、市、县和乡镇供销合作社为化肥经营的主渠道，农业“三站”和生产厂家为化肥流通的辅助渠道，允许农垦、林业、烟草、军队在其本系统内销售化肥，农业生产资料不再实行专营。

1996年，自治区各级供销合作社在搞好传统购销业务的同时，调整经营结构，开拓新的经营服务领域。

1997年，推行“五个统一”（统一领导、统一购销计划、统一组织货源、统一商品调拨、统一销售价格）的经营机制。

1998年，自治区各级供销合作社针对农资商品经营市场的激烈竞争和经营的不确定状况，协调、配合农业、工商行政管理等有关部门加强对当地农资市场的管理力度，增强规模经营、集团化管理、净化市场、规范秩序的意识，形成地、市、县、乡多层次配合管理农资市场的格局。当年，自治区各级供销合作社对农业生产资料和大宗农副产品实行集体承包经营，对边远、小型、亏损的经营网点实行抽本承包，以调动职工积极性；调整经营服务网点结构，布局趋向合理，网点总数由上年2.54万个降至2.44万个，初步形成以专业公司为龙头，以基层社为中心，以村级综合服务站为前沿阵地，遍布城乡的经营服务网络，网点建设向农村倾斜，跨省设点增加，逐步打破区域界限；大中型骨干服务网点有新发展，各地供销合作社参与市场建设，陆续建成一批大中型批发市场，其中工业品批发市场83个、农贸市场60个，一批综合性商场相继竣工投入营运。(www.daowen.com)

1999年，自治区供销合作社推进农业生产资料流通体制改革，发挥农村商品流通的主渠道作用和推动农业产业化经营的主导作用；推进农村社会化服务体系建设，建有各类经营服务网点2.44万个、各种专业服务部311个、技术咨询服务处860个、专业协会71个，初步形成以村级综合服务站为阵地、以基层社为中心、以县联社专业公司为依托的三级为农服务网络。

2000年，自治区供销合作社实施市场带动战略，走“市场牵龙头、龙头带基地、基地联农户”的路子，通过发展专业合作社，创办商品生产基地，培育龙头企业，兴办批发交易市场，发展农村市场体系等，主动参与和推进农业产业化经营。一些供销合作社还把发展龙头企业与兴办专业合作社结合起来，形成有特色的“龙头企业+专业合作社+农户”的产业化经营模式。

2001年，自治区供销合作社通过开办村级综合服务站、发展专业合作社、创办商品生产基地等，参与和推进农业产业化经营；继续开拓市场，组织农业生产资料供应，扩大生活消费品销售，购进农副产品，各项业务有较大增长。全年，全自治区供销合作社系统农业生产资料销售28.08亿元，比上年增长8.2%；生活消费品销售额28.19亿元，增长6.3%；专业合作社以市场为导向，以供销合作社为依托，以当地主导产业或拳头产品为龙头，把分散的农户组织联合起来，组成“贸工农一体化经营，产供销一条龙”服务的合作经济实体，组织农民生产，引导农民进入市场，为发展农业生产、搞活农村市场、增加农民收入发挥积极的作用。

2002年，一些地方供销合作社利用自身场地优势，建设农副产品批发市场，发挥市场辐射带动作用，搞活农产品流通；专业合作社以市场为导向，选准当地产品和主导产业，以项目为载体，辐射和带动农户开展经营活动；各地供销合作社以参与农业产业化经营和领办专业合作社为切入点，推进基层供销合作社战略性重组和结构性调整，促进经营机制转换。各地基层供销合作社普遍推行新一轮经营承包责任制，有795个基层供销合作社1.4万个门店（柜组）实行抽本承包经营，131个基层供销合作社5188个门店（柜组）实行租赁经营，98个基层供销合作社实行任期目标责任制，14个基层供销合作社2152个门店（柜组）实行其他形式的经营责任制；各级供销合作社发挥网点优势，组织农产品收购，扩大生产资料、生活消费品销售，全年通过市场交易、加工转化、外出推销等途径销售农产品45亿多元，销售化肥、农药、农用薄膜3027.7万吨。各地供销合作社还创新流通方式，改造传统经营网络，发展连锁超市。梧州、防城港、贺州、玉林四市供销合作社采取改造原有网点、联办等方式，完善和新建一批超市或连锁商场。

2003年，自治区供销合作社建立健全村级综合服务站，延伸经营服务触角，通过供销合作社的工业品配送中心，统一进货、统一配送，开架销售，受到群众欢迎；调整农资经营品种结构，创新农资经营服务方式，增设服务网点和扩大农资连锁经营；利用国家对再生资源回收利用、烟花爆竹经营权进行整合的有利时机，巩固和发展这两项传统经营业务；组织基层供销合作社组建连锁经营网络，经营业务得到拓展；继续开拓农村市场，组织农用物资和农民生活消费品供应，抓好烟花爆竹和再生资源经营，各项业务有较大增长；北海、百色、南宁等市供销合作社废旧物资、烟花爆竹等传统经营业务也得到较快发展。一些地方的供销合作社还发挥自身优势，开拓新业务。贵港市农资公司发展出口业务，参与国际市场竞争，全年出口创汇130万美元。

2005年后，加快传统经营服务网络改造，以发展现代经营方式改造经营网络，推进新农村现代流通网络工程和日用消费品以及药品经营配送网点建设，实施“万村千乡市场工程”建设，发展农村现代流通网络，逐步完善经营服务体系。2009年，贯彻国务院《关于加快供销合作社改革发展的若干意见》，大力推进经营创新、服务创新，构建运转高效和农村现代经营服务“五网”（销售网络、生产网络、服务网络、金融网络、信息网络）新体系建设。如天等县天农有限责任公司2009年12月整体改制为广西天农农业发展有限公司后，打造跨区域农资经营网络，借助“万村千乡市场工程”“新网工程”的平台，组建销售经营网点172个，初步形成“县有配送中心、乡有中心店、村有农家店”的现代流通服务网络体系，农资经营效益显著提高。年末，全系统创建农业生产资料连锁经营和配送业务的企业23家，连锁、配送网点4850个，农资连锁销售总额13亿元，废旧物资购进7.31亿元，销售额7.52亿元。

2010年后，自治区供销合作社以服务三农为宗旨，以加快发展为主题，以深化改革为手段，以“新网工程”“万村千乡市场工程”“五网”建设为载体，以龙头企业带动为支撑，按“六统一”（统一采购、统一价格、统一标识、统一配送、统一核算、统一管理）要求，运用现代流通方式改造、提升、整合、优化基层社经营网络资源和传统经营业务，完善连锁配送经营服务体系，做大做强供销合作经济发展。