自治区供销合作社系统机构包括自治区供销合作联社、地（市）供销合作社、县（市、区）供销合作社和基层供销合作社四级及其各级供销合作社社员代表大会、理事会、监事会。自治区供销合作联社，地（市）、县（市、区）供销合作社三级供销合作社和基层供销合作社均是独立法人单位，接受当地党委、政府和上级供销合作社的领导。自治区供销合作联社是自治区政府赋予行政管理职能和资产经营管理职能的集体所有制的正厅级事业单位，是全自治区供销合作社的领导机构，受自治区政府委托，负责组织和引导全自治区农民发展商品经济，促进城乡物资交流，为三农服务，并对各地（市）供销合作社、县（市、区）供销合作社和直属各企事业以及乡镇基层供销合作社行使政府授权的管理职能，实行资产一体化管理。

1991年，自治区供销合作社系统机构有自治区供销合作社、13个地（市）供销合作社、88个县（市、区）供销合作社、1071个乡镇基层供销合作社以及县以上各级供销合作社直属公司，机构网点2.66万个。共有职工11.96万人（其中在职职工11.23万人），比上年增加2007人。增加的网点和人员主要分布在乡镇基层供销合作社和直属公司经营机构。

1993年后，随着行政区划的调整，自治区供销合作社和各地（市）、县（市、区）供销合作社以及基层供销合作社机构的设置也随着变化。1995年，自治区供销合作社系统有自治区供销合作社、14个地（市）供销合作社、88个县（市、区）供销合作社、1057个乡镇基层供销合作社，职工14.97万人。

1997年4月，自治区供销合作社第二次代表大会召开，成立广西壮族自治区供销合作联社（从此以后，自治区供销合作社改称自治区供销合作联社），下属有15个地（市）供销合作社、88个县（市、区）供销合作社、1084个乡镇基层供销合作社，职工总数14.50万人，其中干部755人。

1999年，自治区供销合作社系统机构有自治区供销合作联社、14个地（市）供销合作社、88个县（市、区）供销合作社、1075个乡镇基层供销合作社，职工总数10.8万人，实际在岗职工8.38万人。其中，自治区供销合作联社机关企事业单位1278人、地（市）供销合作社机关企事业单位7230人、县（市）供销合作社机关企事业单位1.70万人、乡镇基层供销合作社5.83万人。离退休职工2.43万人。(www.daowen.com)

2001年，自治区供销合作社系统职工共有13.92万人，其中在岗职工6.88万人［自治区供销合作联社1187人、地（市）供销合作社5830人、县（市、区）供销合作社1.5万人、乡镇基层供销合作社4.68万人］。离开本单位仍保留劳动关系的职工有3.02万人（其中内部退养职工2384人），离退休职工4.02万人（其中离休职工1132人）。

2004年，自治区供销合作社系统机构有自治区供销合作联社、14个设区（市）供销合作社、88个县（市、区）供销合作社、1050个乡镇基层供销合作社，共有在编职工3.55万人［其中，自治区供销合作联社763人、地（市）供销合作社3585人、县（市、区）供销合作社7964人、乡镇基层供销合作社2.32万人］；离退休职工4.48万人［自治区供销合作联社869人、地（市）供销合作社5936人、县（市、区）供销合作社8026人、乡镇基层供销合作社2.99万人］，其中离休职工974人［自治区供销合作联社55人、地（市）供销合作社179人、县（市、区）供销合作社303人、乡镇基层供销合作社417人］。

2008年，自治区供销合作社系统机构有自治区供销合作联社、14个设区（市）供销合作社、86个县（市、区）供销合作社、1033个乡镇基层供销合作社。至2011年，自治区供销合作社系统机构有自治区供销合作联社和南宁、柳州、桂林、梧州、北海、防城港、钦州、贵港、玉林、百色、贺州、河池、来宾、崇左14个市级供销合作社，87个县（区、市）级供销合作社，1042个乡镇基层供销合作社，共有干部职工7.5万人，其中，在岗职工3.83万人（年末在岗职工2.08万人，全年平均在岗职工2.09万人），离休职工791人，退休职工4.15万人。