1990年，自治区供销合作社回归供销合作社“三性”（组织上群众性、管理上民主性、经营上灵活性）和农民群众集体所有制的合作商业性质，发展合作社社员，推行主任（经理）任期目标责任制、公开招标承包制等多种形式经营责任制。同年，自治区供销合作社贯彻落实自治区政府关于加强乡镇基层政权建设的意见，在百色市（县级）、横县、荔浦县等县（市）进行改革试点，将基层供销合作社的人、财、物“三权”下放乡（镇）政府管理。

1991年，由于基层供销合作社的“三权”下放乡（镇）政府管理弊大于利，在实践中遇到和产生许多问题与矛盾，“三权”下放管理不适合供销合作社的发展。于是，自治区政府决定，取消广西基层供销合作社“三权”下放乡（镇）政府管理改革试点，全面恢复建立社员代表大会、理事会、监事会的“三会”制度。各级供销合作社领导干部实行选举制，由社员代表大会选举产生。不称职的，社员代表大会有权罢免。职工由统包分配制改为劳动合同制，试行集体所有制的用工方式，实行自主用工。基层合作社重新吸收农民入社入股，恢复民主管理制度。基层供销合作社和社有企业改变过去“大锅饭”的经营分配方式，普遍实行独立核算、自主经营、自负盈亏、照章纳税制度；推行招标承包、风险抵押、大包干和租赁等各种形式的承包经营责任制，提升基层供销合作社和社有企业的经营管理能力和水平，调动广大干部职工的积极性和主动性。

1992年，全自治区各级供销合作社调整、精简行政管理机构和人员，充实经营业务部门，县（市、区）以上供销合作社由行政管理型向经营服务型转变，管理体制改革从此进入深化阶段。

1993年，随着社会主义市场经济的建立，自治区和各地区（行署）、设区市供销合作社的职能开始发生转换，不再向下级供销合作社下达政策性经营任务和计划指标，主要职能调整为对下级供销合作社进行业务指导和协调，依法行使本级社有资产出资人代表职能，着重抓转换企业经营机制和县以上供销合作社自身的改革，基层供销合作社逐步完善多种形式的经营责任制。当年，地（市）供销合作社对农副产品收购和农业生产资料经营两大类的企业门店，除少数基层供销合作社试行包干责任制外，全部实行“定额管理，百分计奖”或百元工资含量计酬经营责任制。桂林地区在162个企业中的3283个门店柜组，实行“社有自营”的占49%。

1994年3月，全自治区供销合作社深化改革。自治区供销合作社选择宾阳县供销合作联社作为改革试点。改革以理顺民办组织体制为重点，由点到面展开。4月，经国内贸易部审批同意，玉林地区供销合作社被列为全国供销合作社体制改革试点单位，改革试验的主要内容为探索供销合作社民办股份合作制的路子，吸收和发展社员股金；强化服务体系，探索组建供销合作社集团经营路子；改革旧的流通体制，拓展经营服务领域，实行多种形式的农工商联营和横向联合。当年，县以上供销合作社企业亏损增加，除玉林地区供销合作社盈利139万元外，其他各地（市）供销合作社均出现亏损。各地（市）供销合作社系统边贸销售额下降，仅钦州市供销合作联社销售额就减少3亿多元。

1995年，全自治区供销合作社进入全面改革和发展时期，以落实民办体制、理顺内部经营机制、强化为农服务为主要内容，召开各级供销合作社新一届社员代表大会，恢复理事会和监事会制度，以扩大社员股金为突破口，以基层合作社为重点，推进供销合作社体制改革，抓扩股、抓“老三块”（农资、农副产品和日用工业品经营）和“新三块”（加工、养殖和种植业）发展，强化为农服务功能，成立供销合作社社员股金服务部。9月25日，中华全国供销合作总社副主任马李胜到广西检查指导工作，肯定广西供销合作社改革与发展取得的成绩。至年底，广西供销合作社改革单位达382个，玉林地区供销合作社被列为全国供销合作社综合改革试点单位和全国农村综合改革试验项目，平南县丹竹供销合作社被列为自治区科教兴农示范基地。

1996年，对自1992年以来农业生产资料销售、农副产品购销等业务连续滑坡的局面，全自治区供销合作社贯彻落实自治区党委、政府《关于加快供销合作社改革的决定》，结合各地（市）印发的关于供销合作社改革实施方案的通知精神，召开全自治区地（市）供销合作社深化改革工作会议。要求各地（市）供销合作社进行改革，落实供销合作社民办机制，召开地（市）、县（市、区）和基层供销合作社新一届社员代表大会，恢复理事会和监事会制度；加快发展社员股金，增加供销合作社的民办成分；实施直属企业改制工作。到年底，全自治区有1个市、43个县（市、区）供销合作社和779个基层供销合作社召开新一届社员代表大会，1600多名农民社员被选入理事会、监事会领导机构，实现“还社于民，还权于社”；民有成分增加。各级供销合作社广泛发动农民群众入股入社，社员股金增加。全自治区入社农民360.5万户，比上年增加110.5万户；社员股金总额20.57亿元，净增8.58亿元，增长71.56%，占供销合作社所有者权益的48%。供销合作社的集体所有制性质和组织上的群众性增强，与农民的经济联系进一步密切；基层供销合作社组织开展“基层供销合作社建设年”活动，年末检查验收，有628个基层供销合作社面貌明显改观，占总数的58%，有99个基层供销合作社达到中华全国供销合作总社提出的真正办成农民的合作经济组织的5个条件。玉林市、北流市、桂平市供销合作社联合社和平南县丹竹、北流市新圩、贵港市桥圩、藤县太平、博白县城厢供销合作社8个单位分别获得总社授予的“基层供销合作社建设年”先进县（市）供销合作社和先进基层供销合作社称号。

1997年，自治区供销合作社第二次代表大会召开，大会总结广西供销合作社工作40多年的经验，提出今后5年改革与发展的目标和任务，修改并通过《广西壮族自治区供销合作联社章程》，选举产生自治区供销合作联社理事会、监事会领导机构，正式成立自治区供销合作联社。这次大会进一步理顺全自治区供销合作社的组织体制。各地供销合作社在大会精神的推动下，深化体制改革取得新进展。一是民主办社进一步落实。到年末，有1个地（市）供销合作社、60%的县（市、区）供销合作社和70%的基层供销合作社召开新一届社员代表大会，成立理事会、监事会领导机构；3117名农民社员被选进供销合作社理事会、监事会，其中269名担任领导职务。二是民有成分稳步增长。年末，供销社合作社员股金发展到28.28亿元，比上年增长37.5%，占供销合作社所有者权益的58.03%；入社农户443万户，约占全自治区农户总数的60%。三是社农结合步伐加快。各级供销合作社把发展农村专业合作社作为改革的第二个突破口，切实采取措施，促进其发展。当年11月，自治区供销合作联社按照中华全国供销合作总社的要求，对深化供销合作社改革进行总体部署，强调必须按照中央文件精神，坚持供销合作性质，把握改革方向。对“三项制度”改革明确具体要求：供销合作社集体财产不能量化到人，不能分掉；任何单位和个人不得随意改变供销合作社所属企业的隶属关系，不得将基层供销合作社下放给乡（镇）政府；不能笼统地提“放小”；不得改变供销合作社集体所有制性质，且必须确保资产的保值增值，确保社员的经济权益；供销合作社作为农民的合作经济组织，其产权关系是明晰的，属社员共同所有，不能量化到职工。至年末，各地供销合作社创办的专业合作社增至174个，比上年末增加154个。专业合作社的发展对于促进社农结合，推进农业产业化有重要意义。

1999年，广西各地（市）供销合作社针对供销合作社经营机制不活、为农服务功能不强、人员负担和债务包袱沉重、亏损不断增加、社员股金管理不规范等问题，普遍出台或制定有关防范和化解社员股金风险的实施方案，提出防范和化解社员股金风险的具体措施。防城港市供销合作社联合社在这方面抓得紧、抓得实，至7月25日，全市供销合作社系统社员股金服务部减至8个，入股农户减至1041户，股金（本金）余额减至933万元。

2000年，为适应服务三农和社会主义新农村建设要求，广西各市供销合作社按照政府授权，通过“一个网络、两个平台”建设，全面构建农村新型经营服务体系，代表政府，对重要的农业生产资料、主要农副产品经营进行组织、协调，加强与农村合作经济组织的沟通联系，发挥政府和农村合作经济组织间的桥梁作用；建立城市销售窗口，为农民销售农副产品；促进市供销合作社对外合作交流，发展出口业务；做好为三农服务工作，组织和发展农村专业协会和专业合作社及村级综合服务站；加强基层供销合作社建设，搞活农村商品流通和服务，建立农村现代流通服务网络体系，为农民提供产前、产中、产后全方位、综合性、系列化服务；履行《广西壮族自治区供销合作联社章程》所赋予的权利、义务和任务，维护市供销合作社合法权益。同时，各级供销合作社转变职能，推进农业生产资料流通体制改革，发挥农村商品流通的主渠道和推动农业产业化经营的主导作用。至年末，全自治区供销合作社购销下降、亏损增加的局面得到初步遏制，经营情况好转。但基层供销合作社与农民之间的关系基本上还停留在买卖关系上，与真正办成农民的合作经济组织的目标差距较大，社员股金问题仍十分严重，化解股金风险的压力未减。

2001年，部分基层供销合作社将理事会和监事会并为社务管理委员会，保留3～5名管理人员；社务管理委员会的工作重点是经营管理社有资产，行使出资人权利。各地基层供销合作社普遍推行新一轮经营承包责任制。全自治区有795个基层供销合作社，1.67万个门店（柜组）实行抽本承包经营；131个基层供销合作社，3380个门店（柜组）实行租赁经营；98个基层供销合作社实行任期目标责任制；14个基层供销合作社实行其他形式的经营责任制。年内，有69个基层供销合作社按经济区域调整建制，撤并基层供销合作社28个，整体停业整顿9个，拍卖出售1个。(www.daowen.com)

2003年，博白县供销合作社联合社在推进“四项改造”改革中深入农村创办的农家店

2002年，广西县以上供销合作社按照社企分开的原则，从果品食杂公司、农资公司、土产公司开始，对直属公司实行股份制改革。同时，各地供销合作社以参与农业产业化经营和领办专业合作社为切入点，推进基层供销合作社战略性重组和结构性调整，普遍推行新一轮经营承包责任制，促进基层供销合作社体制改革和经营机制转换。有795个基层供销合作社，1.4万个门店（柜组）实行抽本承包经营；131个基层供销合作社，5188个门店（柜组）实行租赁经营；98个基层供销合作社实行任期目标责任制；14个基层供销合作社，2152个门店（柜组）实行其他形式的经营责任制。

2004年，广西县以上供销合作社进行机构改革，一部分人员提前退休，另一部分人员分流到直属公司或自谋职业。

2005年，自治区政府印发《关于加快推进供销合作社改革与发展的意见》，明确加快供销合作社改革与发展的主要任务和政策措施。自治区供销合作联社在武鸣县开展供销合作社综合改革试点，促进南宁市各县供销合作社人员编制和被列入财政预算问题的解决。

2006年，广西供销合作社系统有9个设区市，62个县（市、区）政府相继出台贯彻落实自治区政府《关于加快推进供销合作社改革与发展的意见》的文件，部分县级供销合作社人员编制和经费问题得到解决。桂林市供销合作社采取改制、托管、合并、重组、参股控股以及人员身份置换和减债等形式完成改制任务135个，组建中心社22个，领办农民专业合作社196家，新建、拟建农村社区服务中心11家，市、县供销合作社的69家直属企业通过承包、租赁、参股控股等方式改制重组，新发展培育22家龙头企业，被自治区供销合作联社授予全自治区供销合作社系统综合业绩考核一等奖、全自治区供销合作社系统“新网工程”建设一等奖。其中，临桂县供销社通过实施茶洞罗汉果专业合作社建设项目、农村综合服务社建设和改造项目、中心基层供销合作社组织体系建设项目、农村合作经济联合会及农村专业经济协会建设项目等，全年实现利润269万元，助农增收1800万元，综合改革成效显著，被中华全国供销合作总社列为全国县级供销合作社综合改革试点单位。

2007年，自治区供销合作联社加大改革力度，县级供销合作社人员编制和经费问题基本得到解决。有52.1%基层供销合作社完成改造，比上年增长24%。

2009年，贯彻落实自治区关于加快推进供销合作社改革与发展和推进乡镇供销合作社改造重组的文件精神，自治区供销合作联社明确改造重组措施和目标，要求全自治区供销合作社协调财政、土地等部门，争取返还土地出让金用于安置职工。各市供销合作社加强资产监督管理，提高资产运营效率，创新融资渠道，支持优势项目融资。推进县级供销合作社和基层供销合作社改革，全自治区85个县级供销合作社已全部落实“进财入编”，有83个县级供销合作社已获批准参公管理；全系统1042个基层供销合作社已有538个完成改制，加快推进改造重组，全自治区选取10个重点基层供销合作社的改造项目给予扶持。同时，各市供销合作社制定加快推进基层供销合作社改造重组的具体规划和办法，争取当地党委、政府把基层供销合作社改造重组纳入社会主义新农村建设工作大局考虑。各地坚持分类改造、实事求是、因地制宜的原则，引导基层供销合作社根据实际情况实行“一社一策”，调整基层供销合作社组织架构，通过组建专业合作社、综合服务社、农村社区综合服务中心等，推进体制创新和机制转换，夯实基层供销合作社基础。同时，贯彻自治区政府和自治区供销合作联社关于抓好“新网工程”建设要求，各级供销合作社把“新网工程”建设和“万村千乡市场工程”建设结合起来，运用现代流通方式改造、提升、整合、优化基层经营网络资源和传统经营业务。当年，新建改建农家店、综合超市101万家，比上年增加1995家，其中农资农家店5298家，日用消费品农家店4188家，综合超市568家，连锁配送企业发展到33家，配送中心增至47家，连锁经营网点增至6725个，连锁配送企业全年实现销售额14亿元。玉林市供销合作联社获2007年度、2008年度、2009年度广西供销合作社系统“新网工程”建设评比特等奖和广西供销合作社系统综合业绩考核评比一等奖，河池市供销合作社获2007年度、2008年度、2009年度广西供销合作社系统“新网工程”建设评比一等奖。

2010年，自治区供销合作联社把农资、农产品、日用消费品、再生资源回收、烟花爆竹五大经营网络建设作为“新网工程”改革工作重点，以参与农业产业化经营改造基层供销合作社，以实现社企分开、开放办社改造联合社，以发展现代经营方式改造经营网络。自治区供销合作联社选择20个重点基层供销合作社的改造项目给予指导与资金扶持。桂林市供销合作社组织申报“新网工程”专项扶持资金，有6个农资配送中心项目累计获自治区财政、中央财政专项扶持资金265万元。桂林市供销合作社因地制宜，优化选点，把一些资产状况较好的企业和农村经营网点、网络改造作为“新网工程”整合重点，以县供销合作社和直属公司为单位，统一改造、统一牌匾、统一柜台，改善门店的基础设施，全面提升经营网络服务能力。各地供销合作社稳妥扎实地推进各项改革。至年底，经过改造重组的基层供销合作社538家，占总数的51.6%；农民专业合作社增至1186个，社区综合服务社（中心）增至4802个。

2011年，自治区供销合作联社逐步打造“全新供销合作社”，破除旧的体制机制，跳出传统经营管理模式，按照市场经济客观规律和为农服务宗旨办社，实现向市场化的全面对接，以全新的面貌去履行新使命、承接新任务、实现新跨越。具体从四个方面着手：一是逐步打造覆盖全自治区城乡的现代流通服务新网络。以现代信息技术为支撑、物流配送为基础、连锁经营为手段、标准化管理为特征，把广西供销合作社传统经营服务网络改造成为集商品流、资金流、信息流和多样化服务于一体的现代经营服务网络，扩大网络覆盖面，稳固提升供销合作社在全自治区整体市场格局中的地位和作用。二是逐步打造有规模、有实力的广西供销合作社新企业。按照集团化、多元化、国际化的要求，力争打造一批现代企业，形成全新的商业模式和赢利模式，建立健全企业管理架构、运营机制和资源配置体系。三是逐步打造具有强大感召力和凝聚力的行业新形象。通过形象的塑造，使市场经济条件下的供销合作社地位作用得到广泛认同，在全社会尤其是广大农村的知名度、美誉度、影响力、号召力显著提高。四是逐步打造符合供销合作社特征的管理新制度。供销合作社是由联社、社有企业、基层社等共同组成的有机体，而且供销合作社是资产分级所有、干部分级任免的体制，上级社与下级社之间不是垂直管理，仅是业务指导关系。各级社有企业都是独立的市场主体，没有从属关系。立足于这样一个条块结合、多层次、多元化体系进行整体设计，建立健全符合这一特征的管理制度。8月4日，自治区供销合作联社与临桂、岑溪、象州、桂平、灵山、凤山、北流和平果8个县（市）签署“项目建设、富民强社示范县”备忘录，旨在全面推进全自治区农村现代流通服务网络工程，打造市场经济条件下的全新供销合作社。当年，全自治区供销合作社在自治区、市、县三级财政及部门取得扶持资金近4000万元的基础上，狠抓以“新网工程”、土地资产盘活、争取新的土地上项目为突破口的新农村现代流通网络工程建设，积极发挥农资、农副产品、日用工业品销售和拓展再生资源等农村商品流通主渠道作用，推进广西供销合作经济新发展。