清军占据北京后，迅速南下，占领了长江中下游广大地区。江南人民不甘忍受民族压迫，纷纷揭竿而起，进行反抗斗争。当时，清政权和汉族人民矛盾的焦点是剃发易服。顺治二年（1645）六月，清军发布剃发易服令，命令10 天以内，江南汉人必须按照满人辫发风俗，一律剃发易服，“留头不留发，留发不留头”。违抗命令，砍头处死。

束发是汉族人民的传统，是几千年来的风俗习惯。人民群众受习俗的影响，是不愿意剃发的。清朝统治者强迫剃发易服，严重地伤害了汉族人民的民族感情。广大人民对清朝统治的严重不满情绪，也集中在剃发易服问题上表现出来。这时，一些反抗清朝的汉族官绅、知识分子利用群众情绪，以“头可断，发不可剃”作为号召，展开抗清斗争，其中以江苏江阴、嘉定人民的斗争，最为惨烈。

剃发易服令颁布后，江阴人民向清朝知县方亨请愿，要求留发，方亨粗暴地拒绝了群众的要求。群众被激怒，反口骂道：“你是明朝进士，头戴乌纱，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞，丑也不丑！”闰六月初一日，愤怒的群众集合起来，揪出方亨，投入监狱。同时，秀才许用等百余人也在文庙集合，提出“头可断，发绝不可剃”的口号。四乡人民闻风响应，参加斗争的群众达数十万之多。

人民推举明典吏陈明遇、阎应元和秀才许用为首领，共议守城抗清。徽州大商人程璧，先后捐银17.5 万两做军饷，并且自告奋勇，到洞庭徽州等地去请援兵。投降清朝的明将刘良佐奉命攻城，屡战屡败。刘良佐与阎应元是旧相识，亲到城下劝降。阎应元说：“有降将军，无降典吏。”城上火箭齐发，刘良佐狼狈逃窜。清军云集江阴城下，有兵数十万，列营数百，围城十重。江阴人民守城3 个月，后来援尽粮绝，于八月二十日被清军攻破。城内居民又与清军展开英勇的巷战，陈明遇战死，阎应元被俘牺牲，城内男女老幼，没有一人投降，清军死伤也很惨重。当地父老至今流传，江阴义师打死清军三王十八将，这虽然缺乏历史根据，但反映出人民对守城英雄的赞颂。

同年闰六月十三日，嘉定人民听说剃发易服令下，便组织反抗。清朝派明降将李成栋前往镇压。十七日，人民推举进士黄淳耀、通政使司左通政侯峒曾主持城防，在城楼上悬起了“嘉定恢剿义师”的大旗，抗击清军。城中男女老幼，纷纷参战。清军围城，多次猛攻不下。七月初四日五更，大雨如注，城上战士露天战斗三昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，饮食断绝，领队诸士绅也仗剑站立雨中。守城军民精疲力竭，难以支撑。清军用大炮轰击，城墙坍塌，于是乘虚登上城墙，蜂拥而入。这时，侯峒曾仍在城墙上指挥，声色不变。(www.daowen.com)

他的两个儿子在旁问道：“事急了，怎么办？”侯峒曾答道：“死就是了，慌什么！”城破后，他率二子投河自尽。黄淳耀也自缢于僧舍，城中无一人投降。清军攻进嘉定，屠杀人民，掳夺财物，李成栋用了300 只大船，才运走他所抢夺的金帛子女。

但是，清军的残暴行为吓不倒英勇的嘉定人民。20 天后，江东人朱英（王英），自称游击将军，带人进城，谋划驱逐清军，又遭到李成栋的屠杀。八月十六日，吴之藩起兵江东，反攻嘉定，不幸失败，嘉定接连遭到第三次大屠杀。这三次大屠杀，史称“嘉定三屠”。嘉定人民参加武装斗争有十几万人之众，先后壮烈牺牲约2 万人。

江南人民的抗清斗争，此伏彼起，英勇悲壮。规模较大的还有：生员陆世钥领导的太湖、长白荡地区抗清队伍，这支队伍曾与明吴凇提督吴志葵联合攻入苏州。中书舍人卢向观带领抗清队伍攻打南京，后退入太湖坚持斗争。翰林屠家美领导的嘉兴人民反剃发易服斗争，参加者也有数千人。这些分散的斗争最后都被清军镇压下去。