1990年，自治区供销合作社按照国务院和自治区政府关于“完善、配套、深化、发展”的要求，全面实行领导任期目标责任制，引入竞争机制；实行招标承包，引入风险机制；实行优化劳动组合，进行企业内部分配制度改革。

1992年后，随着由计划经济向社会主义市场经济转变，自治区供销合作社专营的商品逐步放开，因体制、管理等原因，供销合作社系统及其社有企业经营一度陷入困境。自治区供销合作社贯彻落实党中央、国务院和自治区政府关于深化供销合作社改革的指示，推进劳动、人事、分配“三项制度”改革，实行经营、价格、用工、分配“四放开”，推行招标承包、大包干和租赁等各种形式的经营责任制，进一步完善社有企业和基层供销合作社经营机制，调整、精简供销合作社行政管理机构和人员，推进产权制度改革，建立现代企业制度，供销合作经济逐步走出困境。

2000年，自治区供销合作社转变县以上联社职能、社有企业机制和基层供销合作社体制，推进农业生产资料流通体制改革，推行社有企业股份制改造，推行企业职工全员劳动合同制、管理人员聘任制、岗位工资制，进一步完善基层供销合作社承包经营责任制，供销合作经济亏损增加的局面得到初步遏制，经营情况好转。至2001年，自治区供销合作社系统县以上专业公司1563家、工业企业40家、各类经营服务网点2.6万个，全系统商品销售总额108亿元，增长2.7%，盈利283万元，扭转了自1992年以来连续9年亏损的局面。全自治区14个地、市供销合作社有11个扭亏为盈。(www.daowen.com)

2002年后，自治区供销合作社改革力度加大，改革步伐加快，改革综合能力提高。实施“四项改造”，强化县级供销合作社职能，建立完善农业社会化服务体系；坚持抢抓机遇，加快发展坚持围绕中心、服务大局，坚持面向市场、开拓创新，坚持立足本级、服务系统；围绕职能转变推进联合社改革，围绕资产保值增值推进社有企业联合发展，围绕增强服务功能推进基层供销合作社改造重组，围绕项目开发推进农村现代流通服务网络工程建设，围绕助农增收提升农业产业化经营水平，围绕合作交流促进对外开放发展，围绕创新办学机制推动职业教育加快发展。

至2011年，自治区供销合作社经营效益逐步提高，综合经营总额756.2亿元，比上年增长20.45%，比1990年增长6.84倍。自治区农资公司、广西富满地农资集团股份有限公司、广西梧州茶厂、广西南宁振宏服务有限责任公司、广西石乳茶业有限公司、广西盛业农副土特产品有限公司、广西南宁惜田贸易有限责任公司等自治区供销合作联社直属企业，经改制后重新组合，组建供销合作社控股企业，不断发展；自治区土产公司、果品食杂公司、工业品公司、废旧物资回收公司、日用杂品公司、桂兴边贸总公司、供销贸易公司等困难企业歇业，但其公司牌子仍然保留。