康熙九年（1670），噶尔丹从西藏赶回当时蒙古势力最强的噶尔部，打着为同母异父的哥哥僧格报仇的旗号，跟其他部族大战，得胜后成为噶尔部的首领。在成为噶尔部的首领后，噶尔丹的政治野心逐渐暴露出来，开始朝着统一蒙古，再逐步向中原推进而行动。清政府多次警告，并派兵进行镇压，都没有结果，相反，更助长了噶尔丹的野心。他知道清朝是他实现计划的最大障碍，为了与清朝对抗，他投靠了沙皇俄国。康熙二十九年（1690），噶尔丹率兵侵入科尔沁草原等地进行抢掠，直接威胁到清朝对内蒙古的统治。康熙闻讯后马上调兵遣将，率领大军亲征噶尔丹，大败噶尔丹军，但噶尔丹却逃脱了。

噶尔丹在大败后，开始对清朝很是帖服，他恳求清朝给予经济上的援助，愿意归属清朝。康熙信了噶尔丹的话，随即赠送银钱千两救济噶尔丹部众。但是噶尔丹出尔反尔，收到清朝的拨银后马上改变了立场，既不准备投降，也不甘心失败。康熙三十一年（1692），他上书清廷，索要内蒙古等地区，康熙大怒，决定再次率兵亲征噶尔丹。

康熙三十五年（1696），康熙帝决定第二次御驾亲征。对于这次的作战部署，康熙有了新的安排。他想到，噶尔丹本性阴险狡诈，跟他用谈判招降的法子肯定行不通，只有一举将其部全部歼灭，才能稳住当前的局势。清军兵分三路，黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军飞扬古率陕西、甘肃的士兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝自带中路军，从独石口出发，三路军约定同时夹攻。康熙帝的中路军率先到达科图，遇到了敌军前锋。噶尔丹在山头上看见清军黄旗飘扬，军容整齐，吓得连夜拔营撤退。

康熙三十五年（1696）五月初，清军中路和西路大军在克鲁伦河会合，东路军队也快到了。康熙很高兴，马上写了一封信派人送往噶尔丹部，信中说道：“如今朕已经派三路大军亲征到克鲁伦河的土喇，为了避免生灵涂炭，减少不必要的伤亡，朕再劝你一次，如果还执迷不悟，要坚持下去，朕就会出兵剿灭尔等。”

噶尔丹根本就没料到清军会派兵过来，更没想到康熙会亲征。当接到康熙派人送来的信后，不禁大惊失色。慌忙之际，他马上给康熙回了一封信，说先前罪过不容宽恕，如今接到皇上的信，愿意投降，归附清朝……这其实是噶尔丹的一个缓兵之计，他趁着康熙等待消息的时间，暗中传令所部丢弃帐篷等物资逃跑。

噶尔丹心里盘算，清军这次的阵势不容小视，自己跑得再快再急，最后也会被追上，得想个办法。这时有副将告诉噶尔丹：“咱们走得太仓促，有一半粮草丢弃在营中了。不过，目前咱们的粮草还能坚持些时日，到沙俄应该没问题。”(www.daowen.com)

这话让噶尔丹心里生出了一个主意，他并没有告诉副将要去沙俄，副将怎么会认定自己要去呢？事实或许证明自己除了投靠沙俄，似乎已经没有别的办法了，清军应该也会这样想吧。我偏不去沙俄，而是把兵力朝西行，然后迂回向南，让清军扑个空。

五月三十日，负责绕行堵截噶尔丹的费扬古率西路大军行到昭莫多，派去前方的探哨兵快马加鞭地跑回来报告说道：“前方发现噶尔丹部队。”

费扬古想到，以自己目前的兵力跟噶尔丹相拼胜算不大，打胜了还行，打败了或者打个相当都会打草惊蛇，把先前的部署完全打乱。想到这里，费扬古心中忽生一计，他派出一队先锋人马引诱噶尔丹军向东撤，这样正好和皇上派去的精锐部队顶上头。等他们打起来的时候，自己再率重兵过去，皇上应该很快就会到，到时候全军集中，肯定能把噶尔丹军队剿灭。

清军乘胜追击30 余里地，直追到特勒尔济山口，又生擒了数百人，并缴获牛羊、帐篷、器械上千，不过，噶尔丹还是带着数名部下跑了。康熙闻讯大喜，决定班师回京，命令费扬古驻守在科图，招降噶尔丹残部，如果招降不成就地剿灭，再也不能留下祸根了。康熙帝一面派兵在后面紧紧追击，一面通知西路军飞扬古在半路上截击叛军。噶尔丹带兵逃到昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）。昭莫多原是一片大树林，前面有一个很大的开阔地带，历来是漠北重要战场。费扬古在小山的树林茂密处设下埋伏，派400 人诱战，边战边退，把叛军引到事先埋伏的地方。随着一声号角，清军从山上向叛军发起进攻，费扬古又派一支人马在山下袭击叛军辎重，进行前后夹击。叛军被打得惨败。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵逃出。

康熙三十六年（1697），康熙又带兵渡过黄河第三次亲征。这时，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策旺阿拉布占领。噶尔丹的左右亲信听说清军来到，也都纷纷投降，并表示愿意做清军的向导。噶尔丹见此时自己已是众叛亲离，走投无路，只好服毒自杀。至此，历时10年的噶尔丹之乱被彻底平定，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，并编喀尔喀蒙古为49 旗，给当地蒙古贵族各种封号和官职，同时又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古，实行有效管理。从秦、汉的匈奴到明朝的蒙古民族难题，终于为康熙所解决。