崇祯十七年四月二十八日（1644年6 月2 日），李自成于英武殿称帝后，放火焚烧京师，当晚匆匆离京，而当时明太子及二位王子的下落不明，一说李自成带走，一说交给吴三桂，吴三桂请护太子入京师，多尔衮不许，令其西追，吴三桂送太子到太监高起潜住所，也有说藏逸于民间。

五月初二日（6 月6 日）吴三桂追至定州（位于河北省中部偏西）的清水河下，农民军又大败，斩李自成的果毅将军谷可成，吴三桂将其首级遥祭其父，并把夺回的金银赏将士。二十二日（6 月26 日），吴三桂引导清军固山额真、谭泰及辽东巡抚黎玉田合兵追杀到真定（在今河北石家庄附近，为明代军事重镇），李自成依山为阵，亲自率兵大战，由早战至晚，忽狂风由东来，卷沙蔽目，吴三桂射中李自成肩，始退军入平阳（今山西省临汾市尧都区西南金殿镇）。李自成计划分兵戍山西诸隘，但因农民军累败，李自成所派地方官员多被当地士绅杀死。七月渡黄河败归西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降大顺的原明朝将领复投南明或清朝，李自成于是疑心日盛，终于妄杀李岩等人，致使人心离散。顺治元年（1644）十二月，清军出击潼关，大顺军列阵迎战，清军因主力及大炮尚未到达，坚守不战。

顺治二年（1645），清军以红衣大炮攻破潼关，李自成采取避战的方式流窜，经襄阳入湖北，试图与武昌的明朝总兵左良玉联合抗清，左良玉东进南京去南明朝廷“清君侧”征讨马士英时病死途中。四月，李自成入武昌，但被清军一击即溃。四月二十七日下午，大约申末酉初时候，李自成到了富池口（位于湖北省阳新县境内）停下，沿路只经过几个小时的战斗，但因为每次遇到敌军都有溃散的和投降的、被俘的，所以他大约只剩下3 万人马，分散驻在富池口小街上和富水东西两岸。

顺治二年（1645）五月，李自成在江西再败，于顺治二年（1645）战死于九宫山（今湖北省咸宁市境内）。

不过，李自成的生死之谜，大致有两种说法：“九宫山被杀说”和“夹山终老说”。

关于李自成“九宫山被杀”一说，《明史》 《小腆纪年》 《南疆逸史》 以及同治朝的 《通山悬志》、嘉庆朝的 《湖北通志》 也都赞成此说，这一说法主要是根据阿济格向清廷的奏报和南明兵部尚书何腾蛟给唐王的奏报。阿济格在奏报中写道：“反兵逃窜至九宫山中，我军随后搜遍全山，不见李自成，李自成身边的随从共20 人，被困，自缢而死。派遣一见过李自成者，前往辨认，但尸体已腐烂，不能够看清，是生是死，继续追查。”何腾蛟所写的奏报说：“在九宫山已将李自成斩首，首级不慎丢失。”但是不论是追击李自成的清军主帅，还是对李自成恨之入骨的南明王朝，当时对李自成都是生没见人，死没见尸，因此“九宫山被杀”一说便饱受质疑。(www.daowen.com)

乾隆年间，《明史》 刊行不久，湖南澧州知府何璘就曾著文反对《明史》 的记载，认为那只是李自成“设疑代毙，以为缓追脱身之计”，而确认李自成遁迹佛门，老死夹山灵泉寺。他经过实地考察，询问当地老人，认为李自成在九宫山并未死去，在制造死去的假象摆脱了清军的追捕后，到达了湖南的澧州。但在从湖北至湖南澧州的过程中，大多数的部下见闯王大势已去，便纷纷另谋生路。于是到安福县境内，闯王甩开随从十余人，单独来到夹山灵泉寺削发为僧，成了夹山灵泉寺的祖师“奉天大和尚”，法号“奉天玉”，于康熙十三年（1674）死于灵泉寺中。

“夹山终老说”一出，为很多人所接受。清末民初著名学者章太炎赞同“夹山说”，据言他也到澧州进行过实地考察，还考察出李自成夹山隐居时，曾作诗百首来赞赏梅花，即《梅花百韵》，并搜集到其中的五首作为驳斥“九宫山被杀说”的依据。此外，一些出土的文物也成为“夹山说”最具权威性的证据。在澧州发现建有奉天玉和尚的墓地并有骨灰坛出土。20 世纪50年代在奉天玉断碑上发现有“子门徒已数千指中兴”等句，完全是一派将领的豪言壮语。重修夹山寺时，又发现刻有 《梅花百韵》 诗的残版，上面残留九首诗歌；同时还发掘到“永昌通宝”铜币（永昌是李自成大顺政权的年号），刻有“永昌元年”字样的竹制扇骨、铜制熏炉等，并且奉天玉和尚墓出土的符碑上面，刻有四句四言偈语，十分接近于李自成的家乡米脂的传统随葬符碑，其中有三句和在米脂地区出土的一块符碑上的三句完全相同，这与石门的传统发葬的习俗有明显区别。另外，奉天玉和尚有一弟子，法号“野拂”，他就是李自成的侄子李过，野拂所撰的碑文为何璘的说法提供了有力证据。

关于“夹山终老说”似乎是李自成真正的归宿，但是此说也受到一部分人的质疑。首先他们对于何璘所说的“奉天玉”即是“奉天王”进行了分析。说“奉天”是古代帝王所用之说，反对者认为“奉”字有承、信、遵等许多意思，“奉天”取尊天或信奉上天的意思有何不可？如此解释作为一个大和尚的名字是非常正常的。而和尚以玉自名也不奇怪，用玉字取名的亦多得很，为什么非要说是王字加一点呢？所以将“奉天玉”说成是“奉天王”是非常牵强的。

其次，他们认为墓碑上“不知何氏子”是为李自成讳言，也是讲不通的。因为和尚是“出家人”，不讲姓氏，这在我国佛教史上是很常见的。许多名僧，都是不留姓氏的，如人们熟悉的苏东坡的好友佛印和尚、袁子才 《随园诗话》 里写的饕餮和尚、《白蛇传》 金山寺里的法海和尚以及朱元璋尊敬的梵琦、忽必烈礼重的印简等大和尚，都是“不知何氏子”，所以也不能说碑文所言“不知何氏子”就是为李自成的遁迹隐姓讳言。再次，根据大顺军盘踞澧境六七年没有另推一个统率的首领，是李自成在夹山无恙的佐证。反对者认为，是不是没有另推一个统率的首领，很难说。因为那是一支农民起义军的残部，即使有，也不会像起兵的时候那样有名气，为人们所周知，或许这些还有待进一步去验证。